[發(fā)明專利]一種腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法

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• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 202010013984.2
• 申請(qǐng)日: 2020-01-07
• 公開（公告）號(hào): CN111223525A
• 公開（公告）日: 2020-06-02
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 夏昊強(qiáng);周煌凱;高川;陶勇;羅玥;邢燕;張秋雪
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 廣州基迪奧生物科技有限公司
• 主分類號(hào): G16B20/20
• 分類號(hào): G16B20/20;G16B20/30;G16B50/00;G06K9/62
• 代理公司: 廣州三環(huán)專利商標(biāo)代理有限公司 44202
• 代理人: 顏希文

1.一種腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法，其特征在于，具體步驟如下：

S1：體細(xì)胞變異檢測(cè)，并對(duì)Somatic SNV/InDel進(jìn)行整體統(tǒng)計(jì)和注釋，以及Somatic CNV分析；

S2：突變?nèi)终故荆槍?duì)覆蓋深度、Somatic SNV、InDel以及CNV，進(jìn)行全面分析；

S3：對(duì)突變特異性的頻譜和特征進(jìn)行分析；

S4：篩選出腫瘤樣本中的已知驅(qū)動(dòng)基因，并構(gòu)建背景突變率模型，預(yù)測(cè)和尋找可能的驅(qū)動(dòng)突變；

S5：尋找腫瘤高頻突變，并采用卷積檢驗(yàn)方法對(duì)各個(gè)高頻突變類型進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)。

S6：分析高頻Somatic CNV在樣本中的分布熱圖、高頻CNV染色體分布峰圖、高頻CNV染色體分布峰圖。

S7：計(jì)算基因組腫瘤樣本的純度和倍性；

S8：進(jìn)行腫瘤異質(zhì)性、克隆以及進(jìn)化樹分析，展示克隆突變，進(jìn)行PCA主成分分析。

2.如權(quán)利要求1所述的腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法，其特征在于，所述對(duì)SomaticSNV/InDel進(jìn)行整體統(tǒng)計(jì)使用MuTect軟件，使用MuTect軟件來尋找Somatic SNV和InDel位點(diǎn)；所述對(duì)Somatic SNV/InDel進(jìn)行注釋使用ANNOVAR軟件，利用ANNOVAR軟件將所檢測(cè)到SNP以及InDel等基因組變異與外部數(shù)據(jù)庫進(jìn)行注釋分析，以確定與人類疾病高度相關(guān)變異的基因組位置、變異頻率、蛋白有害性、基因型雜合性以及所在的功能通路等信息；所述Somatic CNV分析是使用VarScan2對(duì)tumor及normal成對(duì)樣本檢測(cè)Somatic CNV，獲得somatic CNV集合。

3.如權(quán)利要求1所述的腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法，其特征在于，所述對(duì)突變特異性的特征進(jìn)行分析采用以下方法實(shí)現(xiàn)：

1)、以6種堿基突變類型為中心，各取5’和3’各一個(gè)堿基形成多種組合，該組合有96種類型；

2)、以這96種突變類型為基礎(chǔ)，確定腫瘤基因組的突變特征；

3)、通過NMF算法對(duì)腫瘤樣本發(fā)生的96種突變類型進(jìn)行聚類，得到對(duì)應(yīng)的突變特征，統(tǒng)計(jì)各突變特征在每個(gè)樣本中的分布情況；

4)、計(jì)算新發(fā)現(xiàn)的突變特征與COSMIC中已知的突變特征之間的相關(guān)性，確定這些新特征的生物學(xué)意義。

4.如權(quán)利要求1所述的腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法，其特征在于，所述各個(gè)高頻突變類型進(jìn)行統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)包括高頻基因統(tǒng)計(jì)、突變基因GO和KEGG富集分析。

5.如權(quán)利要求1所述的腫瘤外顯子測(cè)序數(shù)據(jù)分析方法，其特征在于，所述腫瘤異質(zhì)性、克隆分析通過以下方法實(shí)現(xiàn)：利用軟件工具基于樣本的SNV數(shù)據(jù)，計(jì)算每個(gè)樣本中的克隆數(shù)目情況，同時(shí)統(tǒng)計(jì)每個(gè)腫瘤細(xì)胞的突變占比，將腫瘤組織內(nèi)遺傳突變信息相似的腫瘤細(xì)胞進(jìn)行聚類，按以下參數(shù)進(jìn)行cluster過濾：

1)只保留包含突變數(shù)＝5的cluster；

2)只保留mean cellular prevalence值大于0.05的cluster。