[發(fā)明專利]一種豬背膘厚的分子標(biāo)記輔助選擇方法及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010158754.5
• 申請日: 2020-03-09
• 公開（公告）號: CN113373142B
• 公開（公告）日: 2023-02-21
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 唐中林;李巧偉;易國強;王斌虎
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/6888
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發(fā)明公開了一種豬背膘厚的分子標(biāo)記輔助選擇方法及其應(yīng)用，所述方法通過鑒定與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記的基因型來選擇低背膘厚的豬個體。所述與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列2號染色體第15,352,042個脫氧核苷酸處，其堿基類型為C或T，該位點處的基因型為CC的個體，其背膘厚度顯著低于TC和TT基因型個體。本發(fā)明提供的豬背膘厚的分子標(biāo)記輔助選擇方法，操作簡單，準(zhǔn)確性高，可以為豬生產(chǎn)性狀的分子標(biāo)記輔助選擇提供科學(xué)依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于豬育種技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種豬背膘厚的分子標(biāo)記輔助選擇方法及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

豬生長性能的高低是由瘦肉率、脂肪含量、豬肉品質(zhì)以及飼料利用率等指標(biāo)決定的，這些性狀常用于豬的遺傳改良評估。背膘厚度是衡量豬生長性能的一個重要指標(biāo)，其定義為豬倒數(shù)第3～4根肋骨處的背膘厚，其不僅可以影響與瘦肉率相關(guān)的生長性狀，還與產(chǎn)仔數(shù)等繁殖性狀相關(guān)。在豬育種工作中，背膘厚度是衡量豬品種優(yōu)劣的一個重要參考指標(biāo)，可用于選育優(yōu)良品種。

遺傳因素是影響豬背膘厚度的一個主要原因，但是，與豬背膘厚度相關(guān)的數(shù)量性狀基因座(QTL)數(shù)目比較多，分布比較密集，且在每個染色體上都有分布，因此很難通過QTL圖譜鑒定到真正影響背膘厚度的功能基因。而SNP(單核苷酸多態(tài)性)作為第三代分子標(biāo)記，易于基因分型，數(shù)量眾多，分布廣泛，代表性強并且遺傳穩(wěn)定性好，還具有檢測通量高、便于自動化分析等特點。因此，SNP在QTL定位、家畜遺傳圖譜構(gòu)建、標(biāo)記輔助選擇以及功能基因組分析等方面應(yīng)用廣泛，極大地促進(jìn)了分子標(biāo)記輔助育種。

因此，背膘厚度的遺傳規(guī)律改良對改善豬肉質(zhì)性狀和提高生產(chǎn)效率具有重要意義，亟需發(fā)掘與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記，以用于分子標(biāo)記輔助選擇。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述問題，本發(fā)明人進(jìn)行了銳意研究，檢測得到了一種與豬背膘厚顯著相關(guān)的SNP標(biāo)記，該標(biāo)記位于豬基因組2號染色體正義鏈上，其堿基類型為C或T，具體位于國際豬基因組10.2版本參考序列2號染色體第15,352,042個脫氧核苷酸處，該位點處的基因型為CC的個體，其背膘厚度顯著低于TC和TT基因型個體。可以通過選擇該位點的基因型為CC的豬來輔助早期選擇低背膘厚的豬個體，縮短了育種周期，提高了豬養(yǎng)殖業(yè)的經(jīng)濟效益與社會價值，從而完成了本發(fā)明。

具體來說，本發(fā)明的目的在于提供以下方面：

本發(fā)明提供了一種與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記，其中，所述SNP標(biāo)記位于豬基因組2號染色體正義鏈上，其堿基類型為C或T。

其中，所述SNP標(biāo)記位于豬基因組2號染色體的15.35Mb處，處于平均背膘厚、瘦肉百分比、日采食量、心臟重量、第十肋骨背膘肉和肩部皮下脂肪厚度性狀相關(guān)的QTL區(qū)域。

其中，所述與豬背膘厚相關(guān)的SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列2號染色體第15,352,042個脫氧核苷酸處。

其中，所述位于國際豬基因組10.2版本參考序列2號染色體第15,352,042個脫氧核苷酸處SNP標(biāo)記的CC基因型個體，其背膘厚度顯著低于TC和TT基因型個體。

本發(fā)明還提供了一種用于檢測上述SNP標(biāo)記的引物對，其中，所述引物對包含SEQID NO.1和SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

本發(fā)明還提供了一種用于檢測上述SNP標(biāo)記的試劑盒，其中，所述試劑盒包括引物對P1和P2，所述P1的核苷酸序列包括SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列；

所述P2的核苷酸序列包括SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列。

其中，所述試劑盒還包括PCR擴增體系，優(yōu)選包括PCR緩沖液、dNTP和DNA聚合酶。