[發(fā)明專利]一種用于異構(gòu)集群環(huán)境中的自由能微擾計算調(diào)度方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010116568.5
• 申請日: 2020-02-25
• 公開（公告）號: CN111341391A
• 公開（公告）日: 2020-06-26
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉增輝;何咪;楊明俊;賴力鵬;馬健;溫書豪
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳晶泰科技有限公司
• 主分類號: G16C20/50
• 分類號: G16C20/50;G16C10/00
• 代理公司: 深圳市科吉華烽知識產(chǎn)權(quán)事務(wù)所(普通合伙) 44248
• 代理人: 胡吉科

1.一種用于異構(gòu)集群環(huán)境中的自由能微擾計算調(diào)度方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟A:通過預(yù)先構(gòu)造好的分子/蛋白質(zhì)等結(jié)構(gòu)和輸入文件，先進行npt系綜動力學(xué)模擬過程，獲得平衡態(tài)的結(jié)構(gòu)；

步驟B: 運行基于哈密頓量的副本交換動力學(xué)計算；每個副本的溫度都是相同的，但是每個副本都對應(yīng)一個標(biāo)度因子即lambda,值在0-1之間，每個lambda都是用來影響副本的成鍵和非成鍵的相互作用，每個副本跑預(yù)先步數(shù)的分子動力學(xué)模擬，根據(jù)metropolis標(biāo)準(zhǔn)，相鄰的每個副本構(gòu)型可以進行交換，在相空間上取樣并完成計算；

步驟C:完成之后解析軌跡文件，與各種prmtop 組合,生成新的amber計算輸入，計算組合后的每個軌跡對應(yīng)的單點能，來計算新的能量;

步驟D:使用正則表達式提取log文件中的能量數(shù)值，清理中間臨時文件，帶入到自由能定義的公式中得到自由能值。