[發(fā)明專利]綿羊CSF1R基因插入/缺失多態(tài)性的檢測引物對、試劑盒、方法和應用

在審

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• 申請日: 2020-03-02
• 公開（公告）號: CN111118148A
• 公開（公告）日: 2020-05-08
• 發(fā)明（設計）人: 張清峰;戶會娜;程志強;潘傳英;林春建;尹靜;韓旭飛;盧小芳;郝坤杰;藍賢勇
• 申請（專利權）人: 天津奧群牧業(yè)有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 天津盛理知識產(chǎn)權代理有限公司 12209
• 代理人: 李晶

本發(fā)明涉及一種綿羊CSF1R基因插入/缺失多態(tài)性的檢測引物對、試劑盒、方法和應用，所述引物對能夠用于PCR擴增包含綿羊CSF1R基因內(nèi)含子區(qū)插入/缺失多態(tài)性位點的片段。本發(fā)明根據(jù)綿羊CSF1R基因內(nèi)含子區(qū)插入/缺失多態(tài)性位點設計引物，以綿羊基因組DNA為模板，通過序列擴增、電泳鑒定，能夠簡單、快速、低成本、精確地檢測所述插入/缺失多態(tài)性位點的基因型，27?bp插入/缺失多態(tài)性位點的不同基因型與澳洲白綿羊的乳房炎性狀存在顯著相關的關系。本發(fā)明提供的檢測綿羊CSF1R基因插入/缺失多態(tài)性的方法，可應用于綿羊分子標記輔助選擇育種中，加快培養(yǎng)對乳房炎具有高抗性的綿羊群體。

技術領域

本發(fā)明屬于生物技術與家畜育種技術領域，尤其是一種綿羊CSF1R基因插入/缺失多態(tài)性的檢測引物對、試劑盒、方法和應用。

背景技術

綿羊以其產(chǎn)肉、產(chǎn)奶和產(chǎn)絨性能深受消費者的喜愛，隨著人們生活水平的提高，社會對羊肉、羊奶、羊絨等產(chǎn)品的需求越來越高。為了實現(xiàn)高產(chǎn)、優(yōu)質(zhì)和高效的綿羊育種目標，人們對綿羊的研究已在分子水平上，以DNA的多態(tài)性為標記對綿羊進行基因結(jié)構和功能的遺傳分析和研究，通過篩查與綿羊乳房炎性狀密切相關的DNA標記位點并進行檢測，并根據(jù)其基因多態(tài)性與乳房炎性狀的關聯(lián)，從而可以加快建立對乳房炎高抗性的綿羊種群，這類標記具有存在較為普遍、遺傳穩(wěn)定、準確度高等優(yōu)點，因而被廣泛應用于各個領域。

分子標記輔助選擇(MAS)作為分子遺傳標記的常用方法，通過對目標基因所連鎖的分子標記的基因型分析從而進行育種，使用這種方法可以大幅度地縮短育種年限，針對某一性狀專一選擇，從而能夠有效的提高育種效率。

近年來，隨著測序技術的不斷升級與測序成本的降低，插入/缺失(indel)突變作為一種重要的分子遺傳標記而逐漸受到人們的重視。插入和缺失(InDels)構成自然突變庫的重要組成部分，InDels是由于聚合酶滑移、轉(zhuǎn)座子、不均等交叉等導致的在整個基因組中大量分布的結(jié)構，有時可能導致生物體功能的獲得或喪失。InDels最常見的類別包括單堿基對插入和缺失，單體堿基對擴展和多堿基對擴展，然而在基因組中包含隨機序列和轉(zhuǎn)座子插入的InDel相對較少。由于可以簡單地使用凝膠對InDels進行基因分型鑒定，使InDels更具價值。在以前的一些研究中，還發(fā)現(xiàn)InDels比微衛(wèi)星標記更具多態(tài)性。如今，InDels已在多種應用中使用，包括種群遺傳學，分類學診斷標記，遺傳圖譜構建和不同農(nóng)作物中的關聯(lián)圖譜，在動物繁殖性狀的選育方面的indel標記的研究和應用較少。在羊上已有的部分關于indels的報道顯示：在生長方面，有報道在陜北白絨山羊KDM6A基因內(nèi)含子區(qū)域存在一個16bp的indel可以顯著的影響山羊的體高、胸深、體長等生長性狀(Wang.et al.,2018)；在繁殖方面，有報道山羊CTNNB1存在一26bp的indel與山羊第一胎產(chǎn)羔數(shù)極顯著相關(Zhang.et al.,2018)；還有chen等對山羊SPEF2三個indel位點進行了關聯(lián)分析，發(fā)現(xiàn)SPEF12對山羊的產(chǎn)羔數(shù)有顯著影響(chen et al.,2018)。這些研究都表明InDels對動物分子育種具有重要的意義和參考價值。

綿羊CSF1R基因，全稱為集落刺激因子1受體(Colony Stimulating Factor1Receptor)，位于5號染色體上，具有21個外顯子和20個內(nèi)含子，長度約為31.5kb，其cDNA可以編碼958個氨基酸的完整開放閱讀框。CSF1R基因為CSF1和IL34的細胞表面受體，在調(diào)節(jié)造血前體細胞，特別是巨噬細胞和單核細胞等單核吞噬細胞的存活、增殖和分化中起重要作用。其中巨噬細胞和單核細胞皆為吞噬細胞，在脊椎動物體內(nèi)參與非特異性防衛(wèi)(先天性免疫)和特異性防衛(wèi)(細胞免疫)。它們的主要功能是以固定細胞或游離細胞的形式對細胞殘片及病原體進行噬菌作用(即吞噬以及消化)，并激活淋巴球或其他免疫細胞，令其對病原體作出反應。單核吞噬細胞系統(tǒng)的發(fā)育需要巨噬細胞集落刺激因子(CSF-1)通過CSF-1受體(CSF1R，CD115)發(fā)出信號，CSF1R促進炎癥前趨化因子對IL34和CSF1的釋放，從而在先天免疫和炎癥過程中發(fā)揮重要作用。

通過檢索，尚未發(fā)現(xiàn)與本專利申請相關的公開專利文獻。