[發(fā)明專利]結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置、結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索方法以及介質(zhì)

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010186715.6
• 申請(qǐng)日: 2020-03-17
• 公開（公告）號(hào): CN111816257A
• 公開（公告）日: 2020-10-23
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 佐藤博之
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 富士通株式會(huì)社
• 主分類號(hào): G16B30/10
• 分類號(hào): G16B30/10;G16B15/20;G16B30/00
• 代理公司: 北京集佳知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11227
• 代理人: 唐京橋;楊林森

1.一種被配置成搜索分子的穩(wěn)定結(jié)合結(jié)構(gòu)的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，其包括創(chuàng)建單元，

其中，將所述分子以至少一個(gè)分割點(diǎn)進(jìn)行分割，并且視為具有包括一個(gè)分割點(diǎn)的一個(gè)線性分子單元和包括所述一個(gè)分割點(diǎn)的另一線性分子單元的結(jié)構(gòu)，

線性分子單元和其他線性分子單元被布置在作為一組晶格的三維晶格空間的每個(gè)晶格點(diǎn)處，

包括相同分割點(diǎn)的線性分子單元被布置成彼此不交疊，并且還被布置成使得相同分割點(diǎn)位于相同晶格點(diǎn)處，并且

所述創(chuàng)建單元被配置成在所述三維晶格空間中創(chuàng)建所述分子的立體結(jié)構(gòu)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，

其中，所述分子是具有分支結(jié)構(gòu)的分子，

所述分割點(diǎn)是具有所述分支結(jié)構(gòu)的分子中的分支點(diǎn)，并且

將具有所述分支結(jié)構(gòu)的分子視為具有包括從所述分支點(diǎn)到分支端部的線性分子單元和包括從一個(gè)分支點(diǎn)到相鄰的另一分支點(diǎn)的線性分子單元的結(jié)構(gòu)。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，其中，將所述線性分子單元視為由另外的多個(gè)小線性分子單元組成的結(jié)構(gòu)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，還包括計(jì)算單元，所述計(jì)算單元被配置成通過針對(duì)所創(chuàng)建的所述分子的立體結(jié)構(gòu)使用退火方法執(zhí)行基態(tài)搜索來計(jì)算所述分子的具有最小能量的立體結(jié)構(gòu)。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，其中，所述分子為蛋白質(zhì)。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索裝置，其中，所述分割點(diǎn)位于所述蛋白質(zhì)的主鏈上，并且所述線性分子單元是氨基酸殘基或所述蛋白質(zhì)的主鏈的一部分。

7.一種結(jié)合結(jié)構(gòu)搜索方法，其是使用計(jì)算機(jī)來搜索分子的穩(wěn)定結(jié)合結(jié)構(gòu)的方法，所述方法包括：

將所述分子以至少一個(gè)分割點(diǎn)進(jìn)行分割，并且視為由包括一個(gè)分割點(diǎn)的一個(gè)線性分子單元和包括所述一個(gè)分割點(diǎn)的另一線性分子單元組成的結(jié)構(gòu)，

將所述線性分子單元和其他線性分子單元布置在作為一組晶格的三維晶格空間的每個(gè)晶格點(diǎn)處，

將包括相同分割點(diǎn)的線性分子單元布置成彼此不交疊，并且還進(jìn)行布置使得所述相同分割點(diǎn)位于相同晶格點(diǎn)處，以及

在所述三維晶格空間中創(chuàng)建所述分子的立體結(jié)構(gòu)。

8.一種其中存儲(chǔ)有程序的非暫態(tài)計(jì)算機(jī)可讀記錄介質(zhì)，所述程序使計(jì)算機(jī)執(zhí)行用于搜索分子的穩(wěn)定結(jié)合結(jié)構(gòu)的處理，所述處理包括：

將所述分子以至少一個(gè)分割點(diǎn)進(jìn)行分割，并且視為由包括一個(gè)分割點(diǎn)的一個(gè)線性分子單元和包括所述一個(gè)分割點(diǎn)的另一線性分子單元組成的結(jié)構(gòu)，

將所述線性分子單元和其他線性分子單元布置在作為一組晶格的三維晶格空間的每個(gè)晶格點(diǎn)處，

將包括相同分割點(diǎn)的線性分子單元布置成彼此不交疊，并且進(jìn)行布置使得所述相同分割點(diǎn)位于相同晶格點(diǎn)處，以及

在所述三維晶格空間中生成所述分子的立體結(jié)構(gòu)。