[發明專利]偵測HIV-1病毒耐藥突變的套組及使用其偵測耐藥突變的方法

在審

• 申請號: 202010023846.2
• 申請日: 2020-01-09
• 公開（公告）號: CN111118214A
• 公開（公告）日: 2020-05-08
• 發明（設計）人: 李良雨
• 申請（專利權）人: 北京良芯生物科技發展有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/6851;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 北京國昊天誠知識產權代理有限公司 11315
• 代理人: 李瀟

1.一種偵測HIV-1病毒耐藥突變的套組，其特征在于，包含檢測HIV-1病毒pol基因突變的引物對，所述引物對為至少一個選自如下表由上游引物與下游引物所組成的引物對；

2.如權利要求1所述的套組，另包含如下表所示的探針：

3.如權利要求2所述的套組，其中所述探針的一端標記為選自由FAM、VIC、TET及NED所構成的群組；所述探針的另一端端標記為選自由BHQ1、BHQ2、BHQ3、Dabcyl、NFQ、MGB及TAMRA所構成的群組。

4.如權利要求3所述的套組，其中所述探針的一端標記為FAM；所述探針的另一端端標記為BHQ1。

5.如權利要求1所述的套組，其中所述HIV-1病毒耐藥的藥物是阿巴卡韋(ABC，Abacavir)、齊多夫定(AZT，Zidovudine)；司他夫定(D4T，Stavudine)；去羥基苷(DDI，Didanosine)；恩曲他濱(FTC，Emtricitabine)；拉米夫定(3TC，Lamivudine)；替諾福韋(TDF，Tenofovir disoproxil fumarate)或其組合。

6.如權利要1所述的套組，另包括PCR緩沖液、dNTPs、MgCl₂、PCR Taq DNA聚合酶。

7.如權利要求6所述的套組，其中各組分含量分別為：

引物終濃度200nM；

探針100nM；

PCR緩沖液終濃度1X；

dNTPs終濃度0.8mM；

MgCl₂終濃度2mM；

Taq DNA聚合酶終濃度0.05U/μL；

模板DNA終濃度0.01-10ng/20μL。

8.一種偵測HIV-1病毒耐藥突變的方法，其使用權利要求1至7中任一項所述的套組。

9.如權利要求8所述的方法，其包含下列步驟：

使用權利要求1至7任一項中所述的套組進行實時熒光定量PCR；

偵測熒光訊號。

10.如權利要求8所述的方法，其于實時熒光定量PCR的CT值小于35。

11.如權利要求8所述的方法，其另包含將如下列成分混合以配置樣本液的步驟：

引物終濃度為200nM；

探針為100nM；

PCR緩沖液終濃度1X；

dNTPs終濃度0.8mM；

MgCl₂終濃度為2mM；

Taq DNA聚合酶終濃度0.05U/μL；

模板DNA終濃度0.01-10ng/20μL。

12.如權利要求8所述的套組，其中所述突變是HIV-1病毒的pol基因的突變。

13.如權利要求12所述的套組，其中所述突變的位點是M41L、D67N、L210W、T215FY、K219QE、M184VI、K65R、K70E、L74VI、Y115F、69INS、Q151M或其組合。