[發明專利]一種審核高通量測序基因變異檢測結果的方法

在審

• 申請號: 202010135146.2
• 申請日: 2020-03-02
• 公開（公告）號: CN111304308A
• 公開（公告）日: 2020-06-19
• 發明（設計）人: 譚達;王思振
• 申請（專利權）人: 北京泛生子基因科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;C12Q1/6886
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢;張立娜

1.一種審核高通量測序基因變異檢測結果的方法，包括如下步驟：

(A)構建訓練集，包括若干陽性變異位點和陰性非變異位點的測序數據；

(B)從訓練集中提取并向量化變異位點的特征；所述變異位點的特征包括以下任意6種或6種以上：

突變支持數：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads數；

突變頻率：腫瘤組織中待檢測突變位點的頻率；

堿基質量：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads中待檢測突變位點的堿基質量的均值；

錯誤比對率：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads中待檢測突變位點的上下游50bp序列錯誤比對率的均值；

HDR值：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads中疑似同源性比對錯誤得分；

SideB值：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads中邊緣偏好性得分；

StrandB值：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads的鏈偏好性得分；

堿基比率：正常對照組織和腫瘤組織中支持待檢測突變位點reads數的比值；

其他變異類型比率：腫瘤組織中如有某種變異類型外的其他變異類型，所述其他變異類型與所述某種變異類型的支持reads數之比；

比對長度：腫瘤組織中支持待檢測突變位點reads的平均長度；

InDel長度：Indel的缺失或插入長度；

(C)利用步驟(B)得到的特征結果，采用隨機森林法構建模型，然后利用模型判斷待測位點變異是否為變異位點。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述變異位點的特征還包括以下任意一種或一種以上：

比對質量：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads的比對質量的均值；

環境質量：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads中待檢測突變位點的上下游各50bp序列的堿基質量的均值；

插入片段大小：腫瘤組織中支持待檢測突變位點的reads的插入片段大小的均值；

基因組復雜度得分：待檢測突變位點上下游各20bp的參考基因組序列的復雜度得分；

正常覆蓋深度：正常對照組織中待檢測突變位點的覆蓋深度；

正常InDel存在率：腫瘤組織和/或正常組織中待檢測突變位點的上下游各50bp是否有InDel；如有，則計算該InDel的變異頻率和長度的乘積，或進一步將乘積相加；如無則為0。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于：所述基因變異的類型為堿基置換或InDel；所述模型根據變異類型構建，利用同一變異類型的變異位點的測序數據構建訓練集，提取并向量化特征并構建模型。

4.根據權利要求1-3中任一所述的方法，其特征在于：所述HDR值的計算方法為：

當支持待檢測突變位點的reads數小于5時，或者當支持待檢測突變位點的reads數大于等于5、支持待檢測突變位點的reads上下游某個變異在正常對照組織中與腫瘤組織中的變異頻率之差的絕對值小于0.7時，HDR值為0；

當支持待檢測突變位點的reads數大于等于5、支持待檢測突變位點的reads上下游某個變異在正常對照組織中與腫瘤組織中的變異頻率之差的絕對值大于等于0.7時，HDR值計算方式為：

其中，I_i等于1；n為符合HDR條件的位點個數。

5.根據權利要求1-4中任一所述的方法，其特征在于：所述SideB值的計算方式為：

當支持待檢測突變位點的reads數大于等于10時，所述SideB值按以下公式計算：

其中，n＝50，Dt_i是表示突變位點上游第i個bp的支持reads的深度；Dn_i是突變位點下游第i個bp的支持reads的深度；

當支持待檢測突變位點的reads數小于10時，所述SideB值為0。