[發明專利]確定5’轉錄物序列

在審

• 申請號: 201980065310.2
• 申請日: 2019-09-30
• 公開（公告）號: CN112805389A
• 公開（公告）日: 2021-05-14
• 發明（設計）人: 克里斯蒂娜·張;艾琳·夏姆
• 申請（專利權）人: 貝克頓迪金森公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806
• 代理公司: 北京安信方達知識產權代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰;武晶晶

1.一種用于對樣品中的核酸靶進行標記的方法，所述方法包括：

使核酸靶的拷貝與多于一個寡核苷酸條形碼接觸，其中每個寡核苷酸條形碼包含分子標記和能夠與所述核酸靶雜交的靶結合區；

在逆轉錄酶和包含所述靶結合區或其一部分的模板轉換寡核苷酸的存在下，使與所述核酸靶的拷貝雜交的所述多于一個寡核苷酸條形碼延伸，以產生多于一個條形碼化核酸分子，每個所述條形碼化核酸分子包含與所述核酸靶的至少一部分互補的序列、第一分子標記、所述靶結合區和所述靶結合區的互補體；

使每個條形碼化核酸分子的所述靶結合區的互補體與以下的靶結合區雜交：

(i)所述多于一個寡核苷酸條形碼中的寡核苷酸條形碼，

(ii)所述條形碼化核酸分子本身，和/或

(iii)所述多于一個條形碼化核酸分子中的不同條形碼化核酸分子；以及

使所述多于一個條形碼化核酸分子的3’-末端延伸，以產生多于一個延伸的條形碼化核酸分子，每個所述延伸的條形碼化核酸分子包含所述第一分子標記和第二分子標記。

2.根據權利要求1所述的方法，所述方法包括：基于與所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子或其產物關聯的具有不同序列的第一分子標記、具有不同序列的第二分子標記，或它們的組合的數量，確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數。

3.一種用于確定樣品中核酸靶的數量的方法，所述方法包括：

使核酸靶的拷貝與多于一個寡核苷酸條形碼接觸，其中每個寡核苷酸條形碼包含分子標記和能夠與所述核酸靶雜交的靶結合區；

在逆轉錄酶和包含所述靶結合區或其一部分的模板轉換寡核苷酸的存在下，使與所述核酸靶的拷貝雜交的所述多于一個寡核苷酸條形碼延伸，以產生多于一個條形碼化核酸分子，每個所述條形碼化核酸分子包含與所述核酸靶的至少一部分互補的序列、第一分子標記、靶結合區和所述靶結合區的互補體；

使每個條形碼化核酸分子的所述靶結合區的互補體與以下的靶結合區雜交：

(i)所述多于一個寡核苷酸條形碼中的寡核苷酸條形碼，

(ii)所述條形碼化核酸分子本身，和/或

(iii)所述多于一個條形碼化核酸分子中的不同條形碼化核酸分子；

使所述多于一個條形碼化核酸分子的3’-末端延伸，以產生多于一個延伸的條形碼化核酸分子，每個所述延伸的條形碼化核酸分子包含所述第一分子標記和第二分子標記；以及

基于與所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子或其產物關聯的具有不同序列的第一分子標記、具有不同序列的第二分子標記，或它們的組合的數量，確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數。

4.根據權利要求2-3中任一項所述的方法，

所述方法包括擴增所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子以產生多于一個單標記的核酸分子，每個所述單標記的核酸分子包含所述第一分子標記或所述第二分子標記，

其中確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數包括：基于與所述多于一個單標記的核酸分子關聯的具有不同序列的第二分子標記的數量，確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數。

5.根據權利要求4所述的方法，其中確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數包括：基于與所述多于一個單標記的核酸分子關聯的具有不同序列的第一分子標記的數量，確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數。

6.根據權利要求2-3中任一項所述的方法，所述方法

包括擴增所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子以產生所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子的拷貝，

其中確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數包括：基于以下的(i)和/或(ii)確定所述樣品中所述核酸靶的拷貝數：(i)與所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子或其產物的拷貝關聯的具有不同序列的第一分子標記的數量，和/或(ii)與所述多于一個延伸的條形碼化核酸分子或其產物的拷貝關聯的具有不同序列的第二分子標記的數量。