[發明專利]細菌應答

在審

• 申請號: 201980079422.3
• 申請日: 2019-10-01
• 公開（公告）號: CN113195742A
• 公開（公告）日: 2021-07-30
• 發明（設計）人: R·J·克里斯普;A·C·赫默特;S·馬克斯雷特;E·羅;L·E·P·德拉澤克;M·F·霍金;J·E·杰克遜
• 申請（專利權）人: 拜奧法爾診斷有限責任公司;拜奧梅留克斯股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12M1/38;C12M1/34;C12M1/02;C12M1/00
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 黃登高;楊思捷

1.一種用于確定樣品中細菌的抗生素抗性的方法，其包括：

(a)使所述樣品與抗生素一起溫育，

(b)從所述樣品中分離RNA，

(c)針對各自在敏感菌株和抗性菌株之間顯示不同表達模式的多種基因，將所述RNA逆轉錄，

(d)擴增來自所述各自在敏感菌株和抗性菌株之間顯示不同表達模式的多種基因的靶，以生成多個擴增靶，

(e)定量來自多種基因的多個擴增靶中的每個，以提供多個定量的擴增靶，并且生成指示抗生素敏感性的值，和

(f)由指示抗生素敏感性的值確定抗生素抗性。

2.權利要求1的方法，其中

步驟(c)進一步包括針對參考基因，將所述RNA逆轉錄，

步驟(d)進一步包括擴增來自所述參考基因的靶，

步驟(e)進一步包括定量所述參考基因，以生成參考值，和

步驟(f)包括將所述參考值與來自多種基因的多個定量的擴增靶進行比較。

3.權利要求2的方法，其中

步驟(c)進一步包括針對至少一個另外的參考基因將RNA逆轉錄，

步驟(d)進一步包括擴增來自所述至少一個另外的參考基因的至少一個另外的靶，和

步驟(e)包括定量所述至少一個另外的參考基因，以用于生成參考值。

4.權利要求2的方法，其進一步包括

從多種定量的擴增基因各自的參考值計算值，其中所述值選自真實值或絕對值，其中指示抗生素敏感性的值是使用所述多種定量的擴增基因各自的值獲得的輸出。

5.權利要求1的方法，其中所述多種基因包括通用抗生素抗性基因。

6.權利要求1的方法，其中所述多種基因包括特異性抗生素抗性基因。

7.權利要求1的方法，其中所述多種基因包括通用抗生素抗性基因和特異性抗生素抗性基因。

8.權利要求1的方法，其中所述細菌是已知對抗生素具有抗性的多種細菌之一。

9.權利要求1的方法，其中步驟(a)包括使所述樣品與多種另外的抗生素一起溫育，其中所述多種基因的第一組與所述抗生素有關，并且所述多種基因的另外組與所述另外的抗生素有關。

10.權利要求1的方法，其進一步包括在步驟(c)之前，從所述樣品中去除DNA。

11.權利要求10的方法，其中來自多種基因的多個擴增靶包括至少300bp的一個或多個擴增子。

12.權利要求10的方法，其中所述多個擴增靶各自導致至少300bp的擴增子。

13.權利要求10的方法，其中來自多種基因的多個擴增靶包括至少500bp的一個或多個擴增子。

14.權利要求10的方法，其中去除DNA包括持續不多于10分鐘的通過DNA酶的消化。

15.一種用于確定樣品中細菌的抗生素抗性的方法，其包括：

(a)使所述樣品與抗生素一起溫育，

(b)從所述樣品中分離RNA，

(c)針對在敏感菌株和抗性菌株之間顯示不同表達模式的基因，將所述RNA逆轉錄，

(d)擴增來自在敏感菌株和抗性菌株之間顯示不同表達模式的基因的靶，以生成擴增靶，

(e)定量所述擴增靶，以生成指示抗生素敏感性的值，和

(f)由指示抗生素敏感性的值確定抗生素抗性。