[發明專利]針對CLDN18-ARHGAP融合突變的新抗原肽及其應用

有效

• 申請號: 202010327892.1
• 申請日: 2020-04-23
• 公開（公告）號: CN111499690B
• 公開（公告）日: 2020-11-24
• 發明（設計）人: 魏嘉;汪越;劉寶瑞
• 申請（專利權）人: 南京鼓樓醫院
• 主分類號: C07K7/06
• 分類號: C07K7/06;C07K14/00;A61K39/00;A61P35/00
• 代理公司: 南京鐘山專利代理有限公司 32252
• 代理人: 蔣廈

本發明涉及一種針對CLDN18?ARHGAP融合突變的新抗原肽及其應用。基于CLDN18(e5)?ARHGAP26(e12)，即CLDN18基因5號外顯子與ARHGAP26基因的12號外顯子融合，針對CLDN18(e5)?ARHGAP26(e12)融合位點兩端的氨基酸序列，結合HLA分型HLA?A*1101，使用T細胞表位預測工具NetMHCpan4.0，合成抗原肽。本發明彌補了CLDN18?ARHGAP融合突變在胃癌中的治療策略中的空白，可顯著激活T細胞，顯著增加T細胞對腫瘤的殺傷能力，能用于疫苗及工程化T細胞的制備。

技術領域

本發明涉及靶向藥物及免疫治療領域，具體涉及一種針對CLDN18-ARHGAP融合突變的新抗原肽及其應用。

背景技術

胃印戒細胞癌(signet ring cell carcinoma，SRCC)是一種惡性程度很高的彌漫型胃癌，占所有類型胃癌的17％左右。胃SRCC病灶呈彌漫浸潤性生長，易迅速出現腹腔轉移，對化療不敏感，也非現有靶向藥物優勢人群，預后極差。找到這一亞型胃癌的有效治療方法，有著急切的臨床需求性。

腫瘤免疫治療近幾年取得了飛速的發展及突破，而免疫治療成功的關鍵在于是否能激活靶向腫瘤細胞的特異性免疫反應。越來越多的研究表明，腫瘤新抗原(neoantigen)是誘發這一特異性反應的關鍵所在，而新抗原反應性T細胞(neoantigen reactive Tcells，NRT細胞)是包括免疫檢查點抑制劑、工程化免疫細胞、腫瘤疫苗等多個免疫治療策略獲得臨床響應的基石。通過高通量測序及大數據分析，利用生物信息學，篩選出針對癌細胞基因突變產生的特異性新抗原，分選并擴增NRT細胞回輸患者進行精準生物免疫治療的策略，是新一代免疫治療的方向。

然而，無論是目前文獻所報道的NRT治療，還是申請人帶領的研究團隊既往開展的NRT臨床試驗，多聚焦于基因點突變產生的新抗原。在我們的前期研究工作中卻發現：胃SRCC患者點突變負荷低，缺乏熱點突變，且點突變對應的部分新抗原免疫原性弱，靶向點突變新抗原的NRT細胞治療難以成功應用于胃SRCC的治療。

近年來，隨著第二代測序技術(next generation sequencing,NGS)的發展，TCGA完成了對多種腫瘤分子表型的深度分析，為腫瘤的精準治療奠定基礎。2014年Nature雜志報道了TCGA計劃在胃癌方面的研究成果，基于295例原發性胃腺癌組織的第二代測序結果，綜合分析基因組變異情況，將胃癌分成四個亞型，大部分胃印戒細胞癌屬于其中的基因組穩定型(genomically stable,GS)。GS類型胃癌組織學表型以彌漫型為主，分子表型上CDH1(37％)、RHOA(15％)、CLDN18-ARHGAP融合突變(15％)發生率高，對現有的靶向藥物缺乏有效應答。根據GS類型胃癌的特殊分子特征，目前已有一些藥物在研，如靶向CDH1和RHOA突變相關通路。

CLDN18-ARHGAP融合突變在胃癌早期發生、晚期進展過程中均起到驅動作用，發生CLDN18-ARHGAP融合突變的腫瘤細胞上皮表型丟失，發生上皮-間質轉化(EMT)，細胞癌變，細胞間粘附、細胞-細胞外基質間粘附均減少，易發生腫瘤細胞侵襲。此外，發生CLDN18-ARHGAP融合突變的胃SRCC患者不能從奧沙利鉑/氟尿嘧啶類化療藥物治療中獲益，預后更差。然而，針對CLDN18-ARHGAP融合突變在胃癌中的治療策略仍屬空白。

最近的研究表明：融合突變也可以產生新抗原，其免疫原性較傳統點突變強。融合基因是指將兩個或多個基因的編碼區首尾相連構成的嵌合基因，融合位點兩端的嵌合氨基酸序列有產生新抗原的潛力，且免疫原性較好。胃SRCC中CLDN18-ARHGAP融合突變比例達到17％，是NRT細胞治療的潛在理想靶點。因此，對于缺乏治療手段且預后較差的含CLDN18-ARHGAP融合突變胃SRCC來說，行CLDN18-ARHGAP融合突變NRT細胞治療可能是潛在的有效療法。

發明內容