[發明專利]一種診斷肺腺癌的甲基化分子標志物及其應用

在審

• 申請號: 202010166690.3
• 申請日: 2020-03-11
• 公開（公告）號: CN111187841A
• 公開（公告）日: 2020-05-22
• 發明（設計）人: 匡牧宇;張輝標;孫藝華;周子瑯;肖健;曹佳實
• 申請（專利權）人: 華東醫院
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 上海精晟知識產權代理有限公司 31253
• 代理人: 周瓊

本發明提供了一種診斷肺腺癌的甲基化分子標志物及其應用，所述的甲基化分子標志物為甲基化EID3基因，通過測定樣本中EID3基因表達及甲基化水平來診斷肺腺癌。本申請首次證實了甲基化EID3基因可作為肺腺癌的診斷標志物，EID3在肺腺癌組織相對癌旁正常肺組織顯著高甲基化；甲基化EID3基因在肺腺癌組織中的特異性高表達，為肺腺癌的診斷提供了一種新途徑；本申請提供了用于檢測甲基化EID3基因的試劑盒，檢測準確率高，為肺腺癌的診斷提供了一種更加快速、準確的檢測方法。

技術領域

本發明屬于生物醫學檢測技術領域，涉及甲基化EID3作為診斷肺腺癌的分子標志物及制備診斷肺腺癌試劑或試劑盒中的應用。

背景技術

最新的臨床數據顯示，肺癌是全球發病率以及致死率最高的惡性腫瘤之一。而肺腺癌是其最常見的病理類型。一項針對我國不吸煙肺腺癌的研究相表明，相對于其他病理類型的肺癌，肺腺癌具有更多的基因變異。此外，肺腺癌病理亞類表現為多樣化，這些都給肺腺癌的診斷帶來了挑戰。低劑量肺CT是目前篩查肺癌的主要手段，使得大量肺腺癌患者在腫瘤發生早期被發現，并且隨著手術技術的革新、靶向治療的進展以及免疫治療的開展等，肺腺癌患者的預后有了一定的提升，但是肺腺癌患者的總體生存期仍不理想，5年生存率不足20％。尋找新的肺腺癌診斷靶點迫在眉睫。

在眾多的基因修飾方式中，最常見的為基因的甲基化修飾，而以往基因組學的研究著重于基因序列的改變，隨著表觀遺傳學的發展，研究者們發現，不僅僅是基因的序列，其修飾也可從親代遺傳到下一代。TCGA數據庫作為目前容量最大的公用數據庫之一，為我們提供了一個篩選新型靶點的好方法。本發明人利用TCGA中肺腺癌基因表達及基因甲基化數據庫，評估了肺腺癌中腫瘤及癌旁組織存在差異甲基化的基因，將其基因表達與甲基化水平相聯系，并且從中選擇差異顯著的基因－EID3做進一步研究。EID家族共有3個成員：EID1、EID2以及EID3。其中，EID3可直接影響甲基轉移酶家族成員DNMT3A，該酶具有雙甲基化和去甲基化能力。從而我們認為EID3基因的甲基化可能對肺腺癌的發生發展產生一定的影響。研究表明，在乳腺癌細胞中EID3表達的上調可誘導細胞衰老，并增加乳腺癌細胞對放化療的敏感性。血清中的EID3抗體可作為預測胰腺神經內分泌腫瘤復發的生物學標志物。

目前，肺腺癌中EID3基因及其甲基化的影響尚未有報道。并且尚未有用于檢測EID3基因表達及甲基化在組織中表達情況的完整試劑盒。

發明內容

為了解決以上現有技術存在的問題，本發明的目的在于從TCGA數據庫中進行篩選并使用本單位樣本進行驗證，提供一種診斷肺腺癌的甲基化基因標志物，本發明的另一目的在于提供檢測EID3基因表達及甲基化診斷試劑盒中的應用。本發明分析了TCGA數據庫以及來自復旦大學附屬華東醫院的肺腺癌隊列。本發明在TCGA甲基化數據庫基礎上，揭示了肺腺癌組織及癌旁正常肺組織具有顯著甲基化差異的基因(圖1)。

本發明在華東醫院驗證樣本中，設計了EID3基因甲基化測序特異性引物(圖2)，測序結果表明EID3在肺腺癌組織相對癌旁正常肺組織顯著高甲基化(圖3)，在所檢測的甲基化位點中，除194、204、208位點以外，其他位點甲基化水平相對較低。所有位點在T組中甲基化均顯著高于N組(圖4)。

本發明的主要技術方案如下：

一種甲基化分子標志物在制備肺腺癌診斷產品中的應用，所述的甲基化分子標志物為甲基化EID3基因。

進一步的，所述診斷產品通過測定樣本中EID3基因表達及甲基化水平來診斷肺腺癌。

進一步的，所述的樣本為肺腺癌組織。

一種用于診斷肺腺癌的檢測試劑盒，所述試劑盒用于檢測甲基化EID3基因。進一步的，所述的試劑盒中包含檢測甲基化EID3基因的引物對，所述引物對的序列如SEQ IDNO.1和SEQ ID NO.2所示。