[發明專利]一種海洋浮游動物通用宏條形碼擴增引物

有效

• 申請號: 202010112359.3
• 申請日: 2020-02-24
• 公開（公告）號: CN111304336B
• 公開（公告）日: 2023-06-30
• 發明（設計）人: 李宏俊;孫藝;王孝程;李冬梅;王睿睿;葉金清;李飛;劉玉安;明紅霞;蘇潔
• 申請（專利權）人: 國家海洋環境監測中心
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6806;C12N15/11;C40B50/06
• 代理公司: 北京國翰知識產權代理事務所(普通合伙) 11696
• 代理人: 吳勝平

本發明提供一種海洋浮游動物通用宏條形碼擴增引物，屬于分子生物學技術領域，包括正向引物組和反向引物組，正向引物組由以下引物中的一條或多條組成：引物F1，引物F2，引物F3，引物F4，引物F5，引物F6，引物F7、引物F8，引物F9，引物F10；反向引物組由以下引物中的一條或多條組成：引物R1，引物R2，引物R3，引物R4，引物R5，引物R6，引物R7，引物R8，引物R9，引物R10。該引物包含本發明提供的條形碼序列，進行PCR擴增時能夠提高引物與模板的結合能力，提高PCR效率，提高測序序列的產出量，準確區分不同樣品，提高帶條形碼序列的拆分率，提高測序質量和鑒定物種類別的覆蓋度。

技術領域

本發明屬于分子生物學技術領域，具體涉及一種海洋浮游動物通用宏條形碼擴增引物。

背景技術

浮游動物種類多、數量大、分布廣，是海洋生物多樣性的重要組成部分。作為海洋初級生產力向高營養級傳遞的關鍵環節，浮游動物在海洋生態系統的物質循環和能量流動中起著重要作用，同時浮游動物對環境擾動非常敏感，其種類組成和群落結構可作為海洋生態系統結構變化的重要指示，可以為評價海洋生態系統環境質量和健康狀況提供指標。浮游動物種類的準確鑒定是浮游生態學研究的基礎，傳統形態鑒定方法無法滿足現代海洋生態管理與保護自動化、標準化的數據需求，ZooScan圖像識別和DNA條形碼技術等新技術的出現，極大推動了浮游動物分類學、生態學及相關領域的研究進展。浮游動物類群具有多樣性高的特點，傳統基于形態學的顯微計數法對鑒定人員的專業技能要求較高，并且不同鑒定人員的結果可比性較差，導致不同年際間的結果也缺乏可比性，這些缺陷導致基于形態學的鑒定方法難以滿足業務化監測的需求，因此，急需開發自動化、標準化的浮游動物種類鑒定技術。

現有技術如授權公告號為CN?102653784B的中國發明專利，該發明提供了一種用于多重核酸測序的標簽及其使用方法。基于目前Illumina公司提供的Illumina/Solexa測序平臺，針對測序文庫，特別是Illumina/Solexa測序樣品建庫方法，設計了不同長度的標簽，其中獨特的梯度標簽序列(index1-6)，通過接頭將標簽嵌入測序文庫的3’接頭中，成功的建立了測序標簽文庫。此方法適合任何生物的測序標簽文庫構建，并成功用于Illumina/Solexa測序，不僅增大了Illumina/Solexa測序樣品的測序通量，而且降低了針對Illumina/Solexa測序測序的費用。

發明內容

本發明的目的在于提供一組用于構建海洋浮游動物18S?rDNA多重測序文庫的PCR引物，該引物包含特定的條形碼序列，進行PCR擴增時能夠提高引物與模板的結合能力，提高PCR效率，提高測序序列的產出量，準確區分不同樣品，提高帶條形碼序列的拆分率，提高測序質量和鑒定物種類別的覆蓋度。

本發明為實現上述目的所采取的技術方案為：

一組用于標記海洋浮游動物待測序核酸樣品的條形碼序列，上述的一組條形碼序列包含以下10個Barcodes中的2個或多個：

Barcode1：AGTCTAGC；Barcode2：ACTGCAGC；

Barcode3：CTATGCGT；Barcode4：CGAATCTG；

Barcode5：TCAGATCA；Barcode6：TCCAGTGC；

Barcode7：GTCATCGA；Barcode8：GACACTTG；

Barcode9：TCGATCCG；Barcode10：AATCGTAG。