[發明專利]鑒定表位和互補位的方法

在審

• 申請號: 201980092868.X
• 申請日: 2019-12-23
• 公開（公告）號: CN113874395A
• 公開（公告）日: 2021-12-31
• 發明（設計）人: A·M·沃拉科特;L·羅賓森;B·蘭馬克里斯南;H·緹斯瑞;K·維斯瓦納森;Z·西里瓦;G·巴布考克
• 申請（專利權）人: 威特拉公司
• 主分類號: C07K16/28
• 分類號: C07K16/28;G16B20/50;G16B20/30
• 代理公司: 上海專利商標事務所有限公司 31100
• 代理人: 陳揚揚;余穎

本公開是鑒定靶多肽上表位的方法和鑒定抗體上互補位的方法。

相關申請的交叉引用

本申請要求2018年12月24日提交的美國臨時申請號62/784,617的權益。上述申請的內容通過引用的方式全文納入本文。

背景技術

抗體結合靶抗原具有高特異性和親和性。在分子上，通過抗體(互補位)和抗原(表位)中的氨基酸子集促進結合，這些氨基酸有助于結合發生能量有利的相互作用。確定控制抗體-抗原相互作用的結構特征對于理解抗體的作用機制和作為輔助抗體工程改造嘗試的參考是很重要的。X射線共結晶學是確定抗體-抗原復合物結構的領先方法，可以高分辨率詳細描述結構互補位和表位。然而，高分辨率共結晶結構的獲取具有相當大的資源、通量和專業技術專門知識需求。其他表征互補位和表位的方法提供了更高的通量和實驗可及性，但通常在分辨率上有所折衷。通過競爭結合的表位分箱(binning)或通過丙氨酸掃描的表位表征均提供比晶體學分析更高的速度和通量，但不能提供分子細節或晶體學分析中表征的綜合性。因此，本領域中需要用于鑒定在抗體和其識別的抗原之間表位和互補位區域的改進方法。

發明概述

在一個方面中，本公開的特征在于一種鑒定靶多肽(例如，本文所述的靶多肽)上表位的方法，該方法包括：

(a)將抗體分子(例如，本文所述抗體分子)與多種靶多肽變體結合；

(b)獲取(例如，富集)多種表現出改變(例如，降低)與抗體分子結合的變體；

(c)確定(例如，計算)多種所獲取(例如，富集)的變體中各自的富集評分；

(d)生成抗體分子-靶多肽對接模型，其中所述抗體分子-靶多肽對接模型根據富集評分進行約束；且

(e)基于抗體分子-靶多肽對接模型，鑒定靶多肽上能夠被抗體分子結合的位點；

從而鑒定靶多肽上的表位。

在一個實施方式中，所述改變的結合包括改變結合親和力，例如，降低的結合親和力。

在一個實施方式中，步驟(a)包括將抗體分子與展示多種靶多肽的變體的文庫結合。在一個實施方式中，步驟(a)包括將抗體分子與包含表達(例如，展示)多種靶多肽的變體的多種細胞的文庫結合。在一個實施方式中，多種細胞中的每一種表達靶多肽的大約一種獨特的變體。在一個實施方式中，細胞是真核細胞，例如，酵母細胞。

在一個實施方式中，多種變體包括靶多肽的一種或多種表面殘基上的突變。在一個實施方式中，多種變體包括靶多肽的選定表面殘基的不同突變。在一個實施方式中，多種變體包括靶多肽的多種選定表面殘基的各自不同突變。

在一個實施方式中，相對于靶多肽的野生型氨基酸序列，多種變體包括單氨基酸取代。在一個實施方式中，相對于靶多肽的野生型氨基酸序列，多種變體中的每一種包括單氨基酸取代。在一個實施方式中，單氨基酸取代發生在靶多肽的表面殘基處。

在一個實施方式中，改變(例如，降低)結合包括相對于檢測到的野生型靶多肽和抗體的結合，檢測到的變體和抗體分子結合的改變(例如，降低)。

在一個實施方式中，步驟(b)包括獲得(例如，富集)表現出少于約80％(例如，少于約0.01％、0.1％、1％、2％、3％、4％、5％、6％、7％、8％、9％、10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％或80％)的野生型靶多肽表現出的抗體分子結合的變體。在一個實施方式中，降低的結合是至少約20％(例如，至少約20％、21％、22％、23％、24％、25％、26％、27％、28％、29％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％、95％或100％)的野生型靶多肽表現出的結合。