[發明專利]魁蚶群體遺傳分析的EST-SSR熒光標記引物及應用

在審

• 申請號: 202010215671.5
• 申請日: 2020-03-25
• 公開（公告）號: CN111218517A
• 公開（公告）日: 2020-06-02
• 發明（設計）人: 吳彪;王文靜;劉志鴻;孫秀俊;周麗青;楊愛國
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院黃海水產研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/686;C12N15/11
• 代理公司: 北京科家知識產權代理事務所(普通合伙) 11427
• 代理人: 梁正賢

本發明提供了魁蚶群體遺傳分析的EST?SSR熒光標記引物及應用，屬于分子生物學領域，所述引物序列如SEQ NO.1?10所示，所述引物用于魁蚶群體的遺傳結構分析，為評估和監測我國魁蚶群體的遺傳結構變化提供有效工具。

技術領域

本發明涉及水產養殖領域中的水產動物群體遺傳分析的分子標記，具體是魁蚶群體遺傳分析的EST-SSR熒光標記引物及應用。

背景技術

魁蚶(Scapharca broughtonii),俗稱赤貝、血貝等，隸屬于軟體動物門(Mollusca)、瓣鰓綱(Lamellibranchia)、蚶目(Arcoida)、蚶科(Arcidae)、毛蚶屬(Scapharca)，是我國黃渤海區重要的大型經濟貝類。由于其營養價值高、味道鮮美、具有良好的市場前景，在我國北方沿海備受歡迎。近年來，魁蚶養殖在中國發展迅速，養殖規模不斷擴大。已有研究證明，中國魁蚶群體和韓國魁蚶群體在耐熱性、生長性狀等方面具有一定差異，國內一些養殖用戶引進韓國魁蚶進行繁育和養殖，這可能會影響中國魁蚶群體的遺傳結構。然而，目前能夠用于精確評估魁蚶群體遺傳結構的分子標記還非常有限。

微衛星DNA(microsatellite)，又稱為簡單重復序列(Simple Sequence Repeats，SSR)，是真核生物基因組中由1-6bp短重復核苷酸組成的序列。EST-SSR是基于表達序列標簽開發微衛星的一種新型分子標記，具有分布廣泛，密度大，多態性豐富、共顯性遺傳、易于PCR擴增等特點。研究表明，EST-SSR熒光標記的毛細管電泳檢測分辨率可達1bp，能更準確地檢測目標片段，具有快速、微量、自動化、高通量等優點，不僅大大提高了工作效率，實驗數據也更加準確，在遺傳多樣性、分子標記輔助育種、親緣關系分析、連鎖圖譜構建、功能基因定位、群體遺傳結構分析等領域有廣泛的應用。

目前，尚未有將EST-SSR熒光分子標記應用到魁蚶群體遺傳分析的相關報道。

發明內容

本發明的目的在于提供魁蚶群體遺傳分析的EST-SSR熒光標記引物及應用，用于魁蚶群體的遺傳結構分析，為評估和監測我國魁蚶群體的遺傳結構變化提供有效工具。

為了實現上述目的，本發明采取以下技術措施：

用于魁蚶群體遺傳分析的EST-SSR熒光標記引物，具體如下：

KH-10 F:AACATTGTGATTGTTTGTTGTTCA

R:CTGATGCGTTGCAACATAGG

KH-14 F:TGGTTCAGGTAACGGAGCTT

R:AGGATGGCAACTGCTTGACT

KH-16 F:AAGGGTCACATGCAATAGCC

R:ACACCGGTCAGTGAGTTTGA

KH-37 F:TGCATTAGTGATCATATAAGGATTCAA

R:CTGATCTGGAAGTGCGCATA

KH-38 F:AGAAGAGCCGTCACGACAAT

R:ATTAATTGTTCGTCGGCCAG

所述魁蚶群體遺傳分析的EST-SSR熒光標記引物的應用，包含以下步驟：

(1)提取待分析樣品DNA：采集不同魁蚶群體的樣品，提取基因組DNA；

(2)合成特異性熒光引物：篩選并合成所述的5對EST-SSR熒光引物；

(3)PCR擴增：采用熒光PCR反應分別利用所述的5對EST-SSR熒光引物對步驟(1)中的基因組DNA進行PCR擴增；