[發明專利]生物信息軟件監控系統及方法

有效

• 申請號: 201911398949.0
• 申請日: 2019-12-30
• 公開（公告）號: CN111211938B
• 公開（公告）日: 2021-10-15
• 發明（設計）人: 鄭洪坤;劉戈;龔偉;劉東源
• 申請（專利權）人: 北京百邁客生物科技有限公司
• 主分類號: H04L12/26
• 分類號: H04L12/26;H04L12/24;H04L29/08
• 代理公司: 北京路浩知識產權代理有限公司 11002
• 代理人: 陳征

本發明實施例提供一種生物信息軟件監控系統及方法，包括：Docker集群、kafka消息系統、監控模塊、生物信息軟件和分析模塊；每個生物信息軟件與其對應的監控模塊封裝在相應的Docker容器內；監控模塊用于當監控模塊所在的Docker容器在計算節點上運行時，實時收集運行的Docker容器中生物信息軟件的監控信息，并將監控信息進行分類后推送到kafka消息系統中進行保存；分析模塊用于對kafka消息系統中每種類別的監控信息進行分析，獲取每種類別的監控信息對應的分析結果。本發明實施例實現對生物信息軟件的實時監控分析，根據Docker集群的部署方式運行生物信息軟件提高了集群的利用率和可用性，節約成本。

技術領域

本發明屬于分布式系統技術領域，尤其涉及一種生物信息軟件監控系統及方法。

背景技術

在生物領域快速發展的當下，通常需要使用各種各樣的生物信息軟件對大量生物數據進行分析，以從生物數據中獲取核心數據。

現有技術直接在集群上運行生物信息軟件，系統資源被以搶占的方式使用，無法實現系統資源的自由分配。而且需要人工定時監控系統資源的使用情況和生物信息軟件的運行情況，無法及時監控到這些信息，監控所需的時間長，效率低下。

綜上所述，現有的生物信息軟件直接在集群上運行，一方面無法實現系統資源的自由分配；另一方面，人工對生物信息的運行環境等進行監控缺乏實時性，且費時費力。

發明內容

為克服上述現有的生物信息軟件直接在集群上運行，資源分配不自由，且人工監控費時費力的問題或者至少部分地解決上述問題，本發明實施例提供一種生物信息軟件監控系統及方法。

根據本發明實施例的第一方面，提供一種生物信息軟件監控系統，包括Docker集群、kafka消息系統、監控模塊、生物信息軟件和分析模塊；

其中，所述Docker集群包括多個Docker容器和每個所述Docker容器所在的計算節點，所述生物信息軟件和所述監控模塊一一對應；

每個所述生物信息軟件與其對應的所述監控模塊封裝在相應的Docker容器內；

所述監控模塊用于當所述監控模塊所在的Docker容器在所述計算節點上運行時，實時收集運行的所述Docker容器中生物信息軟件的運行環境信息和日志信息，并將所述運行環境信息和日志信息進行分類后推送到所述kafka消息系統中進行保存；

所述分析模塊用于對所述kafka消息系統中每種類別的運行環境信息和日志信息進行分析，獲取每種類別的運行環境信息和日志信息對應的分析結果。

具體地，所述分析模塊具體用于：

對所述kafka消息系統中每種類別的運行環境信息進行分析，獲取所述生物信息軟件的CPU使用情況、IO使用情況和MEM使用情況；

判斷所述生物信息軟件的CPU使用情況、IO使用情況和MEM使用情況是否超過預設資源限制；

若超過，則將所述生物信息軟件超過預設資源限制的消息告知所述Docker容器，以供所述Docker容器進行相應處理，并返回錯誤碼，以供管理人員根據所述錯誤碼獲取所述錯誤碼對應的錯誤原因，根據所述錯誤原因對所述預設資源限制進行調節。

具體地，所述分析模塊具體用于：

對所述kafka消息系統中每種類別的日志信息進行分析，根據所述日志信息分析的結果更新所述生物信息軟件的運行時狀態，并標記所述生物信息軟件的運行步驟；其中，所述日志信息包括步驟信息和異常信息。

具體地，還包括mysql數據庫；

其中，所述mysql數據庫用于對所述生物信息軟件多次運行的運行環境信息和日志信息進行保存；