[發明專利]一種病原微生物藥敏檢測方法

在審

• 申請號: 202010192932.6
• 申請日: 2020-03-18
• 公開（公告）號: CN112779343A
• 公開（公告）日: 2021-05-11
• 發明（設計）人: 任緒義;陳書韻;呂江峰;俞岳峰;周靜;楊狄;潘彩霞;施宏;楊燚超;陳貽王;袁凱
• 申請（專利權）人: 杭州迪安醫學檢驗中心有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6895;C12Q1/14;C12Q1/10;C12Q1/04;G01N30/88
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100
• 代理人: 鄧世鳳

1.一種病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述的方法包括獲得待測樣本的生物標志物信息，根據生物標志物信息確定待測樣本在系統發生樹中的定位，根據定位確定待測樣本耐藥性的判斷規則，按照判斷規則獲得病原微生物的耐藥性。

2.權利要求1所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述的生物標志物信息為病原微生物中代謝物的信息和/或病原微生物的序列信息。

3.權利要求2所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述病原微生物中代謝物的信息為病原微生物中代謝物的質譜信息，優選的，所述病原微生物中代謝物的質譜信息為質荷比、保留時間和豐度中的一種或兩種以上的組合。

4.權利要求2所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述的病原微生物的序列信息為耐藥元件型生物標志物的核酸序列，優選的，所述的病原微生物的序列信息為耐藥基因、質粒、轉座子、整合子或插入序列。

5.權利要求4所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述的耐藥元件型生物標志物選自abarmA、abAPH(3’)-Ia、abOXA239、abNDM-10、abgyrA、abSUL-1、abSUL-2、abSUL-3、kpCTX-M-65、kpTEM-1b、kpIMP-4、kpKPC-2、kprmtB、kpAAC(3’)-Iid、kpQNR-S、kpgyrA、kpparC、kptetA、kptetD、kpSUL-1、kpSUL-2、kpSUL-3、ecrmtB、ecAAC(3’)-Iid、ecgyrA、ectetA、ectetB、ecSUL-1、ecSUL-2、ecSUL-3、ecIMP-4、ecNDM-5、ecTEM-1b、ecCTX-M-14、ecCTX-M-55、ecCTX-M-65、ecCMY、paTEM-1b、paGES-1、paPER-1、paKPC-2、paOXA-246、parmtB、paAAC(3’)-Iid、paAAC(6’)-IIa、paVIM-2、pagyrA、efermB、eftetM、eftetL、efparC、efANT(6’)-Ia、stmecA、stmsrA、stermA、stermB、stermC、strpoB、stgyrA、stAAC(6’)-APH(2’’)、stdfrG、sttetK、sttetL、stcfrA、spbpb1a、sppbp2x、spbpb2b、spdfr、sptetM、spermB、spgyrA、aat1a、acc1、adp1、mpib、sya1、vps13、zwf1b、fcy2、fur1、fca1、erg11、erg3、tac1、cdr1、cdr2、mdr1、pdr1、upc2a、fks1hs1、fks1hs2、fks2hs1、fks2hs2中的一種或兩種以上的組合。

6.權利要求1所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述的系統發生樹通過液相色譜串聯質譜技術和/或全基因組測序技術獲得。

7.權利要求6所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述系統發生樹的構建形式選自基于代謝物的組成與豐度差異的代謝譜型系統發生樹，基于微生物基因組SNP及InDel構建的核酸序列型系統發生樹，或者，基于微生物基因組核心耐藥元件及其上下游環境構建的核酸序列型系統發生樹。

8.權利要求7所述的病原微生物藥敏檢測方法，其特征在于，所述判斷規則包括：基于代謝物的組成與豐度差異的代謝譜型系統發生樹在系統發生樹不同分支上應用不同的判斷標準，和/或，基于微生物基因組核心耐藥元件及其上下游環境構建的核酸序列型系統發生樹在系統發生樹不同分支上應用不同的判斷標準。