[發(fā)明專利]一種檢測豬眼肌面積的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010097989.8
• 申請(qǐng)日: 2020-02-17
• 公開（公告）號(hào): CN112941198B
• 公開（公告）日: 2022-07-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 唐中林;陳云;易國強(qiáng);王斌虎
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院深圳農(nóng)業(yè)基因組研究所
• 主分類號(hào): C12Q1/6888
• 分類號(hào): C12Q1/6888;C12Q1/6806;C12N15/11
• 代理公司: 北京康思博達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11426
• 代理人: 劉冬梅;范國鋒

本發(fā)明公開了一種與豬眼肌面積相關(guān)的SNP標(biāo)記及其檢測方法和用途，其中，所述SNP標(biāo)記位于國際豬基因組10.2版本參考序列4號(hào)染色體上第134,993,242處，具有T/G多態(tài)性；該SNP標(biāo)記的基因型為GG的豬相較于基因型為TT和TG的豬具有較大的眼肌面積。本發(fā)明所提供的與豬眼肌面積相關(guān)的SNP標(biāo)記的確定，可以輔助選擇眼肌面積大的豬優(yōu)勢(shì)品種，縮短了育種周期，提高了育種效率和育種精度。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種檢測豬眼肌面積的SNP標(biāo)記、方法和用途。

背景技術(shù)

我國是世界上豬肉生產(chǎn)和豬肉消費(fèi)的第一大國，近些年來，隨著豬肉總量和人民生活水平的提高，對(duì)高品質(zhì)的豬肉需求也越來越高。眼肌也叫背最長肌，是豬全身最鮮嫩的肉，是高品質(zhì)豬肉的代表。眼肌面積是指豬背最長肌的橫斷面面積，是評(píng)定豬生長性能和胴體產(chǎn)肉能力的主要指標(biāo)，眼肌面積的增加可以提高胴體瘦肉率，降低背膘厚，提高飼料利用率。

眼肌面積是一個(gè)數(shù)量性狀，現(xiàn)有技術(shù)中的研究表明，影響數(shù)量性狀的既有數(shù)目眾多的微效基因的共同作用，又有效應(yīng)較大的主效基因的主導(dǎo)作用。微效多基因在基因組中的分布也并不是隨機(jī)的，通常是具有相同或相關(guān)功能的基因聚集在彼此相近的染色體區(qū)域，形成緊密連鎖的基因簇，即數(shù)量性狀基因座(Quantiative trait locus，QTL)。

目前，關(guān)于生長性狀主基因和QTL檢測方面的研究報(bào)道很多，也取得了一些進(jìn)展。在所研究的候選基因中，以生長激素(Growth hormone，GH)基因，類胰島素生長因子-1(Insulin-like growth factor-1，IGF-1)基因和PIT1基因等的研究較多。很多學(xué)者發(fā)現(xiàn)，外源生長激素可提高豬的日增重、瘦肉率和飼料轉(zhuǎn)化率，并降低背膘厚，但對(duì)不同品種而言，GH的效應(yīng)有所不同。Cassas-Carrillo等將GH基因和IGF-1基因作為豬生長性狀和胴體性狀的候選基因，對(duì)不同基因型與生長性狀和胴體性狀的關(guān)系進(jìn)行了分析，結(jié)果表明GH和IGF1的不同基因型與性狀顯著相關(guān)。此外，Yu等通過候選基因分析法發(fā)現(xiàn)，PIT1基因是與豬出生重和背膘厚相關(guān)的主基因，且該基因被定位于Andersson等發(fā)現(xiàn)的第13號(hào)染色體上與生長速度有關(guān)的QTL中。但是，候選基因法不能檢測位置功能的基因，QTL定位置信區(qū)間比較大且會(huì)受到不同家系群體的影響，同樣不能滿足需求。

隨著豬基因組測序和高密度SNP的開發(fā)，使得全基因組關(guān)聯(lián)分析(GWAS)能夠?qū)Ρ姸嘀匾誀畹暮蜻x基因進(jìn)行鑒定。全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-Wide Association Study，GWAS)是指在數(shù)百或數(shù)千個(gè)個(gè)體的大群體中，對(duì)全基因組范圍內(nèi)單核苷酸多態(tài)性(SNP)進(jìn)行基因分型，進(jìn)而將基因型與記錄的表型值進(jìn)行群體水平的統(tǒng)計(jì)學(xué)分析，基于得到的統(tǒng)計(jì)量和P值，篩選出最有可能影響該性狀的SNPs標(biāo)記。其最早由Risch和Merikangas等人提出，他們認(rèn)為該方法的檢測效率要比連鎖分析更高，檢測力更強(qiáng)。同時(shí)，可以在大群體中對(duì)數(shù)量經(jīng)濟(jì)性狀和復(fù)雜疾病的真正致因突變及候選基因進(jìn)行定位。單核苷酸多態(tài)性(singlenucleotide polymorphism，SNP)主要是指在基因組水平上由單個(gè)核苷酸的變異所引起的DNA序列多態(tài)性。它是人類可遺傳的變異中最常見的一種，占所有已知多態(tài)性的90％以上。SNP具有分布廣，密度高，多態(tài)性豐富，和易于高通量自動(dòng)化檢測等優(yōu)點(diǎn)，因而常作為全基因組關(guān)聯(lián)分析的標(biāo)記。

然而，目前仍缺少功能明確、效應(yīng)顯著且可直接用于育種的與豬眼肌面積相關(guān)的SNP標(biāo)記，因此，有必要深入地研究和探索豬眼肌面積這一性狀的調(diào)控機(jī)理和遺傳機(jī)制，提供與豬眼肌面積相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，以利用其選育高品質(zhì)豬肉的豬種，實(shí)現(xiàn)我國豬育種理論和技術(shù)水平的提升。

發(fā)明內(nèi)容

為了克服上述問題，本發(fā)明人進(jìn)行了銳意研究，發(fā)現(xiàn)了與豬眼肌面積相關(guān)的SNP標(biāo)記，其位于豬參考基因組Sscrofa10.2的Chr4：134,993,242處，具有T/G多態(tài)性，可以通過鑒定該SNP標(biāo)記的基因型來篩選眼肌面積大的豬品系，所得豬個(gè)體品質(zhì)更高的豬品系具有重要的經(jīng)濟(jì)效益與社會(huì)價(jià)值，從而完成了本發(fā)明。