[發(fā)明專利]檢測新型冠狀病毒SARS-CoV-2的FISH探針組及其制備方法、用途

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010341753.4
• 申請日: 2020-04-27
• 公開（公告）號: CN111254227B
• 公開（公告）日: 2020-09-01
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 董長貴;張珮琢;王婷飛;杜永華;胡燕
• 申請（專利權(quán)）人: 上海吉瑪制藥技術(shù)有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6841;C12Q1/6811;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 北京三聚陽光知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11250
• 代理人: 于妙卓

本發(fā)明公開了一種檢測新型冠狀病毒SARS?CoV?2的FISH探針組，包括以S基因為靶標(biāo)的第一熒光探針組、以E基因為靶標(biāo)的第二熒光探針組、以M基因為靶標(biāo)的第三熒光探針組、以O(shè)RF 3a基因為靶標(biāo)的第四熒光探針組、以N基因為靶標(biāo)的第五熒光探針組，和以O(shè)RF 1ab基因為靶標(biāo)的第六熒光探針組中的至少兩種熒光探針組；至少兩種熒光探針組中，至少一種熒光探針組標(biāo)記的熒光分子具有區(qū)別于其余的熒光探針組的熒光發(fā)射光譜。FISH探針組具有高的特異性和靈敏度，能夠?qū)崿F(xiàn)對待測樣品中SARS?CoV?2定位檢出，獲得SARS?CoV?2的分布與相對定量情況，是對新型冠狀病毒核酸檢測的有效補充。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及核酸檢測技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種檢測新型冠狀病毒SARS-CoV-2的FISH探針組、體系、芯片及其制備方法、用途。

背景技術(shù)

新型冠狀病毒肺炎（CoronaVirusDisease2019，COVID-19）簡稱新冠肺炎，指由2019新型冠狀病毒感染(SARS-CoV-2)導(dǎo)致的肺炎。新型冠狀病毒肺炎臨床表現(xiàn)以發(fā)熱、乏力、干咳為主要表現(xiàn)，鼻塞、流涕等上呼吸道癥狀少見。約半數(shù)患者多在一周后出現(xiàn)呼吸困難，嚴(yán)重者快速進(jìn)展為急性呼吸窘迫綜合征、膿毒征休克、難以糾正的代謝性酸中毒和出凝血功能障礙。部分患者起病癥狀輕微，可無發(fā)熱，多在1周后恢復(fù)；多數(shù)患者預(yù)后良好，部分患者病情危重，甚至死亡。

SARS-CoV-2屬于冠狀病毒科β屬，其基因特征與引起嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS)的SARS-CoV，以及引起中東呼吸綜合征( MERS)的MERS-CoV都存在明顯區(qū)別。目前研究顯示SARS-CoV-2與蝙蝠SARS樣冠狀病毒（bat-SL-CoVZC45）同源性為85%以上。體外分離培養(yǎng)時，SARS-CoV-2在96h左右即可在人呼吸道上皮細(xì)胞內(nèi)發(fā)現(xiàn)。新型冠狀病毒肺炎的傳染性高、癥狀較為隱匿。目前，新型冠狀病毒肺炎已在全世界爆發(fā)，對人類生命健康和社會經(jīng)濟(jì)的發(fā)展帶來嚴(yán)重沖擊，引起國際社會的高度重視。

檢測SARS-CoV-2有多種方法，病原學(xué)檢測方法（即通過體外培養(yǎng)分離病毒）費時較長，分離陽性率不高，而且生物安全性要求很高，不便于推廣。血清學(xué)方法需等待患者出現(xiàn)特異性抗體，檢測窗口期等待期較長，難以對病毒感染進(jìn)行早期診斷。實時熒光RT-PCR檢測新型冠狀肺炎病毒是目前確診陽性患者的主要標(biāo)準(zhǔn)，但基于PCR技術(shù)的檢測方法存在一定的漏檢率，準(zhǔn)確率不同公司差異較大約50～80%，而且以上幾種方法均無法對病毒在組織細(xì)胞中進(jìn)行相對定量與定位。目前迫切需要開發(fā)新的診斷方法，以協(xié)助提高病原體檢測的敏感性和特異性，特別是如何原位顯示病毒分布對于疾病診斷及研究有著重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明要解決的技術(shù)問題在于克服現(xiàn)有技術(shù)中的基于PCR技術(shù)的檢測方法存在一定的漏檢率及無法對病毒在組織細(xì)胞中進(jìn)行相對定量與定位。目前迫切需要開發(fā)新的檢測與診斷方法，特別是需要一種能夠原位顯示新冠病毒在感染組織細(xì)胞中分布與相對定量關(guān)系，以便能夠幫助及時準(zhǔn)確了解病毒時空分布，有助于針對該病毒診斷與分子機(jī)制研究。

新型冠狀病毒（SARS-CoV-2）與 SARS-CoV 和 MERS-CoV 病毒類似，SARS-CoV-2（2019-nCoV）的基因組也分為非結(jié)構(gòu)基因和結(jié)構(gòu)基因兩個部分。其中約占 SARS-CoV-2 全基因組總長度三分之二的非結(jié)構(gòu)基因含有兩段編碼蛋白質(zhì)的序列，稱為 ORF1a 和 ORF1b。而緊隨其后的結(jié)構(gòu)基因區(qū)域則編碼 S 蛋白、orf3a 蛋白、E 蛋白、M蛋白、orf6蛋白、orf7a蛋白、orf8蛋白、N蛋白等結(jié)構(gòu)蛋白。

為此，本發(fā)明提供如下技術(shù)方案：

第一方面，本發(fā)明提供了一種檢測新型冠狀病毒SARS-CoV-2的FISH探針組，包括以S基因為靶標(biāo)的第一熒光探針組、以E基因為靶標(biāo)的第二熒光探針組、以M基因為靶標(biāo)的第三熒光探針組、以O(shè)RF 3a基因為靶標(biāo)的第四熒光探針組、以N基因為靶標(biāo)的第五熒光探針組，和以O(shè)RF 1ab基因為靶標(biāo)的第六熒光探針組中的至少兩種熒光探針組；