[發明專利]一種用于異構集群環境中的自由能微擾計算調度方法在審
| 申請號： | 202010116568.5 | 申請日： | 2020-02-25 |
| 公開（公告）號： | CN111341391A | 公開（公告）日： | 2020-06-26 |
| 發明（設計）人： | 劉增輝;何咪;楊明俊;賴力鵬;馬健;溫書豪 | 申請（專利權）人： | 深圳晶泰科技有限公司 |
| 主分類號： | G16C20/50 | 分類號： | G16C20/50;G16C10/00 |
| 代理公司： | 深圳市科吉華烽知識產權事務所(普通合伙) 44248 | 代理人： | 胡吉科 |
| 地址： | 518000 廣東省深圳市*** | 國省代碼： | 廣東;44 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 用于 集群 環境 中的 自由能 計算 調度 方法 | ||
【權利要求書】：
1.一種用于異構集群環境中的自由能微擾計算調度方法，其特征在于，包括以下步驟：
步驟A:通過預先構造好的分子/蛋白質等結構和輸入文件，先進行npt系綜動力學模擬過程，獲得平衡態的結構；
步驟B: 運行基于哈密頓量的副本交換動力學計算；每個副本的溫度都是相同的，但是每個副本都對應一個標度因子即lambda,值在0-1之間，每個lambda都是用來影響副本的成鍵和非成鍵的相互作用，每個副本跑預先步數的分子動力學模擬，根據metropolis標準，相鄰的每個副本構型可以進行交換，在相空間上取樣并完成計算；
步驟C:完成之后解析軌跡文件，與各種prmtop 組合,生成新的amber計算輸入，計算組合后的每個軌跡對應的單點能，來計算新的能量;
步驟D:使用正則表達式提取log文件中的能量數值，清理中間臨時文件，帶入到自由能定義的公式中得到自由能值。
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