[發(fā)明專利]用于代謝組分析的系統(tǒng)和方法

在審

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201980057089.6
• 申請(qǐng)日: 2019-07-26
• 公開（公告）號(hào): CN112639985A
• 公開（公告）日: 2021-04-09
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 路易吉·約翰·阿爾瓦拉多馬丁內(nèi)斯
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 10X基因組學(xué)有限公司
• 主分類號(hào): G16B25/10
• 分類號(hào): G16B25/10
• 代理公司: 北京安信方達(dá)知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11262
• 代理人: 劉曉杰

1.一種用于處理或分析來自細(xì)胞的代謝物的方法，所述方法包括：

(a)生成包含以下各項(xiàng)的分區(qū)：(i)所述代謝物，(ii)包含多個(gè)核酸細(xì)胞條形碼分子的珠粒，所述多個(gè)核酸細(xì)胞條形碼分子各自包含細(xì)胞條形碼序列和捕獲序列，所述細(xì)胞條形碼序列唯一地對(duì)應(yīng)于所述細(xì)胞，和(iii)能夠偶聯(lián)至所述代謝物的分子復(fù)合物，其中所述分子復(fù)合物包含分子復(fù)合物捕獲序列和分子復(fù)合物標(biāo)識(shí)符序列，其中在所述代謝物沒有偶聯(lián)至所述分子復(fù)合物的情況下，所述分子復(fù)合物捕獲序列不能被所述捕獲序列接近；

(b)在所述分區(qū)中，提供足以使所述代謝物偶聯(lián)至所述分子復(fù)合物的條件，以便(i)使所述分子復(fù)合物捕獲序列能被所述多個(gè)核酸細(xì)胞條形碼分子中的給定核酸細(xì)胞條形碼分子的所述捕獲序列接近，以及(ii)容許所述捕獲序列偶聯(lián)至所述分子復(fù)合物捕獲序列；以及

(c)在所述捕獲序列偶聯(lián)至所述分子復(fù)合物捕獲序列的情況下，使用所述給定核酸細(xì)胞條形碼分子和所述分子復(fù)合物來合成核酸分子，所述核酸分子包含(1)對(duì)應(yīng)于所述分子復(fù)合物標(biāo)識(shí)符序列的第一核酸序列，和(2)對(duì)應(yīng)于所述細(xì)胞條形碼序列的第二核酸序列，其中所述第一核酸序列和所述第二核酸序列容許所述代謝物被鑒定為對(duì)應(yīng)于所述細(xì)胞。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，所述方法還包括對(duì)所述核酸分子或其衍生物的至少一部分進(jìn)行測(cè)序，以鑒定所述分子復(fù)合物標(biāo)識(shí)符序列和所述細(xì)胞條形碼序列。

3.如權(quán)利要求2所述的方法，所述方法還包括使用所述分子復(fù)合物標(biāo)識(shí)符序列和所述細(xì)胞條形碼序列來將所述代謝物鑒定為源自所述細(xì)胞。

4.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述分子復(fù)合物是核糖開關(guān)。

5.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述分區(qū)包含所述細(xì)胞。

6.如權(quán)利要求5所述的方法，所述方法還包括在(a)之后使所述代謝物從所述細(xì)胞釋放。

7.如權(quán)利要求1所述的方法，所述方法還包括在(c)之前使所述核酸細(xì)胞條形碼分子從所述珠粒釋放。

8.如權(quán)利要求7所述的方法，其中使所述核酸細(xì)胞條形碼分子在暴露于所述分區(qū)中的化學(xué)刺激后從所述珠粒釋放。

9.如權(quán)利要求1所述的方法，其中在所述分區(qū)中執(zhí)行(c)。

10.如權(quán)利要求9所述的方法，所述方法還包括使所述核酸分子或其衍生物從所述分區(qū)釋放或者從所述分區(qū)回收所述核酸分子或其衍生物。

11.如權(quán)利要求1所述的方法，其中在(c)中，使用核酸擴(kuò)增反應(yīng)、逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)和模板轉(zhuǎn)換反應(yīng)中的一者或多者來合成所述核酸分子。

12.如權(quán)利要求1所述的方法，所述方法還包括使所述核酸分子經(jīng)歷一個(gè)或多個(gè)另外的反應(yīng)。

13.如權(quán)利要求12的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)另外的反應(yīng)包括引物延伸反應(yīng)。

14.如權(quán)利要求12所述的方法，其中所述一個(gè)或多個(gè)另外的反應(yīng)包括向所述核酸分子添加一個(gè)或多個(gè)功能序列，其中所述一個(gè)或多個(gè)功能序列被配置成容許所述核酸分子或其衍生物附接至測(cè)序儀的流通池。

15.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述珠粒是凝膠珠粒。

16.如權(quán)利要求1所述的方法，其中在合成所述核酸分子時(shí)，將所述核酸細(xì)胞條形碼分子附接至所述珠粒。

17.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述分區(qū)包含能夠偶聯(lián)至不同于所述代謝物的另外的代謝物的另外的分子復(fù)合物。