[發(fā)明專利]檢測或區(qū)分基孔肯雅病毒、登革病毒和寨卡病毒的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201980101518.5
• 申請日: 2019-10-03
• 公開（公告）號: CN114585750A
• 公開（公告）日: 2022-06-03
• 發(fā)明（設計）人: F·P·L·恩濟;J·L·J·譚
• 申請（專利權）人: 新加坡科技研究局
• 主分類號: C12Q1/686
• 分類號: C12Q1/686
• 代理公司: 中國貿(mào)促會專利商標事務所有限公司 11038
• 代理人: 陳晶晶

1.一種同時檢測、區(qū)分和/或定量樣品中的基孔肯雅(Chikunguynya)病毒(CHIKV)、登革病毒血清型1(DENV1)、登革病毒血清型2(DENV2)、登革病毒血清型3(DENV3)、登革病毒血清型4(DENV4)和寨卡病毒(ZIKV)的方法，其中所述方法包括：

確定選自下組的靶區(qū)域或其片段的存在：寨卡病毒的非結構蛋白5(NS5)、DENV1的NS5、DENV2的NS5、DENV3的NS5、DENV4的衣殼和CHIKV的E1糖蛋白。

2.權利要求1所述的方法，其中所述靶區(qū)域或其片段由以下序列編碼：SEQ ID NO:1(CHIKV E1共有序列)；SEQ ID NO:2(DENV1 NS5 48+22seq共有序列)；SEQ ID NO:3(DENV2NS5共有序列)；SEQ ID NO:4(DENV3 NS5共有序列)；SEQ ID NO:5(DENV4衣殼共有序列)；和SEQ ID NO:6(ZIKV NS5 check_56seq共有序列)。

3.前述權利要求中任一項所述的方法，其中所述檢測包括進行逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈式反應(RT-PCR)。

4.前述權利要求中任一項所述的方法，其中引物和探針選自下組：

ZIKV正向引物，其包含與CCTTGGATTCTTGAACGAGGATCAC(NS5_ZIKV-F/SEQ ID NO:7)至少90％相同的序列；

ZIKV反向引物，其包含與GCTTCATTCTCCAGATCAAACCTGC(NS5_ZIKV-R/SEQ ID NO:9)或GCTTCATTCTCTAGATCAAACCTGC(ZIKV-R1_T/SEQ ID NO:32)至少90％相同的序列；

ZIKV探針，其包含與TACCAGGAGGAAGGATGTATGCAG(5'-FAM NS5_ZIKV-P/ZEN/3'IBFQ/SEQ ID NO:8)或ACCAGGAGGAAAGATGTACGCAG(ZIKV_P1_AF/SEQ ID NO:33)至少90％相同的序列；

DENV1第一正向引物，其包含與GGCTGAAGAAAGTCACAGAAG(NS5_D1-F_A/SEQ ID NO:10)至少90％相同的序列；

DENV1第二正向引物，其包含與GGCTGAAGAAAGTCACTGAAG(NS5_D1-F_T/SEQ ID NO:11)至少90％相同的序列；

DENV1反向引物，其包含與GAGGACTCACCAATATCACACAA(NS5_D1-R/SEQ ID NO:13)至少90％相同的序列；

DENV1探針，其包含與ACCTATGGATGGAACCTAGTAAAGCT(5'-HEX NS5_D1/ZEN/3'IBFQ/SEQID NO:12)至少90％相同的序列；

DENV3正向引物，其包含與GCTCAGCCTCCTCCATGATAAATG(NS5_D3-F/SEQ ID NO:14)至少90％相同的序列；

DENV3反向引物，其包含與GGGTGTCCTGGTGTCCACTTTCTC(NS5_D3-R/SEQ ID NO:17)至少90％相同的序列；

DENV3第一探針，其包含與CATGGTGACACAGATGGCAATGAC(5'-Texas Red NS5_D3-P_T/3'IBRQ/SEQ ID NO:15)至少90％相同的序列；

DENV3第二探針，其包含與CACGGTGACACAGATGGCAATGAC(5'-Texas Red NS5_D3-P_C/3'IBRQ/SEQ ID NO:16)至少90％相同的序列；

CHIKV正向引物，其包含與GGCGCCTACTGCTTCTGCGAC(E1_CHIKV-F1/SEQ ID NO:18)至少90％相同的序列；

CHIKV反向引物，其包含與TTGGTAAAGGACGCGGAGCTTAGC(E1_CHIKV-R1/SEQ ID NO:21)至少90％相同的序列；

CHIKV第一探針，其包含與AGCGAAGCACATGTGGAGAAGTCC(5'-FAM E1_CHIKV-P1_T/ZEN/3'IBFQ/SEQ ID NO:19)至少90％相同的序列；

CHIKV第二探針，其包含與AGCGAAGCACACGTGGAGAAGTCC(5'-FAM E1_CHIKV-P1_C/ZEN/3'IBFQ/SEQ ID NO:20)至少90％相同的序列；

DENV2正向引物，其包含與ACACAGATGGCAATGACAGACACG(NS5_D2-F2/SEQ ID NO:22)至少90％相同的序列；

DENV2反向引物，其包含與CCAAGGCTGCATTGCTTCTCAC(NS5_D2-R2/SEQ ID NO:24)至少90％相同的序列；

DENV2探針，其包含與TGGAAAGAACTAGGAAAGAAAAAGACAC(5'-HEX NS5_D2-P2/ZEN/3'IBFQ/SEQ ID NO:23)至少90％相同的序列；

DENV4第一正向引物，其包含與TGGTTAGACCACCTTTCAATATG(C_D4-F1.2_T/SEQ ID NO:25)至少90％相同的序列；

DENV4第二正向引物，其包含與TGGCTAGACCACCTTTCAATATG(C_D4-F1.2_C/SEQ ID NO:26)至少90％相同的序列；

DENV4反向引物，其包含與TGCTAGCACCATCCGTAA(C_D4-R1.2/SEQ ID NO:28)至少90％相同的序列；

DENV4探針，其包含與CCTCAAGGGTTGGTGAAGAGATTC(5'-Texas Red C_D4-P1/3'IBRQ/SEQ ID NO:27)至少90％相同的序列；以及

它們的組合。