[發明專利]一種鑒定黃瓜種質真實性的SNP位點引物組合及應用

有效

• 申請號: 202010312892.4
• 申請日: 2020-04-20
• 公開（公告）號: CN111411165B
• 公開（公告）日: 2021-04-27
• 發明（設計）人: 溫常龍;楊靜靜;張建;羅江;劉龐源;毛愛軍;王航
• 申請（專利權）人: 北京市農林科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6806;C40B50/06;C40B40/08;C12N15/11
• 代理公司: 北京五洲洋和知識產權代理事務所(普通合伙) 11387
• 代理人: 榮紅穎

1.鑒定黃瓜種質真實性的核心SNP引物組，所述SNP引物組用于分別擴增如下SNP位點組；

所述SNP位點組由如下第一SNP位點到第四十八SNP位點組成：

第一SNP位點，所述第一SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第215528位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第二SNP位點，所述第二SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第6591765位，該位點的核苷酸堿基為A或T；

第三SNP位點，所述第三SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第18360230位，該位點的核苷酸堿基為G或C；

第四SNP位點，所述第四SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第19328118位，該位點的核苷酸堿基為T或C；

第五SNP位點，所述第五SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第21471767位，該位點的核苷酸堿基為G或C；

第六SNP位點，所述第六SNP位點位于黃瓜參考基因組第1染色體第26006098位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第七SNP位點，所述第七SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第430448位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第八SNP位點，所述第八SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第6544548位，該位點的核苷酸堿基為A或T；

第九SNP位點，所述第九SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第7082492位，該位點的核苷酸堿基為A或T；

第十SNP位點，所述第十SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第13016733位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第十一SNP位點，所述第十一SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第19736406位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第十二SNP位點，所述第十二SNP位點位于黃瓜參考基因組第2染色體第22890765位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第十三SNP位點，所述第十三SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第3674759位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第十四SNP位點，所述第十四SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第6715343位，該位點的核苷酸堿基為T或C；

第十五SNP位點，所述第十五SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第8251132位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第十六SNP位點，所述第十六SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第17274568位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第十七SNP位點，所述第十七SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第28481554位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第十八SNP位點，所述第十八SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第30072485位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第十九SNP位點，所述第十九SNP位點位于黃瓜參考基因組第3染色體第31558451位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第二十SNP位點，所述第二十SNP位點位于黃瓜參考基因組第4染色體第1284842位，該位點的核苷酸堿基為G或T；

第二十一SNP位點，所述第二十一SNP位點位于黃瓜參考基因組第4染色體第14339957位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第二十二SNP位點，所述第二十二SNP位點位于黃瓜參考基因組第4染色體第16172836位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第二十三SNP位點，所述第二十三SNP位點位于黃瓜參考基因組第4染色體第20428654位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第二十四SNP位點，所述第二十四SNP位點位于黃瓜參考基因組第4染色體第22774845位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第二十五SNP位點，所述第二十五SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第1045863位，該位點的核苷酸堿基為T或G；

第二十六SNP位點，所述第二十六SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第4850607位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第二十七SNP位點，所述第二十七SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第5787330位，該位點的核苷酸堿基為T或A；

第二十八SNP位點，所述第二十八SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第11869197位，該位點的核苷酸堿基為G或C；

第二十九SNP位點，所述第二十九SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第15556517位，該位點的核苷酸堿基為T或G；

第三十SNP位點，所述第三十SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第23713010位，該位點的核苷酸堿基為T或C；

第三十一SNP位點，所述第三十一SNP位點位于黃瓜參考基因組第5染色體第24681408位，該位點的核苷酸堿基為C或A；

第三十二SNP位點，所述第三十二SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第437035位，該位點的核苷酸堿基為G或C；

第三十三SNP位點，所述第三十三SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第6311543位，該位點的核苷酸堿基為T或G；

第三十四SNP位點，所述第三十四SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第7644442位，該位點的核苷酸堿基為T或C；

第三十五SNP位點，所述第三十五SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第8554160位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第三十六SNP位點，所述第三十六SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第9796426位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第三十七SNP位點，所述第三十七SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第11577012位，該位點的核苷酸堿基為T或G；

第三十八SNP位點，所述第三十八SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第13951516位，該位點的核苷酸堿基為T或A；

第三十九SNP位點，所述第三十九SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第18948506位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第四十SNP位點，所述第四十SNP位點位于黃瓜參考基因組第6染色體第24605064位，該位點的核苷酸堿基為A或T；

第四十一SNP位點，所述第四十一SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第4474790位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第四十二SNP位點，所述第四十二SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第6777921位，該位點的核苷酸堿基為C或A；

第四十三SNP位點，所述第四十三SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第7779724位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第四十四SNP位點，所述第四十四SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第9945305位，該位點的核苷酸堿基為T或C；

第四十五SNP位點，所述第四十五SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第10495910位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

第四十六SNP位點，所述第四十六SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第11918569位，該位點的核苷酸堿基為C或T；

第四十七SNP位點，所述第四十七SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第12580918位，該位點的核苷酸堿基為G或A；

第四十八SNP位點，所述第四十八SNP位點位于黃瓜參考基因組第7染色體第14166928位，該位點的核苷酸堿基為A或G；

所述黃瓜參考基因組為ChineseLong V2；

所述SNP引物組包括：

第一SNP引物組，用于擴增所述第一SNP位點；第二SNP引物組，用于擴增所述第二SNP位點；第三SNP引物組，用于擴增所述第三SNP位點；第四SNP引物組，用于擴增所述第四SNP位點；第五SNP引物組，用于擴增所述第五SNP位點；第六SNP引物組，用于擴增所述第六SNP位點；第七SNP引物組，用于擴增所述第七SNP位點；第八SNP引物組，用于擴增所述第八SNP位點；第九SNP引物組，用于擴增所述第九SNP位點；第十SNP引物組，用于擴增所述第十SNP位點；第十一SNP引物組，用于擴增所述第十一SNP位點；第十二SNP引物組，用于擴增所述第十二SNP位點；第十三SNP引物組，用于擴增所述第十三SNP位點；第十四SNP引物組，用于擴增所述第十四SNP位點；第十五SNP引物組，用于擴增所述第十五SNP位點；第十六SNP引物組，用于擴增所述第十六SNP位點；第十七SNP引物組，用于擴增所述第十七SNP位點；第十八SNP引物組，用于擴增所述第十八SNP位點；第十九SNP引物組，用于擴增所述第十九SNP位點；第二十SNP引物組，用于擴增所述第二十SNP位點；第二十一SNP引物組，用于擴增所述第二十一SNP位點；第二十二SNP引物組，用于擴增所述第二十二SNP位點；第二十三SNP引物組，用于擴增所述第二十三SNP位點；第二十四SNP引物組，用于擴增所述第二十四SNP位點；第二十五SNP引物組，用于擴增所述第二十五SNP位點；第二十六SNP引物組，用于擴增所述第二十六SNP位點；第二十七SNP引物組，用于擴增所述第二十七SNP位點；第二十八SNP引物組，用于擴增所述第二十八SNP位點；第二十九SNP引物組，用于擴增所述第二十九SNP位點；第三十SNP引物組，用于擴增所述第三十SNP位點；第三十一SNP引物組，用于擴增所述第三十一SNP位點；第三十二SNP引物組，用于擴增所述第三十二SNP位點；第三十三SNP引物組，用于擴增所述第三十三SNP位點；第三十四SNP引物組，用于擴增所述第三十四SNP位點；第三十五SNP引物組，用于擴增所述第三十五SNP位點；第三十六SNP引物組，用于擴增所述第三十六SNP位點；第三十七SNP引物組，用于擴增所述第三十七SNP位點；第三十八SNP引物組，用于擴增所述第三十八SNP位點；第三十九SNP引物組，用于擴增所述第三十九SNP位點；第四十SNP引物組，用于擴增所述第四十SNP位點；第四十一SNP引物組，用于擴增所述第四十一SNP位點；第四十二SNP引物組，用于擴增所述第四十二SNP位點；第四十三SNP引物組，用于擴增所述第四十三SNP位點；第四十四SNP引物組，用于擴增所述第四十四SNP位點；第四十五SNP引物組，用于擴增所述第四十五SNP位點；第四十六SNP引物組，用于擴增所述第四十六SNP位點；第四十七SNP引物組，用于擴增所述第四十七SNP位點；第四十八SNP引物組，用于擴增所述第四十八SNP位點；

所述SNP引物組應用于標準黃瓜種質，所述標準黃瓜種質選自以下105個黃瓜種質：

北京小刺瓜，CM8537，撫松葉三，青皮八杈，大青 7314-2-6-1-1，遼通密刺，黃鐵無刺瓜，bvrc1，前七里黃瓜，葉三白，遼陽葉三，新泰密刺，bvrc2，bvrc3，bvrc4，青島秋葉兒三，KagaFushinari，Sagami HanpakuFushinariKyuri，AonagaSuyoKyuri，Tsuda，SakataNatsusango，Honshu Aibai，Sekino No. 2，CGN19828，bvrc5，大刺黃瓜，秋黃瓜，冷露，bvrc6，bvrc7，bvrc8，四川白瓜，bvrc9，bvrc10，bvrc11，津研2號，Hok，151G，NemetKigyo，KecskemetiHamvas，M 5，752，Gy 3，Muromskij，AltaiskyRanny，A-C-3，Ames 1208，KlinskyMestnyj，65G，bvrc12，8181，Puerta-Rico #6，1972 B-2，SC 53-B，2163，SC 50，NationalPickle，Spartan Garden MSU-C7-63，GY14，Khiar，Rasht，WJR2930，9748，N2/81，7037A，7088D，7123C，7237A，7354A，AM56，CG6647，RenR12，RenR27，RenR44，RenR54，RenR57，G421，H19，Space Master，京研35，MB，D5，D31，Ou8，秋棚，TrueLemon，WCC8，WI2757，bvrc13，bvrc14，bvrc15，bvrc16，bvrc17，bvrc18，bvrc19，bvrc20，bvrc21，bvrc22，bvrc23，bvrc24，bvrc25，bvrc26，bvrc27，bvrc28，bvrc29。