[發明專利]一種基于人腸道菌群的自動化分型方法在審
| 申請號： | 202010313064.2 | 申請日： | 2020-04-20 |
| 公開（公告）號： | CN111524555A | 公開（公告）日： | 2020-08-11 |
| 發明（設計）人： | 王樹偉;肖云平;史賢俊;林博;張建明 | 申請（專利權）人： | 上海歐易生物醫學科技有限公司 |
| 主分類號： | G16B40/30 | 分類號： | G16B40/30 |
| 代理公司： | 蘇州中合知識產權代理事務所(普通合伙) 32266 | 代理人： | 劉召民 |
| 地址： | 201114 上海市閔*** | 國省代碼： | 上海;31 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 基于 腸道 自動 化分 方法 | ||
1.一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，包括如下步驟：
1)準備所有樣品的屬水平物種相對豐度表；
2)通過環繞中心點分割算法進行分區，對豐度分布進行聚類，并使用Calinski-Harabasz指數篩選最佳聚類個數；
3)通過輪廓驗證技術對聚類效果進行驗證；
4)根據最佳聚類個數進行BCA類間分析；
5)通過LEfSe分析篩選出每組中對差異貢獻最大的物種作為每個組的腸型，并繪制boxplot圖。
2.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟2)中，Calinski-Harabasz指數定義為：
其中Bk是聚類間平方和，Wk是聚類內平方和，選擇使CKk值最大的k簇的數目。
3.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟3)中，各數據點i的輪廓寬度S(i)由下式計算：
其中a(i)是樣本i與同一簇中所有其他樣本的平均差值或距離，b(i)是樣品i與最近簇中所有對象的平均差值或距離，
公式表示-1＝S(i)＝1，一個離自己聚類簇更近的樣本比具有較高的S(i)值，而S(i)接近0意味著給定的樣本位于兩個集群之間，大的負S(i)值表明樣本被分配到錯誤的聚類簇。
4.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟4)中，使用R和ade4包裝進行BCA類間分析。
5.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟5)中，通過秩和檢驗的方法檢測不同分組間的差異功能并通過線性判別分析LDA實現降維并評估差異物種的影響大小，得到LDA score。
6.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟5)中，腸型命名為G加數字形式。
7.根據權利要求1所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，
步驟5)中，采用LEfSe分析流程，找出不同聚類間顯著性的Biomarker。
8.根據權利要求1-7任意一項所述的一種基于人腸道菌群的自動化分型方法，其特征在于，步驟5)中，采用R語言的ggplot2軟件包繪制boxplot圖。
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