[發(fā)明專利]基于核酸酶的RNA耗盡

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• 申請?zhí)枺?/td>: 201980064287.5
• 申請日: 2019-12-19
• 公開（公告）號: CN113166797A
• 公開（公告）日: 2021-07-23
• 發(fā)明（設計）人: 斯科特·庫爾斯滕;弗雷德里克·W·海德;鐵林亞紗子
• 申請（專利權）人: ILLUMINA公司
• 主分類號: C12Q1/6806
• 分類號: C12Q1/6806
• 代理公司: 上海脫穎律師事務所 31259
• 代理人: 脫穎

1.一種用于耗盡來自核酸樣本的脫靶RNA分子的方法，所述方法包括：

a)使包含至少一個靶RNA或DNA序列和至少一個脫靶RNA分子的核酸樣本與探針組接觸，所述探針組包含沿所述至少一個脫靶RNA分子的全長與不連續(xù)序列互補的至少兩個DNA探針，從而使所述DNA探針與所述脫靶RNA分子雜交以形成DNA:RNA雜交體，其中每個DNA:RNA雜交體沿給定的脫靶RNA分子序列與任何其他DNA:RNA雜交體間隔至少5個堿基或間隔至少10個堿基；以及

b)使所述DNA:RNA雜交體與核糖核酸酶接觸，所述核糖核酸酶降解來自所述DNA:RNA雜交體的RNA，從而降解所述核酸樣本中的脫靶RNA分子以形成降解混合物。

2.根據權利要求1所述的方法，所述方法包括：c)任選地，通過使所述降解混合物與DNA消化酶接觸來降解任何剩余的DNA探針，任選地其中所述DNA消化酶為DNA酶I，以形成DNA降解混合物；以及d)從所述降解混合物或所述DNA降解混合物中分離所降解的RNA。

3.根據權利要求1或權利要求2所述的方法，其中所述與探針組接觸包括用去穩(wěn)定劑處理所述核酸樣本。

4.根據權利要求3所述的方法，其中所述去穩(wěn)定劑是熱或核酸去穩(wěn)定化學品，任選地其中所述核酸去穩(wěn)定化學品是甜菜堿、DMSO、甲酰胺、甘油、或它們的衍生物或它們的混合物。

5.根據權利要求4所述的方法，其中所述核酸去穩(wěn)定化學品是甲酰胺，任選地其中所述甲酰胺在與所述探針組接觸期間以約10體積％至45體積％的濃度存在。

6.根據權利要求4所述的方法，其中用熱處理所述樣本包括施加高于所述至少一個DNA:RNA雜交體的解鏈溫度的熱。

7.根據權利要求1至6中任一項所述的方法，其中所述核糖核酸酶是RNA酶H或雜交酶。

8.根據權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述核酸樣本來自人或非人靈長類動物。

9.根據權利要求1至7中任一項所述的方法，其中所述核酸樣本來自大鼠或小鼠。

10.根據權利要求1至8中任一項所述的方法，其中所述核酸樣本包括非人來源的核酸。

11.根據權利要求10所述的方法，其中所述非人來源的核酸來自非人真核生物、細菌、病毒、植物、土壤或它們的混合物。

12.根據權利要求1至11中任一項所述的方法，其中所述脫靶RNA是rRNA、mRNA、tRNA或它們的混合物。

13.根據權利要求12所述的方法，其中所述脫靶RNA是rRNA和珠蛋白mRNA。

14.根據權利要求1至12中任一項所述的方法，其中所述探針組包含與選自28S、23S、18S、5.8S、5S、16S、12S、HBA-A1、HBA-A2、HBB、HBB-B1、HBB-B2、HBG1和HBG2的至少一個脫靶RNA分子雜交的至少兩個DNA探針。

15.根據權利要求14所述的方法，其中所述探針組包含與選自來自人的28S、18S、5.8S、5S、16S和12S的兩個或更多個脫靶RNA分子雜交的至少兩個DNA探針。

16.根據權利要求1至15中任一項所述的方法，其中所述探針組包含與選自來自血紅蛋白的HBA-A1、HBA-A2、HBB、HBG1和HBG2，以及來自革蘭氏陽性細菌或革蘭氏陰性細菌的23S、16S和5S的一個或多個脫靶RNA分子雜交的至少兩個DNA探針。