[發(fā)明專利]與山羊羊絨纖維直徑相關(guān)的遺傳標記及其應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010107218.2
• 申請日: 2020-02-21
• 公開（公告）號: CN111549143B
• 公開（公告）日: 2023-04-14
• 發(fā)明（設計）人: 王繼卿;孫凱;羅玉柱;劉秀;李少斌;胡江
• 申請（專利權(quán)）人: 甘肅農(nóng)業(yè)大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 北京興智翔達知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11768
• 代理人: 郭衛(wèi)芹

本發(fā)明提供與山羊羊絨纖維直徑相關(guān)的遺傳標記，其位于KRTAP2?1基因上，具有A、B和C三個優(yōu)勢等位基因，所述等位基因A、B和C的核苷酸序列分別為序列表中SEQ?ID?No.1?SEQ?ID?No.3；含有等位基因C的個體，其羊絨纖維直徑最小；缺失等位基因C的個體，其羊絨纖維直徑最大。本發(fā)明公開的遺傳標記能夠用于鑒定隴東絨山羊羊絨纖維直徑大小，能夠用于選留羊絨纖維直徑小、淘汰羊絨纖維直徑大的隴東絨山羊。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及與山羊羊絨纖維直徑相關(guān)的遺傳標記及其應用。

背景技術(shù)

山羊絨纖維由次級毛囊產(chǎn)生，具有細而柔軟、輕而保暖、絨面柔滑豐滿、彈性和吸濕性好、風格獨特和穿著舒適等優(yōu)點，其價格也遠高于綿羊毛和馬海毛，在業(yè)界被稱為“軟黃金”和“纖維鉆石”。在羊絨的經(jīng)濟性狀中，產(chǎn)絨量和平均纖維直徑是最重要的兩個性狀，直接決定了山羊絨的經(jīng)濟價值。

角蛋白(Keratins,Ks)和角蛋白關(guān)聯(lián)蛋白(Keratin-associatedproteins,KAPs；其編碼基因標識為KRTAPs)是羊絨纖維的主要結(jié)構(gòu)蛋白，約占其總重量的90％。前者形成角蛋白中間絲(keratin?intermediate?filaments,KIFs)，后者交聯(lián)形成KIFs的基質(zhì)。Ks和KAPs直接決定了羊絨纖維的理化特性。

KAPs是一類復雜的蛋白質(zhì)，最明顯的特點是含有大量的半胱氨酸(Cysteine,Cys)或甘氨酸(Glycine,Gly)和酪氨酸(Tyrosine,Tyr)。根據(jù)氨基酸成分和含量，KAPs可以分為3類：高甘氨酸/酪氨酸KAPs(HGT-KAPs，含有35～60mol％的Gly和Tyr)、高硫KAPs(HS-KAPs，含有≤30mol％的Cys)和超高KAPs(UHS-KAPs，含有30mol％的Cys)。根據(jù)序列相似性，可將KAPs進一步分為不同的家族。到目前為止，已經(jīng)在哺乳動物中發(fā)現(xiàn)了來自27個基因家族的100多個KRTAPs基因。然而，在山羊中只發(fā)現(xiàn)了來自11個家族的14個KRTAPs基因。這表明，在山羊基因組中還有大量的KRTAPs基因有待進一步鑒定。

已有研究表明，KRTAPs基因的核苷酸序列變異與山羊的產(chǎn)絨性狀有很強的相關(guān)性。王杰等在高原型藏山羊上發(fā)現(xiàn)了3個基因型，其中BB基因型個體的羊絨纖維直徑比AB基因型個體小0.9μm，比AA基因型個體小0.37μm(P0.05)。Wang等發(fā)現(xiàn)KRTAP20-2等位基因A的存在與隴東絨山羊較大的產(chǎn)絨量相關(guān)(P0.001)，等位基因B的存在與較小的產(chǎn)絨量和纖維自然長度相關(guān)(P0.05)，推測KRTAP20-2基因可以作為隴東絨山羊產(chǎn)絨量和纖維長度的有效分子標記。Fang等研究表明，新疆絨山羊KRTAP13-1中GT基因型個體的絨層厚度比GG基因型個體高0.393cm(P0.05)。上述結(jié)果表明，研究山羊KRTAPs基因的核苷酸序列變異及其與產(chǎn)絨性狀的相關(guān)性對絨山羊生產(chǎn)實踐有重要意義。

KRTAPs基因一般只有1個不到1000bp的外顯子，沒有內(nèi)含子。人類基因組中已鑒定出KRTAP2基因家族，它屬于HS-KAPs，由KRTAP2-1、KRTAP2-2、KRTAP2-3、KRTAP2-4和KRTAP2-5P(假基因)5個成員組成，而目前尚未鑒定和研究山羊KRTAP2基因家族。

發(fā)明內(nèi)容

為了解決現(xiàn)有技術(shù)中存在的問題，本發(fā)明提供了與山羊羊絨纖維直徑相關(guān)的遺傳標記及其應用。本發(fā)明以隴東絨山羊為研究對象，利用比較基因組、生物信息學、聚合酶鏈反應-單鏈構(gòu)象多態(tài)性(polymerase?chain?reaction-single?stranded?conformationpolymorphism,PCR-SSCP)和測序等方法，在山羊基因組中鑒定了KRTAP2-1基因，研究了該基因的單核苷酸多態(tài)性(single?nucleotide?polymorphisms,SNPs)和氨基酸序列特征，最后分析了KRTAP2-1基因的核苷酸序列變異對隴東絨山羊羊絨性狀的影響。