[發(fā)明專利]一種與豬胎間距性狀相關(guān)的SNP分子標記

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 202010000072.1
• 申請日: 2020-01-01
• 公開（公告）號: CN111041107B
• 公開（公告）日: 2021-03-16
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 余梅;王宏濤;趙書紅;劉向東;李新云;劉小磊;郭猛;李小平
• 申請（專利權(quán)）人: 華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12N15/11
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務(wù)所 42001
• 代理人: 張紅兵

本發(fā)明屬于豬分子標記篩選技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與豬胎間距性狀相關(guān)的SNP分子標記。該SNP分子標記登陸號為rs328285068，通過采集來自中國南部某種豬場的丹系種豬耳樣，提取基因組DNA并進行質(zhì)量檢測，由GeneSeek Porcine 50K SNP高密度芯片進行基因分型得到SNP分型數(shù)據(jù)，通過篩選獲得一種與豬胎間距性狀相關(guān)的SNP分子標記，該SNP分子標記的核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，在所述序列的第51位堿基處存在一個G/A的等位基因突變(替換)，該突變(替換)引起所示序列的核苷酸產(chǎn)生多態(tài)性。當SEQ ID NO:1所示序列第51位核苷酸為A時，判定豬擁有更短的胎間距。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及豬分子標記篩選技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種與豬胎間距性狀相關(guān)的SNP分子標 記及其應(yīng)用。本發(fā)明所述的分子標記可用于豬胎間距性狀的輔助預(yù)測與選擇。

背景技術(shù)

在養(yǎng)豬業(yè)中，每頭母豬每年提供的斷奶仔豬頭數(shù)(The number of weaned pigsper Sow per Year,PSY)既是母豬重要的生產(chǎn)力性狀又是反映一個企業(yè)或一個國家的綜合養(yǎng)豬水平的指標 (袁森泉1993)。胎間距(farrowing interval,FI)是一個用來表征豬場生產(chǎn)效率的常用指標， 其定義為母豬兩次產(chǎn)仔之間的天數(shù)，它與母豬年產(chǎn)仔窩數(shù)存在直接關(guān)聯(lián)，其長短會直接影響 PSY的大小，為了提高豬場的經(jīng)濟效益，提高PSY指標是很重要的環(huán)節(jié)，所以對于胎間距性 狀的研究十分重要。

全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide Association Study,GWAS)是利用高通量基因分型技 術(shù)，分析數(shù)以萬計的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism，SNP)以及這些SNP 與臨床表現(xiàn)和可測性狀的相關(guān)性。在全基因組層面上開展大樣本的、多中心的、重復(fù)驗證技 術(shù)，并對相關(guān)基因與復(fù)雜性狀進行關(guān)聯(lián)分析，從而揭示出不同復(fù)雜性狀的遺傳機制和基礎(chǔ)(宋 志芳等2018)。全基因組關(guān)聯(lián)分析已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于各類研究其中包括人類疾病以及家畜重 要經(jīng)濟性狀等(Visscher P M et al.，2012)的研究上。

胎間距性狀是由多基因控制的復(fù)雜性狀，采用常規(guī)的遺傳手段難以精確的鑒定其主效基 因，而基于高密度SNP芯片或測序的全基因組關(guān)聯(lián)分析為復(fù)雜疾病或數(shù)量性狀候選基因定位 提供了有效的技術(shù)手段(尹建良等2017)。目前對胎間距性狀的研究大部分停留在表型的統(tǒng)計 分析上，而對于與其相關(guān)的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究存在樣本數(shù)少，品種單一等原因，所以需 要擴大研究豬的品種或數(shù)量(Yuan Wang et al.，2017)。

本發(fā)明通過采集來自中國南部某種豬場的964頭丹系種豬(其中丹系長白313頭，丹系 大白651頭)的耳組織，并提取耳組織的DNA并進行質(zhì)量檢測，由GeneSeek Porcine50K SNP 高密度芯片進行基因分型后得到基因型數(shù)據(jù)和其對應(yīng)表型數(shù)據(jù)，使用R語言的MVP包，采 用FarmCPU模型(Liu X et al.，2016)，篩選出與丹系種豬胎間距相關(guān)的SNP分子標記，為 丹系種豬胎間距的預(yù)測和縮短提供了新的分子標記開發(fā)的基礎(chǔ)，對提高豬的育種與繁殖效率 具有重要意義。

本發(fā)明篩選的SNP分子標記與丹系種豬胎間距性狀相關(guān)性達到顯著水平，為胎間距性狀 的相關(guān)研究提供新的資源。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于克服現(xiàn)有技術(shù)的缺陷，篩選一種與豬胎間距性狀相關(guān)的SNP分子標記， 通過GeneSeek Porcine 50K SNP高密度芯片進行基因分型得到SNP分型數(shù)據(jù)，使用GWAS 篩選與豬胎間距性狀顯著相關(guān)的SNP，為豬胎間距的預(yù)測提供新方法。

本發(fā)明的技術(shù)方案如下所述：