[發(fā)明專利]CTSZ基因甲基化的新用途

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010340801.8
• 申請(qǐng)日: 2020-04-26
• 公開（公告）號(hào): CN111334572B
• 公開（公告）日: 2020-10-27
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 錢粉紅;張黎莎
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 江蘇大學(xué)附屬醫(yī)院
• 主分類號(hào): C12Q1/6883
• 分類號(hào): C12Q1/6883;C12N15/11
• 代理公司: 北京預(yù)立生科知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11736
• 代理人: 孟祥斌

本發(fā)明公開了CTSZ基因甲基化的新用途，具體公開了cg01623438和cg02744249甲基化在診斷哮喘中的用途。本發(fā)明研究證明cg01623438和cg02744249聯(lián)合診斷效果高于cg01623438或cg02744249的單獨(dú)診斷效果，AUC值為0.781，敏感度為71.4％，特異性為73.3％。本發(fā)明的研究結(jié)果表明cg01623438和cg02744249甲基化可作為哮喘診斷的生物標(biāo)志物。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體而言，涉及CTSZ基因甲基化的新用途。

背景技術(shù)

哮喘是全球最流行的慢性病，影響超過3億人。許多細(xì)胞和細(xì)胞成分，例如肥大細(xì)胞，嗜酸性粒細(xì)胞，T淋巴細(xì)胞，巨噬細(xì)胞，嗜中性粒細(xì)胞和上皮細(xì)胞，在哮喘中起重要作用。哮喘是一種遺傳性疾病已廣為接受，但遺傳因素并不是發(fā)病率增加的唯一原因。先前的研究表明，環(huán)境中暴露于過敏原，空氣污染或二手煙等媒介也會(huì)導(dǎo)致哮喘的發(fā)作。表觀遺傳過程將與疾病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的環(huán)境暴露轉(zhuǎn)化為染色質(zhì)調(diào)節(jié)，并最終導(dǎo)致疾病。關(guān)于表觀遺傳學(xué)的理論最近發(fā)展很快。DNA甲基化是表觀遺傳調(diào)控的重要組成部分，該表觀遺傳過程涉及轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的調(diào)控和最終影響免疫細(xì)胞功能的上游信號(hào)通路。DNA甲基化在細(xì)胞分化的早期階段通過調(diào)節(jié)基因的活性狀態(tài)，在細(xì)胞分化和功能中也起著重要作用。在大多數(shù)情況下，甲基化和去甲基化分別導(dǎo)致基因沉默和重新激活。DNA甲基化變化的后果已在不同的腫瘤和自身免疫性疾病中得到證實(shí)。

啟動(dòng)子甲基化水平的改變與多種疾病有關(guān)。例如，MGMT啟動(dòng)子的甲基化狀態(tài)在神經(jīng)膠質(zhì)瘤患者中非常重要。IFI44L啟動(dòng)子的甲基化水平是SLE的一個(gè)敏感和特異的診斷標(biāo)記。先前的研究還顯示，SMAD3、TET1和Vanin-1(VNN1)中啟動(dòng)子甲基化的變化與哮喘的發(fā)病機(jī)理和治療有關(guān)。上述所有發(fā)現(xiàn)表明啟動(dòng)子甲基化可能在哮喘中發(fā)揮重要作用。

組織蛋白酶Z(CTSZ)是組織蛋白酶家族成員，并且該基因位于20q13.2(15)的一個(gè)頻繁擴(kuò)增的區(qū)域。CTSZ參與了許多疾病的發(fā)生，例如乳腺癌，急性皮膚遲發(fā)型超敏反應(yīng)和原發(fā)性膽管性膽管炎以及結(jié)核病。CTSZ通過以下機(jī)制在宿主免疫防御中發(fā)揮重要作用：免疫細(xì)胞(例如單核細(xì)胞，巨噬細(xì)胞和樹突狀細(xì)胞)的遷移；吞噬作用；信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)；細(xì)胞通訊；增殖。CTSZ調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)表達(dá)，例如可調(diào)節(jié)MMP2和MMP9。MMP9主要由上皮細(xì)胞，平滑肌細(xì)胞，巨噬細(xì)胞和嗜中性粒細(xì)胞產(chǎn)生，所有這些細(xì)胞在氣道壁重塑中至關(guān)重要。

本申請(qǐng)比較了成年哮喘患者和健康對(duì)照者白細(xì)胞中CTSZ啟動(dòng)子甲基化的差異，并分析了甲基化變化與各種當(dāng)前診斷標(biāo)準(zhǔn)(如癥狀出現(xiàn)，肺功能和總血清IgE)之間的關(guān)聯(lián)，以評(píng)估CTSZ啟動(dòng)子甲基化在哮喘診斷中的重要性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供了一種用于哮喘診斷的甲基化位點(diǎn)，所述甲基化位點(diǎn)是CTSZ基因的甲基化位點(diǎn)。

進(jìn)一步，所述甲基化位點(diǎn)選自cg01623438、cg02744249中的一個(gè)或兩個(gè)。

本發(fā)明提供了檢測(cè)前面所述的甲基化位點(diǎn)的試劑。

發(fā)明所使用的“試劑”可以是能夠用于檢測(cè)甲基化水平的任何形式的制劑，包括但不限于有機(jī)試劑、無機(jī)試劑、探針、引物、芯片等。

在知曉如本文公開的用于哮喘診斷的甲基化位點(diǎn)的情況下，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以利用常規(guī)技術(shù)設(shè)計(jì)、合成相應(yīng)探針或引物來檢測(cè)這些甲基化位點(diǎn)的甲基化水平。在需要時(shí)，還可以設(shè)計(jì)成芯片的形式。

在本發(fā)明中，測(cè)定來自臨床樣品的基因甲基化的方法可選自下組，該組由PCR、甲基化特異性PCR、實(shí)時(shí)甲基化特異性PCR、使用甲基化的DNA特異性結(jié)合蛋白的PCR、定量PCR、焦磷酸測(cè)序(Pyrosequencing)和二硫鍵測(cè)序所組成。

在本文中，術(shù)語“樣品”指的是其最廣泛的含義，并包括根據(jù)將要進(jìn)行的分析的類型得自個(gè)體、體液、細(xì)胞系、組織培養(yǎng)物或者其他來源的任何生物學(xué)樣品。從哺乳動(dòng)物得到體液和組織活檢的方法通常是廣泛已知的。