[發明專利]一種分析識別淋巴管浸潤的方法

在審

• 申請號: 202010083190.3
• 申請日: 2020-02-08
• 公開（公告）號: CN111653314A
• 公開（公告）日: 2020-09-11
• 發明（設計）人: 張健;鐘熹;袁亞維
• 申請（專利權）人: 廣州醫科大學附屬腫瘤醫院
• 主分類號: G16B40/00
• 分類號: G16B40/00;G16B20/00;C12Q1/6886
• 代理公司: 深圳國海智峰知識產權代理事務所(普通合伙) 44489
• 代理人: 劉軍鋒

本發明一種分析識別淋巴管浸潤的方法，包括：獲取預設數量的頭頸部鱗狀細胞癌患者的患病數據，分析病患數據的基因數據，得到基因中處于預設的標準基因范圍內的差異表達基因；基于差異表達基因的表達及患病數據中的臨床特征數據，構建共表達模塊網絡；選取共表達模塊網絡中有顯著預后差異的特征基因；對特征基因進行蛋白表達分析得到特征基因的表達水平和回歸系數，采用多變量Cox回歸分析建立預后風險公式；根據預后風險公式得到風險臨界值；接收測試者的測試基因，根據預后風險公式計算測試基因的測試風險評分，在測試風險評分超過風險臨界值時，判定測試者為淋巴管浸潤高風險。本發明可以準確地識別淋巴管浸潤風險低與高。

技術領域

本發明涉及識別淋巴管浸潤的技術領域，尤其涉及一種分析識別淋巴管浸潤的方法。

背景技術

頭頸部鱗狀細胞癌是最常見的病理亞型之一，幾乎占頭頸部癌的90％。轉移是治療失敗的主要原因，也是影響頭頸部鱗狀細胞癌預后的重要因素，淋巴結轉移性疾病被認為是頭頸部鱗狀細胞癌生存率低的獨立因素，一些臨床病理參數已被證實與淋巴結轉移有關，如腫瘤大小、腫瘤深度、腫瘤分化、組織學分級和淋巴管浸潤(LOI)。因此，了解淋巴結轉移的基因組變化可能是減少淋巴結轉移的一個有價值的途徑。

在頭頸部鱗狀細胞癌中，晚期TNM分期、組織學分級和淋巴結狀態是預后不良的指標。而淋巴管浸潤與頭頸部鱗狀細胞癌的淋巴結轉移有關，淋巴管浸潤是頭頸部鱗狀細胞癌的一個重要病理特征，因此，了解有效的淋巴管浸潤分子預測因子是降低頭頸部鱗狀細胞癌轉移風險的有效途徑。

淋巴管浸潤預后較差，然而，相關的臨床特征仍不確定，其分子機制在很大程度上尚不清楚。根據最近的研究，淋巴管浸潤的臨床特征和參數尚不確定。例如，在頭頸部鱗狀細胞癌中淋巴管浸潤的發生率不一致，從14％到47％不等。這種巨大的差異可能是由于小樣本、分布差異和頭頸部鱗狀細胞癌的異質性造成的。同時，在大樣本臨床研究的基礎上，分析淋巴管浸潤的基因組學和臨床特征也迫在眉睫。因此，闡明淋巴管浸潤的基因組變化及其機制對于促進新的治療靶點的開發，提高頭頸部鱗狀細胞癌的生存率具有重要的系統性意義。

腫瘤基因組圖譜為頭頸部鱗狀細胞癌提供了全面的分子特征，為頭頸部鱗狀細胞癌提供了10年隨訪的組織病理學注釋和臨床生存信息。臨床資源可以用于系統地評價淋巴管浸潤與基因特征之間的關系，闡明頭頸部鱗狀細胞癌淋巴管浸潤的關鍵基因模塊，從而從基因組水平和預后水平對淋巴管浸潤有一個全面、系統的認識。

因此，如何提供一種能夠準確穩定地識別淋巴管浸潤的方案是本領域亟待解決的技術問題。

發明內容

針對現有技術中的技術問題，本發明提供一種分析識別淋巴管浸潤的方法。

該方法包括：

獲取預設數量的頭頸部鱗狀細胞癌患者的患病數據，分析所述病患數據的基因數據，得到基因中處于預設的標準基因范圍內的差異表達基因；

基于所述差異表達基因的表達及所述患病數據中的臨床特征數據，構建共表達模塊網絡；選取所述共表達模塊網絡中有顯著預后差異的特征基因；

對所述特征基因進行蛋白表達分析得到所述特征基因的表達水平和回歸系數，采用多變量Cox回歸分析建立預后風險公式；根據所述預后風險公式得到風險臨界值；

接收測試者的測試基因，根據所述預后風險公式計算所述測試基因的測試風險評分，在所述測試風險評分超過所述風險臨界值時，判定所述測試者為淋巴管浸潤高風險。

可選地，其中，分析所述患病數據的基因數據，得到基因中處于預設的標準基因范圍內的差異表達基因，為：

分析所述病患數據的基因數據，計算病患基因的病患差異倍數和病患顯著性；

將所述基因數據中病患差異倍數絕對值處于差異倍數閾值范圍內，且病患顯著性處于病患顯著性閾值范圍內的基因作為差異表達基因。