[發明專利]用于檢測肽/MHC/TCR結合的方法

在審

• 申請號: 202010044716.7
• 申請日: 2014-03-14
• 公開（公告）號: CN111233978A
• 公開（公告）日: 2020-06-05
• 發明（設計）人: 約翰·安德魯·阿爾金;馬克·S·朱
• 申請（專利權）人: 普羅格諾西斯生物科學公司
• 主分類號: C07K7/08
• 分類號: C07K7/08;C12Q1/6804;G01N33/538
• 代理公司: 北京華睿卓成知識產權代理事務所(普通合伙) 11436
• 代理人: 程淼

本發明提供了用于檢測肽與MHC分子結合以及肽:MHC復合物與TCR結合的組合物和方法。在優選的實施例中，所述組合物和方法是以高度倍增的方式進行。可以用本發明公開的所述組合物和方法提供肽與MHC分子結合的直接信息。本發明還提供了用于同時檢測大量的結合至MHC分子和/或T細胞的肽的方法。還公開了用于檢測大量的肽與MHC分子和/或T細胞競爭性結合的方法。本發明還提供了用于同時檢測大量的特異性TCRs的方法。本發明所述的組合物和方法可用于疫苗設計，研究和監控自身免疫疾病和傳染病，治療的免疫原性檢測以及組織分型。

相關申請

本申請是中國專利申請201480028069.3(PCT國際申請PCT/US2014/029691進入中國國家階段申請)的分案申請。本申請要求2013年3月15日提交的美國臨時專利申請No.61/800,891的優先權，實際上其內容通過引用完全包含在本申請中。

技術領域

本發明屬于免疫學領域，且涉及免疫系統中的蛋白相互作用。具體而言，本發明涉及肽-MHC相互作用以及檢測其相互作用的方法和組合物。

背景技術

免疫學從根本上關注宿主和免疫原之間的相互作用，宿主是其免疫系統產生反應的生物體，免疫原是該反應所針對的物質。這種相互作用的結果決定了宿主的命運：形成致病性免疫，腫瘤；形成改變自身免疫原，癌癥；形成自身免疫原，自身免疫性；以及形成無害的環境免疫原，過敏。DNA測序能力的改進為在高分辨率和寬覆蓋范圍探索這些不同免疫結果的遺傳基礎提供了工具，可參考宿主和免疫原的基因組(Peng et al.，2009，Curr.Opin.Microbiol.12：432-438；Benichou et al.，2012，Immunology 135：183-191)。

宿主和免疫原之間最重要的蛋白質界面之一是肽：主要組織相容性(p：MHC)復合物，其包括與免疫原-衍生肽物理結合的宿主編碼的跨膜蛋白(MHC)。該復合物提供了兩個平行的抗原傳遞系統：(1)細胞內途徑，其中內源蛋白質被加工成短肽，例如，大約7-10個氨基酸的肽，且由所有的有核細胞在MHC I類復合體中傳遞；和(2)內體途徑，其中被吞噬的外源蛋白被加工成大約10-25個氨基酸且通過專門的抗原傳遞細胞在MHC II類復合體中傳遞(Germain，1994，Cell 76：287-299)。一旦傳遞給這些途徑之一的適應性免疫系統，免疫原-衍生肽能觸發高度抗原特異性應答，例如，細胞免疫應答對應體液免疫應答，或免疫原反應對應致耐受性反應。

發明內容

公開了用于檢測肽/MHC結合的方法和組合物。本文提供了MHC結合肽偶聯多核苷酸。在某些實施例中，多核苷酸可以是DNA，cDNA，RNA，mRNA，rRNA，tRNA，PNA，DNA樣分子或RNA樣分子。

還提供了至少兩個偶聯多核苷酸的MHC-結合肽的文庫，其中每個多核苷酸由特異性結合所述多核苷酸的探針來鑒定。在某些實施例中，多核苷酸和探針可以是DNA，cDNA，RNA，mRNA，rRNA，tRNA，PNA，DNA樣分子或RNA樣分子。

本發明提供了包含至少兩個偶聯多核苷酸的MHC-結合肽的組合物，所述至少兩個MHC-結合肽是多聚的或寡聚的。一方面，至少兩個MHC-結合肽被相同的多核苷酸偶聯且因此多聚或寡聚。在其它實施例中，至少兩個MHC-結合肽各自偶聯一個單獨的多核苷酸，其中多核苷酸介導至少兩個MHC-結合肽的多聚化或寡聚化。在一些實施例中，多聚化或寡聚化通過核苷酸序列的互補性來調解。

在一個實施例中，公開了用于檢測肽與MHC分子的結合的方法。所述方法包括：用多聚核苷酸-肽偶聯物接觸MHC分子，所述多聚核苷酸-肽偶聯物包括所述肽和多聚核苷酸；用特異結合所述多聚核苷酸的探針接觸所述多聚核苷酸-肽偶聯物；檢測所述探針與所述多聚核苷酸的結合；以及，使所述探針與所述多聚核苷酸的結合和所述肽與所述MHC分子的結合相互關聯。