[發明專利]一種輔助選擇水稻早抽穗基因的InDel分子標記及其應用

有效

• 申請號: 202010087836.5
• 申請日: 2020-02-12
• 公開（公告）號: CN111206113B
• 公開（公告）日: 2021-07-02
• 發明（設計）人: 張月雄;秦鋼;黃大輝;韋敏益;梁海福;劉馳;馬增鳳;李振經
• 申請（專利權）人: 廣西壯族自治區農業科學院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京科億知識產權代理事務所(普通合伙) 11350
• 代理人: 李興林

1.用于擴增一種水稻InDel分子標記的寡核苷酸引物對，其特征在于，上述引物對為上游引物SEQ ID No.1和下游引物SEQ ID No.2所示的核苷酸序列；

所述水稻InDel分子標記用于親本廣西普通野生稻和親本秈稻品種9311(揚稻6號)或是它們的雜交樣本的早抽穗性狀的鑒定，出現146bp帶型表示晚抽穗，出現178bp帶型表示早抽穗，同時出現雜合帶型，表示抽穗期位于兩者之間。

2.與抽穗期基因共分離的InDel分子標記，其由權利要求1的引物對擴增。

3.鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)以所述水稻樣品DNA為模板，用選自權利要求1中的引物對擴增InDel分子標記；

(2)鑒定所述水稻樣品的抽穗期基因型。

4.如權利要求3中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述步驟(1)中水稻樣品DNA的提取和鑒定步驟為：(1)按照CTAB法提取各水稻樣品的DNA；(2)利用瓊脂糖凝膠電泳分析各個樣品DNA的純度和完整性；(3)檢測樣品DNA的純度，要求OD_260/280比值介于1.8～2.0之間；(4)檢測樣品DNA濃度，要求樣品濃度20ng/μL。

5.如權利要求3中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述步驟(1)中擴增步驟為：20μL反應體系中包括0.1-0.2μM的上游引物、0.1-0.2μM的下游引物、200μMdNTP、1×PCR反應緩沖液、50～100ng的DNA模板、1UTaq酶；所用的反應程序為：94℃預變性5min，94℃1min、55℃1min、72℃1min循環35次，最后72℃延伸5min；

所述1×PCR反應緩沖液包括50mM KCl、10mM Tris-HCl pH8.3、1.5mM MgCl₂、0.01％明膠。

6.如權利要求5中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述上游引物濃度為0.15μM、下游引物濃度為0.15μM。

7.如權利要求5或6中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述PCR產物用聚丙烯酰胺變性凝膠電泳進行鑒定。

8.如權利要求7中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述聚丙烯酰胺變性凝膠濃度為6％。

9.如權利要求8中所述鑒定水稻植株抽穗期基因型的方法，其特征在于，所述條帶為178bp時說明水稻樣品中含有早抽穗基因。