[發明專利]一種單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法

在審

• 申請號: 202010035599.8
• 申請日: 2020-01-14
• 公開（公告）號: CN111139291A
• 公開（公告）日: 2020-05-12
• 發明（設計）人: 秦彥文
• 申請（專利權）人: 首都醫科大學附屬北京安貞醫院;北京市心肺血管疾病研究所
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869;G16B20/50
• 代理公司: 北京智信禾專利代理有限公司 11637
• 代理人: 劉曉楠

本申請提供一種單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法。其中，所述方法，包括：收集患有目標遺傳性疾病的待分析患者的病情信息；獲取并存儲所述待分析患者待測基因序列的高通量測序數據；對所述高通量測序數據進行突變檢測分析，獲得攜帶突變信息的突變位點，其中，所述突變信息包括基本信息、有害性預測信息、突變頻率信息和致病性信息；基于所述待分析患者的病情信息以及所述突變位點攜帶的基本信息、有害性預測信息、突變頻率信息和致病性信息對所述突變位點進行篩選，獲得所述目標遺傳性疾病的致病位點。本申請提供的單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法，可以實現致病位點的高效率篩選。

技術領域

本申請涉及生物醫學技術領域，特別涉及一種單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法。

背景技術

遺傳性疾病是指由遺傳物質發生改變而引起的或者是由致病基因所控制的疾病。單基因遺傳病是指由于單個基因的突變而引起的遺傳病，又稱孟德爾遺傳病。它的遺傳方式通循孟德爾定律，具突變既可來自父母，也可源于自身，都有遺傳給下一代的可能。根據世界衛生組織(WHO)統計，在全球出生人口中所有單基因遺傳病的累計發病率高達10/1000。

高通量測序技術(High-throughput sequencing)，又稱“下一代”測序技術(Next-generationsequencing technology)，以能一次并行對幾十萬到幾百萬條DNA分子進行序列測定和一般讀長較短等為標志。

一個人的基因組中可能發現百萬個單核苷酸位點變異(SNV)、基因組小片段插入變異(InDel)等，這些變異以腺嘌呤、鳥嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶四種堿基的各種組合形式出現。人類的遺傳性疾病往往與這些變異有關，雖然人體中可能存在百萬個變異，但真正與疾病相關的寥寥無幾。隨著高通量測序技術的普及，越來越多的測序數據產生。高通量測序比傳統的基因芯片，PCR等技術能發現更多的基因變異位點。然而，測序產生的原始數據通常需要經過大量的人工與機器操作，再經過復雜的生物信息學分析發現患者存在的致病位點，工作量大而繁瑣，效率低，對于臨床應用極不方便，工作人員需要學習大量的生信知識及機器學習。這一現狀成為目前亟待解決的問題。

發明內容

有鑒于此，本申請提供了一種單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法，以解決現有技術中存在的問題。

本申請提供一種單基因遺傳性疾病高通量測序分析方法，包括：

步驟一，收集患有目標遺傳性疾病的待分析患者的病情信息；

步驟二，獲取并存儲所述待分析患者待測基因序列的高通量測序數據；

步驟三，對所述高通量測序數據進行突變檢測分析，獲得攜帶突變信息的突變位點，其中，所述突變信息包括基本信息、有害性預測信息、突變頻率信息和致病性信息；

步驟四，基于所述待分析患者的病情信息以及所述突變位點攜帶的基本信息、有害性預測信息、突變頻率信息和致病性信息對所述突變位點進行篩選，獲得所述目標遺傳性疾病的致病位點。

進一步地，所述獲取并存儲所述待分析患者待測基因序列的高通量測序數據，包括：

獲取所述待分析患者待測基因序列的高通量測序數據；

基于預設的分層分片策略確定所述測序數據的分片索引編號；

基于所述測序數據的分片索引編號將所述測序數據分布式存儲至計算機可讀存儲介質中。

進一步地，所述對所述測序數據進行突變檢測分析，獲得攜帶突變信息的突變位點，包括：

對所述高通量測序數據進行突變對比檢測，獲得待分析患者待測基因序列中的突變位點；

基于所述突變位點的突變信息對所述突變位點進行注釋，獲得攜帶突變信息的突變位點。