[發明專利]與草魚生長性狀相關的SNP標記及其應用

有效

• 申請號: 202010067414.1
• 申請日: 2020-01-20
• 公開（公告）號: CN111057772B
• 公開（公告）日: 2020-12-29
• 發明（設計）人: 李勝杰;杜金星;姜鵬;白俊杰;韓林強;梁健輝
• 申請（專利權）人: 中國水產科學研究院珠江水產研究所;廣東梁氏水產種業有限公司
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11;C12N15/12
• 代理公司: 廣州嘉權專利商標事務所有限公司 44205
• 代理人: 許飛

本發明公開了一種與草魚快速生長相關的SNP標記及其應用，本發明與草魚快速生長有關的SNP標記位于草魚SLα基因組序列的第2903位和8014位堿基。若是，則為緩慢生長的草魚；否則為快速生長的草魚。本發明SNP標記，在生產中去除第2903和8014位的單倍型AGTT草魚個體，能夠有效用于草魚的分子標記輔助育種，挑選合適的基因型草魚親本進行繁殖，可獲得生長快的草魚，加快草魚育種。

技術領域

本發明屬于分子生物技術領域，具體涉及與草魚生長性狀相關的SNP標記及其應用。

背景技術

草魚(Ctenopharyngodon idella)，隸屬于鯉形目(Cypriniformes)，鯉科(Cyprinidae)，雅羅魚亞科(Leuciscus)，草魚屬(Ctenopharyngodon)，是我國淡水養殖魚類中養殖年產量最高的養殖品種。近年來，草魚親魚遺傳背景不清，多數繁殖場不遵守科學的種苗生產規程，選擇個體小、性成熟早、親緣關系近的草魚作為親本，致使養殖草魚出現一定程度的種質退化現象，主要表現為生長速度減慢、抗逆性能下降等，制約草魚養殖產業的健康發展。

草魚的性成熟年齡為4-5年，育種周期較長。選育出生長速度更快的草魚新品種可以有效的縮短育種周期進而大幅度的降低草魚養殖成本。隨著分子生物技術的快速發展，分子標記輔助育種技術有望是縮短草魚育種周期和盡快培育出草魚優良品種的一個重要途徑。分子標記輔助育種技術是通過與目的基因緊密連鎖或共分離的分子標記，對目的基因進行篩選，從而不受環境條件的影響，增加了選擇的可靠性，提高育種效率。

單核苷酸多態性標記(Single nucleotide polymorphism,SNP)指的是單個核苷酸發生改變而引起的DNA序列多態性，具有數量多、密度大、遺傳穩定性高等優點而被廣泛應用。將這些遺傳標記與生長性狀相關聯，從而實現在DNA水平上進行選擇育種，有效的避免人為影響并提高選擇育種的準確性，并且可實現在早期鑒定出具有優良性狀的個體，篩選出優良的后備親本，縮短育種周期，大大加快選育進程。

針對現有技術的不足，加強草魚的種質資源挖掘利用，盡快培育出生長快速且經濟性狀優良的草魚選育品種成為亟需解決的問題。

發明內容

本發明的目的在于提供一種與草魚生長性狀相關的SNP標記及其應用，該分子標記可作為草魚生長性狀的可靠標記，便于進行早期選擇，從而縮短世代間隔，提高選擇強度，提高選育效率和準確性。

發明人發現，S1和S2位點在所測草魚個體中存在四種單倍型，AACC、AACT、AGCT和AGTT基因型，分別命名為D1、D2、D3、D4，發現單倍型D4(AGTT)的基因型個體在體質量顯著低于其他基因型草魚個體。進而可以利用本發明SNP位點，去除AGTT基因型的個體，便可快速獲得生長速度快的草魚品種。

本發明的另一個目的在于，可去除生長緩慢個體，提供一種快速生長草魚親本的篩選方法。

本發明所采取的技術方案是：

本發明第一方面，提供草魚生長性狀相關的SLα基因組序列如SEQ ID NO：1。

本發明第二方面，提供一種草魚生長性狀相關的SNP標記，包括兩個SNP位點S1和S2，所述S1位于前面所述SLα基因組序列的第2903位，且該位置處堿基R為A或G；所述S2位于前面所述SLα基因組序列中第8014位，且該位置處堿基Y為C或T。

本發明第三方面，提供草魚SLα基因的cDNA序列如SEQ ID NO：2所示，其中第225位R為堿基A或G，第534位Y為堿基C或T。

本發明第四方面，提供用于擴增所述的SNP位點S1和S2所在基因片段的引物對，SNP位點S1引物對的核苷酸序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4；SNP位點S2引物對的核苷酸序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6；