[發明專利]一種與豬背膘厚相關的SNP標記及其利用方法

有效

• 申請號: 202010142498.0
• 申請日: 2020-03-04
• 公開（公告）號: CN113355427B
• 公開（公告）日: 2022-07-08
• 發明（設計）人: 唐中林;范新浩;易國強;王斌虎
• 申請（專利權）人: 中國農業科學院農業基因組研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達知識產權代理事務所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發明公開了一種與豬背膘厚顯著相關的SNP標記及其利用方法，所述SNP標記位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處，具體C/T多態性，該位點的基因型為TT的豬，相對于基因型為TC和CC的豬具有更低的背膘厚度。本發明提供的與豬背膘厚顯著相關的SNP標記，可以用于鑒定或者輔助鑒定豬背膘厚較低的個體，豐富了輔助育種的分子標記，增加了優良豬種的選育速度，加快了豬分子育種的步伐，同時為低背膘厚的豬育種提供了切實可行的方案，提高了豬生產企業的經濟效益。

技術領域

本發明屬于豬育種技術領域，具體涉及一種與豬背膘厚相關的SNP標記及其利用方法。

背景技術

豬生長性能的高低主要體現在肌肉含量、脂肪含量、豬肉品質以及飼料利用率等方面。在現代畜牧養殖過程中，背膘厚是一類重要的活體性能測定指標。該性狀不僅可以影響與瘦肉率相關的生長性狀，還會影響與產仔數相關的繁殖性狀。同時，在豬重要經濟性狀遺傳改良中，背膘厚也是衡量豬品種優劣的一個重要參考指標，常用于選育優良品種。

研究發現，遺傳因素是影響豬背膘厚最主要的原因，但是，目前發現的與豬背膘厚相關的數量性狀基因座(QTL)數量比較多，且置信區間較大，因此很難通過QTL圖譜鑒定到影響背膘厚的致因突變。

全基因組關聯分析是鑒定表型和基因型之間遺傳聯系的主要手段之一，可以用于鑒定影響背膘厚的SNPs(單核苷酸多態性)。單核苷酸多態性是指在基因組DNA序列上由單個堿基的突變而產生的一種多態性，這種突變包括單堿基的顛換、轉換、插入和缺失。

因此，發掘與豬背膘厚相關的SNP標記，對豬生長性狀的改良和優良豬品種的培育具有重要意義。

發明內容

為了克服上述問題，本發明人進行了銳意研究，得到一種與豬背膘厚顯著相關的SNP標記，該SNP標記位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處，具有C/T多態性，該位點的基因型為TT的豬，相對于基因型為TC和CC的豬具有更低的背膘厚度，可以通過鑒定該SNP位點的不同等位基因來篩選低背膘厚的豬種，以對豬的生長性狀進行改良，縮短了育種周期，加速了改良進程，提高了豬群的經濟效益與社會價值，從而完成了本發明。

具體來說，本發明的目的在于提供以下方面：

本發明提供了一種與豬背膘厚相關的SNP標記，其中，所述SNP標記位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處。

其中，所述位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處的SNP標記具有C/T多態性。

其中，所述位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處的SNP標記的等位基因C的基因頻率為0.9773，T的基因頻率為0.0627。

其中，所述位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處的SNP位點的基因型為TT的豬，相對于基因型為TC和CC的豬具有更低的背膘厚度。

本發明還提供了一種上述SNP標記在評估豬背膘厚方面的應用。

本發明還提供了一種豬背膘厚的遺傳改良方法，其中，所述方法包括確定豬核心群中種豬位于豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處的SNP標記，并根據所述標記做出相應選擇的步驟。

其中，所述種豬的繼代選育豬參考基因組Sscrofa10.2版本序列1號染色體第312,813,451bp處的SNP位點的基因型為TT的個體，淘汰該位點基因型為TC和CC的個體。

本發明所具有的有益效果包括：