[發明專利]從頭合成的基因文庫

在審

• 申請號: 202010099692.5
• 申請日: 2014-08-05
• 公開（公告）號: CN111593414A
• 公開（公告）日: 2020-08-28
• 發明（設計）人: 威廉·巴尼亞伊;比爾·詹姆士·佩克;安德烈斯·費爾南德斯;陳思遠;皮埃爾·尹德穆勒
• 申請（專利權）人: 特韋斯特生物科學公司
• 主分類號: C40B40/08
• 分類號: C40B40/08;C40B50/06;C12N15/10;C12M1/00
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 武晶晶

1.一種基因文庫，其包含基因的集合，其中所述集合包含至少50種不同的預選合成基因，這些預選合成基因各自具有至少0.5kb的長度，并且相比于包含這些基因的預定序列具有小于1/3000bp的錯誤率。

2.一種基因文庫，其包含基因的集合，其中所述集合包含各自具有至少0.5kb長度的至少50種不同的預選合成基因，其中至少90％的預選合成基因相比于包含這些基因的預定序列包含小于1/3000bp的錯誤率。

3.一種構建基因文庫的方法，其包括：

(a)在第一時間點之前在計算機可讀非暫時性介質中輸入至少第一基因列表和第二基因列表，其中所述基因為至少500bp并且其中當編譯成聯合列表時，該聯合列表包含至少100種基因；

(b)在第二時間點之前合成所述聯合列表中超過90％的基因，從而構建具有可傳送基因的基因文庫；

其中所述第二時間點與第一時間點相隔少于一個月。

4.一種構建基因文庫的方法，其包括：

(a)在第一時間點在計算機可讀非暫時性介質中輸入基因列表，其中所述列表包含至少100種基因并且其中所述基因為至少500bp；

(b)合成所述基因列表中超過90％的基因，從而構建具有可傳送基因的基因文庫；以及

(c)在第二時間點傳送所述可傳送基因，其中所述第二時間點與第一時間點相隔少于一個月。

5.一種在基底上合成n-聚體寡核苷酸的方法，其包括：

(a)提供具有解析座位的基底，該解析座位用適合于核苷酸偶聯的化學部分功能化；以及

(b)根據座位特異性預定序列，使至少兩個結構單元與各自位于其中一個解析座位上的多個生長寡核苷酸鏈以每小時至少10個核苷酸的速率偶聯，從而合成n個堿基對長的多個寡核苷酸。

6.一種在具有功能化表面的基底上合成寡核苷酸的方法，其包括：

(a)通過至少一個噴墨泵向多個座位中的第一座位施加至少一滴第一試劑；

(b)向所述基底施加負壓；以及

(c)通過至少一個噴墨泵向所述第一座位施加至少一滴第二試劑。

7.一種構建基因文庫的方法，其包括：

(a)在第一時間點在計算機可讀非暫時性介質中輸入基因列表，其中所述列表包含至少100種基因并且其中所述基因為至少500bp；

(b)合成所述基因列表中超過90％的基因，從而構建具有可傳送基因的基因文庫；

(c)制備代表所述基因文庫的測序文庫；

(d)獲得序列信息；

(e)基于所述序列信息選擇所述可傳送基因的至少一個子集；以及

(f)在第二時間點傳送所選擇的可傳送基因，其中所述第二時間點與第一時間點相隔少于一個月。

8.一種核酸擴增方法，其包括：

(a)提供包含n個環化單鏈核酸的樣品，所述n個環化單鏈核酸各自包含不同的靶序列；

(b)提供可與所述n個環化單鏈核酸中的m個上的至少一個銜接子雜交序列雜交的第一銜接子；

(c)提供適合于使用所述m個環化單鏈核酸作為模板延伸第一銜接子的條件，從而生成m個單鏈擴增子核酸，其中所述m個單鏈擴增子核酸中的每一個均包含來自其模板的靶序列的多個復制物；

(d)提供可與第一銜接子雜交的第一輔助寡核苷酸；以及

(e)在適合于第一作用物在多個切割位點處切割所述m個單鏈擴增子核酸的條件下提供第一作用物，從而生成所述m個環化單鏈核酸中的靶序列的多個單鏈復制物。

9.一種用于核酸合成的微流體裝置，其包含基本上為平面的基底部分，該基底部分在相對的表面之間包含n個分組的m個微流體連接，

其中n*m個微流體連接中的每一個包含第一通道和第二通道，

其中所述n個分組中的每個分組內的第一通道為所有m個微流體連接所共用，

其中所述多個微流體連接沿著所述基底的最小維度跨越所述基本上為平面的基底部分，并且

其中n和m至少為2。

10.一種用于進行一組平行反應的系統，其包括：

(a)具有多個解析座位的第一表面；

(b)具有多個解析反應器帽的加帽元件；

其中所述系統使所述多個解析反應器帽與第一表面上的多個解析座位對準，以在第一表面與加帽元件之間形成暫時的密封，從而將第一表面上的座位物理地分成至少兩個座位的組，分至與每一個反應器帽相關聯的反應器內，并且其中每一個反應器容納第一組試劑。