[發(fā)明專利]用于樣品處理或分析的方法和系統(tǒng)在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201980064245.1 | 申請日： | 2019-07-26 |
| 公開（公告）號： | CN112770776A | 公開（公告）日： | 2021-05-07 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 伊凡·道哈瑟;理查德·特里 | 申請（專利權(quán)）人： | 瑞德庫爾有限責(zé)任公司 |
| 主分類號： | A61K45/06 | 分類號： | A61K45/06;A61L27/52 |
| 代理公司： | 北京安信方達知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262 | 代理人： | 劉曉杰;武晶晶 |
| 地址： | 美國加利*** | 國省代碼： | 暫無信息 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 用于 樣品 處理 分析 方法 系統(tǒng) | ||
本公開內(nèi)容提供了用于檢測具有三維基質(zhì)的生物樣品中的核酸序列的方法和系統(tǒng)。本公開內(nèi)容還提供了用于核酸序列檢測的用于處理樣品的方法和系統(tǒng)。
本申請要求于2018年7月30日提交的美國臨時專利申請No.62/711,994的優(yōu)先權(quán)，其通過引用整體并入本文。
背景技術(shù)
鎖式探針可以為線性的可環(huán)化的寡核苷酸，其具有可用于連接的游離5’末端和3’末端，以使得呈現(xiàn)環(huán)狀構(gòu)象。為了發(fā)生環(huán)化(例如通過連接)，鎖式探針可具有游離的5’磷酸基團或5’腺苷酸化的末端。為了允許鎖式探針的末端并置以進行連接，可將鎖式探針配置為使其5’末端區(qū)域和3’末端區(qū)域與其靶標(biāo)序列(例如，待分析的細胞樣品中的核糖核酸或合成的互補脫氧核糖核酸(cDNA)分子)互補。這些互補區(qū)域可通過與靶標(biāo)中的特定序列雜交而允許鎖式探針與其靶標(biāo)序列特異性結(jié)合。
發(fā)明內(nèi)容
本公開內(nèi)容提供了用于具有三維基質(zhì)的生物樣品中的核酸序列檢測的方法和系統(tǒng)。本公開內(nèi)容還提供了用于樣品處理的方法和系統(tǒng)，以用于下游應(yīng)用中的靶標(biāo)分析或檢測，例如原位測序。
在一個方面，本公開內(nèi)容提供了一種用于鑒定生物樣品中的核酸序列的方法。在一個實施方案中，該方法包括：(a)提供在三維(3D)基質(zhì)中包含與脫氧核糖核酸分子(DNA)雜交的核糖核酸(RNA)分子的生物樣品，其中該RNA分子包含所述核酸序列；(b)使用逆轉(zhuǎn)錄酶降解或消化與DNA分子雜交的RNA分子的至少一部分，該DNA分子包含作為所述核酸序列的反向互補序列的另外的核酸序列；和(c)檢測生物樣品中的另外的核酸序列，從而鑒定所述核酸序列。
在一些實施方案中，DNA分子為互補的脫氧核糖核酸(cDNA)分子。在一些實施方案中，該方法還包括，在(a)之前，使用另外的逆轉(zhuǎn)錄酶來逆轉(zhuǎn)錄RNA分子以在生物樣品中產(chǎn)生與RNA分子雜交的DNA分子。在一些實施方案中，該方法還包括，在(a)之前，使用逆轉(zhuǎn)錄酶來逆轉(zhuǎn)錄RNA分子以在生物樣品中產(chǎn)生與RNA分子雜交的DNA分子。
在一些實施方案中，DNA分子固定至3D基質(zhì)。在一些實施方案中，DNA分子包含官能性部分，并且其中DNA分子通過所述官能性部分固定至3D基質(zhì)。在一些實施方案中，RNA分子固定至3D基質(zhì)。在一些實施方案中，RNA分子包含官能性部分，并且其中RNA分子通過所述官能性部分固定至3D基質(zhì)。在一些實施方案中，該方法還包括使用基質(zhì)形成材料形成3D基質(zhì)。
在一些實施方案中，(c)包括使cDNA分子與探針接觸。在一些實施方案中，所述探針包含官能性部分，其中探針通過官能性部分固定至3D基質(zhì)。在一些實施方案中，探針為鎖式探針，其中鎖式探針包含與cDNA分子互補的5’末端區(qū)域和3’末端區(qū)域。在一些實施方案中，該方法還包括使鎖式探針的5’末端區(qū)域和3’末端區(qū)域與cDNA分子雜交。在一些實施方案中，該方法還包括通過將鎖式探針的兩端連接在一起而使鎖式探針環(huán)化，以產(chǎn)生環(huán)化的鎖式探針。在一些實施方案中，鎖式探針的兩端為連續(xù)的。在一些實施方案中，鎖式探針的兩端通過包含至少一個核苷酸的缺口區(qū)域隔開。在一些實施方案中，缺口區(qū)域包含2至500個核苷酸。在一些實施方案中，該方法還包括通過在延伸反應(yīng)中引入至少一個核苷酸來填充缺口區(qū)域。在一些實施方案中，該方法還包括通過至少一個另外的核苷酸或另外的寡核苷酸序列填充缺口區(qū)域。在一些實施方案中，另外的寡核苷酸序列的長度為2至500個核苷酸。
在一些實施方案中，該方法還包括使環(huán)化的鎖式探針進行滾環(huán)擴增(RCA)以產(chǎn)生環(huán)化的鎖式探針的序列的擴增產(chǎn)物，該擴增產(chǎn)物包含與RNA分子的核酸序列相對應(yīng)的核酸序列。在一些實施方案中，該方法還包括檢測擴增產(chǎn)物的核酸序列，從而鑒定RNA分子的核酸序列。
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