[發明專利]一種新型β冠狀病毒變異檢測方法、探針和試劑盒

有效

• 申請號: 202010115142.8
• 申請日: 2020-02-25
• 公開（公告）號: CN111440896B
• 公開（公告）日: 2022-03-29
• 發明（設計）人: 杭興宜;孫永樂;梁加龍;屈武斌;王瑞超;蔡萬世
• 申請（專利權）人: 廣西識遠醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6869;C12N15/11
• 代理公司: 北京匯知杰知識產權代理有限公司 11587
• 代理人: 楊巍;柴春玲

1.一種新型β冠狀病毒變異檢測序列組合，所述序列組合包括RNA探針組或DNA探針組，其特征在于，所述的RNA探針組包括311條RNA探針，所述DNA探針組包括所述RNA探針組對應的311條DNA探針，所述的RNA探針序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.311所示。

2.根據權利要求1所述的新型β冠狀病毒變異檢測序列組合，其特征在于，所述序列組合還包括接頭序列、第一引物組和第二引物組；所述接頭序列包括SEQ ID NO.334和SEQ IDNO.335；所述第一引物組選自序列為SEQ ID NO.314～SEQ ID NO.333的引物對，用于文庫擴增，其中，SEQ ID NO.314和324、SEQ ID NO.315和325、SEQ ID NO.316和326、SEQ IDNO.317和327、SEQ ID NO.318和328、SEQ ID NO.319和329、SEQ ID NO.320和330、SEQ IDNO.321和331、SEQ ID NO.322和332、SEQ ID NO.323和333配對使用；所述第二引物組包括正向引物和反向引物，用于雜交捕獲文庫序列的擴增。

3.根據權利要求2所述的新型β冠狀病毒變異檢測序列組合，其特征在于，所述正向引物序列為SEQ ID NO.312，所述反向引物序列為SEQ ID NO.313。

4.根據權利要求1或2所述的新型β冠狀病毒變異檢測序列組合，其特征在于，所述的RNA探針為生物素標記的RNA探針。

5.一種新型β冠狀病毒變異檢測試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括根據權利要求1-4任一項所述的新型β冠狀病毒變異檢測序列組合。

6.根據權利要求5所述的新型β冠狀病毒變異檢測試劑盒，其特征在于，所述的試劑盒還包括：封閉緩沖液、RNA酶封閉液、雜交緩沖液、結合緩沖液、1倍濃度的SSC漂洗液、0.1倍濃度的SSC漂洗液、PCR反應液和TE緩沖液。

7.根據權利要求6所述的新型β冠狀病毒變異檢測試劑盒，其特征在于，所述的封閉緩沖液包括人cot-1DNA、鮭魚精DNA和通用型封閉序列。

8.一種非診斷目的的新型β冠狀病毒變異檢測方法，其特征在于，所述方法包括：

(1)提取病毒樣本的RNA；

(2)構建總RNA文庫，總RNA文庫包括由RNA逆轉錄而成的cDNA雙鏈序列和接頭；

(3)對所述RNA鏈特異性或非鏈特異性文庫用RNA探針組或DNA探針組進行兩輪捕獲和捕獲后擴增，所述的RNA探針組包括311條RNA探針，所述DNA探針組包括所述RNA探針組對應的311條DNA探針，所述的RNA探針序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.311所示；

(4)對所述兩輪捕獲后擴增的擴增物進行測序。

9.根據權利要求8的方法，其特征在于，所述方法還包括：對所述測序結果進行分析。

10.根據權利要求9的方法，其特征在于，所述分析包括：

(1)將測序數據定位到SARS-CoV-2的基因組數據MN908947.3的相應位置上，同時進行各項指標統計，包括比對率、覆蓋率、重復率、捕獲率、平均深度、均一性指標；

(2)將測序數據比對人類參考基因組，同時分離出比對不上人類參考基因組的結果；

(3)將上一步分離出的結果比對病毒庫，選取比對到病毒庫的結果，利用Trinity軟件進行組裝，得到病毒的組裝結果；

(4)將組裝結果比對病毒庫，確定病毒的分型結果是否為MN908947.3；

(5)選取(4)比對到MN908947.3基因組上的結果，進行突變尋找，突變包括SNP和InDel兩種類型，確定突變位點發生的基因、位置、功能、氨基酸改變。

11.RNA探針組或DNA探針組用于制備檢測新型β冠狀病毒變異的制劑的用途，其特征在于，所述的RNA探針組包括311條RNA探針，所述DNA探針組包括所述RNA探針組對應的311條DNA探針，所述的RNA探針序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.311所示；所述檢測新型β冠狀病毒變異通過根據權利要求8-10任一項的方法進行。