[發(fā)明專利]一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR引物及其應(yīng)用

有效

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• 申請日: 2020-02-27
• 公開（公告）號: CN111440877B
• 公開（公告）日: 2020-12-15
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 張殿昌;郭梁;楊靜文;劉寶鎖;張楠;郭華陽;朱克誠
• 申請（專利權(quán)）人: 中國水產(chǎn)科學研究院南海水產(chǎn)研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 廣州知友專利商標代理有限公司 44104
• 代理人: 宣國華;劉艷麗

本發(fā)明公開了一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR引物，所述SSR多重PCR引物包括30對特異性引物，所述30對特異性引物的堿基序列分別如SEQ ID NO：1～60所示。該引物多態(tài)性高，PCR產(chǎn)物穩(wěn)定可靠。還公開了包括該引物的試劑盒、尖翅燕魚SSR多重PCR的方法以及上述引物、試劑盒在評估尖翅燕魚遺傳多樣性以及尖翅燕魚親子鑒定中的應(yīng)用。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于微衛(wèi)星標記技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR引物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

分子標記是群體動態(tài)監(jiān)測、種質(zhì)資源評估、譜系鑒定和增殖放流效果評估等研究和應(yīng)用的重要工具。微衛(wèi)星(Microsatellite DNA)又稱簡單重復序列(Simple SequenceRepeats，SSR)，一般指分布于基因組序列中基序在2～6個堿基的重復序列，微衛(wèi)星序列作為分子標記具有方法成熟、單位點信息含量高、結(jié)果可靠和成本低廉的優(yōu)點，結(jié)合多重PCR和通用熒光標記引物可使成本更低廉，目前廣泛應(yīng)用于譜系重構(gòu)等生產(chǎn)實踐中。

尖翅燕魚(Platax teira)又稱蝙蝠鯧，屬鱸形目、刺尾魚亞目、白鯧科、燕魚屬一種熱帶及溫帶地區(qū)近岸生活的海水魚類，分布于印太海域阿拉伯海、印度尼西亞至日本海海域。尖翅燕魚因外形奇特，可作為觀賞魚，尤其是幼魚時，而且生長非常迅速、肉質(zhì)鮮美、整個養(yǎng)殖過程可實現(xiàn)配合飼料投喂，是具有潛力的養(yǎng)殖品種。

現(xiàn)在主要利用電子標簽進行家系標記，但是該方法有諸多缺點：(1)該方法需要單獨的空間對每對親本進行配對和對每對親本配對產(chǎn)生的子代進行養(yǎng)殖，等子代長到約15公分才可以注射標簽；(2)該方法容易造成魚體損傷，而尖翅燕魚一旦受傷極容易死亡；(3)該方法需要將魚麻醉實施操作，需要大量勞動力。

應(yīng)用分子標記具有諸多優(yōu)點：(1)不需要單獨養(yǎng)殖，節(jié)省空間和成本；(2)只需剪取極少量的鰭條即可完成采樣，對魚體無損傷；(3)后續(xù)處理只需在實驗室即可操作，操作簡單；(4)多重PCR結(jié)合通用熒光標記引物與普通PCR相比可以成倍降低檢測成本。但當前還沒有應(yīng)用分子標記(SSR)對尖翅燕魚進行多重PCR以及譜系重構(gòu)方面開發(fā)。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提供一種用于尖翅燕魚的SSR多重PCR引物，該引物多態(tài)性高，擴增穩(wěn)定，結(jié)果可靠。

本發(fā)明的目的還在于提供一種尖翅燕魚微衛(wèi)星多重PCR的方法，該方法鑒定準確，價格低廉。

本發(fā)明的最后一個目的在于提供上述引物，以及包括上述引物的試劑盒在評估尖翅燕魚遺傳多樣性和尖翅燕魚親子鑒定方面的應(yīng)用。

本發(fā)明的上述第一個目的可以通過以下技術(shù)方案來實現(xiàn)的：一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR引物，所述SSR多重PCR引物包括30對特異性引物，分別為引物對Pte15，Pte52，Pte65，Pte66，Pte83，Pte84，Pte86，Pte131，Pte165，Pte183，Pte187，Pte214，Pte217，Pte243，Pte254，Pte258，Pte274，Pte308，Pte315，Pte331，Pte335，Pte382，Pte420，Pte457，Pte467，Pte499，Pte507，Pte528，Pte550和Pte578，其中每對引物包括一個正向引物和一個反向引物，所述30對特異性引物的堿基序列分別如SEQ ID NO：1～60所示。

進一步的，還包括4條熒光標記的通用引物M13、PQE-F、RV3和pVP16，所述通用引物M13、PQE-F、RV3和pVP16的堿基序列分別如SEQ ID NO：61～64所示，與其相配合的熒光標記分別為5-FAM、5-HEX、5-ROX和5-TAMRA。

本發(fā)明還提供了一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR的試劑盒，包括上述30對特異性引物。

進一步的，本發(fā)明還提供了另外一種用于尖翅燕魚SSR多重PCR的試劑盒，包括上述30對特異性引物以及上述熒光標記的通用引物。