[發明專利]豬生長速度相關的SNP標記及其應用

在審

• 申請號: 202010092379.9
• 申請日: 2020-02-14
• 公開（公告）號: CN111154893A
• 公開（公告）日: 2020-05-15
• 發明（設計）人: 趙書紅;辛穎;李新云;劉小磊;許靜雅;劉連超;張從林;趙志超;劉向東
• 申請（專利權）人: 廣西揚翔股份有限公司;華中農業大學
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;A01K67/02
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 黃瓊

本發明提出了與豬生長速度相關的SNP標記，所述SNP標記選自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，為堿基C或T。由此，能夠準確、高效地選育出生長速度較快的優良豬品種，具有簡單、快捷、靈敏度高和特異性好等突出優點，為豬生長速度相關的育種提供了新的分子標記資源和應用。

技術領域

本發明涉及SNP標記及其應用。具體地，本發明涉及豬生長速度相關的SNP標記及其應用。

背景技術

家豬是人類最早馴化的家養動物之一，家豬作為人類肉食消費的主要畜種，豬肉產量也是位列各個家畜之首。我國人口眾多，對豬肉的需求量極大，進行豬的遺傳改良，提高生豬養殖效率是目前育種工作的一項刻不容緩的重大任務。隨著科技的發展，生豬養殖在遺傳育種、營養調控以及疾病防控等方面均取得了顯著突破，商品豬的生長速度、瘦肉率以及料肉均有了巨大的提升。

在豬生產中，生長性狀是非常重要的經濟性狀，直接影響生豬養殖的經濟效益，也是育種工作者最關心的性狀。其中，生長性狀主要分為4個度量標準：生長速度、飼料轉化效率、采食量和活體背膘厚。生長速度通常用平均日增重表示，即指在一定時間內生長育肥豬平均每天增加的體重，一般是計算某段時間內體重增量除以飼養天數。100KG體重日齡也是生長速度的關鍵指標，即在出生后達到體重100KG的日齡。目前，通常用來測定生長性狀的指標包括平均日增重、100KG日齡、飼料轉化效率和剩余采食量。校正100KG日增重這個性狀是根據下列公式計算得到的，是目前國內生豬養殖最常用的測定生長速度的指標之一。

校正1OOKG日增重＝100KG/校正100KG日齡

豬生長性狀是由多基因控制的復雜性狀，采用常規的遺傳手段難以精確的鑒定其主效基因，而基于高密SNP芯片或測序的全基因組關聯分析為復雜疾病或數量性狀候選基因定位提供了有效的技術手段。全基因組關聯分析的概念是Risch在1996年首次提出的，他曾發現在復雜性狀的遺傳學研究中關聯分析比連鎖分析的效果更好、統計效力更高，于是提出全基因組關聯分析的概念。全基因組關聯分析是指在全基因組范圍內尋找與目標性狀顯著相關的遺傳變異。全基因關聯分析的原理是連鎖不平衡，即在全基因組范圍內總會存在一個SNP與引起性狀的致因突變存在連鎖不平衡，通過檢測該SNP就可以縮小或識別出影響性狀的基因組位置。自2005年發表的第一篇關于視網膜黃斑變性的全基因組關聯分析以來，GWAS方法已經成為復雜疾病和數量性狀研究的重要方法之一。

全基因關聯分析時常用的模型有一般線性模型(GLM)、混合線性模型(MLM)、邏輯回歸模型(LR)和貝葉斯模型(Bayesian)等。近年來，對于豬生長性狀的全基因組關聯分析也越來越多，但大多研究的樣本含量比較小且在單一品種內開展，這種情況下得到的研究結果容易被質疑且很難得到廣譜的控制生長性狀的候選基因。

因此，目前針對豬生長速度的SNP標記仍有待研究。

發明內容

本發明旨在至少在一定程度上解決現有技術中存在的技術問題。為此，本發明提出了與豬生長速度相關的SNP標記及其應用、預測豬生長速度的方法和系統以及豬選育系統。由此，能夠準確、高效地選育出生長速度較快的優良豬品種，具有簡單、快捷、靈敏度高和特異性好等突出優點，為豬生長速度相關的育種提供了新的分子標記資源和應用。

其中，需要說明的是，SNP(single nucleotide polymorphism,SNP，即單核苷酸多態性)是1996年由美國麻省理工學院的人類基因組研究中心學者Lander提出的一類分子遺傳標記，主要是指基因組水平上由單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。SNP表現出的多態性僅涉及到單個堿基的變異，表現是有轉換、顛換、插入和缺失等。

在本發明的一個方面，本發明提出了一種與豬生長速度相關的SNP標記。根據本發明的實施例，所述SNP標記選自SEQ ID NO：1所示的核苷酸序列的第51位核苷酸，為堿基C或T。