[發(fā)明專利]檢測腫瘤靶向藥物相關(guān)基因突變的基因panel、方法、應(yīng)用和試劑盒

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201911327579.1
• 申請日: 2019-12-20
• 公開（公告）號(hào): CN110904235A
• 公開（公告）日: 2020-03-24
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 余濤;金泰慶;王志強(qiáng);萬季;宋麒
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳市新合生物醫(yī)療科技有限公司
• 主分類號(hào): C12Q1/6886
• 分類號(hào): C12Q1/6886;C12N15/11
• 代理公司: 北京冠和權(quán)律師事務(wù)所 11399
• 代理人: 張楠楠

本發(fā)明公開了一種檢測腫瘤靶向藥物相關(guān)基因突變的基因panel、應(yīng)用、方法和試劑盒。本發(fā)明的基因panel，包含15,027個(gè)用于捕獲靶向DNA的靶向DNA探針，所述靶向DNA包括人類基因組上357個(gè)基因的外顯子區(qū)域，和511個(gè)用于捕獲基因融合的探針。本發(fā)明基因panel可一次性檢測多個(gè)位點(diǎn)的DNA突變及變異，以便在癌癥免疫治療過程中根據(jù)患者的基因組特征選擇最優(yōu)的個(gè)體化治療藥物及方案，可用于測量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA等多種類型的生物標(biāo)志物。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)、DNA突變檢測技術(shù)和生物信息學(xué)領(lǐng)域，尤其涉及一種檢測腫瘤突變負(fù)荷和特定基因突變的基因panel。具體而言，本發(fā)明涉及一個(gè)可覆蓋357個(gè)基因全部外顯子區(qū)及511個(gè)基因融合事件的探針組合，用于檢測腫瘤突變負(fù)荷，測量基因組微衛(wèi)星不穩(wěn)定性(MSI)和對(duì)癌癥樣本基因組多種類型的突變進(jìn)行檢測。本發(fā)明基于DNA突變檢測而對(duì)腫瘤突變負(fù)荷進(jìn)行定量，以預(yù)測個(gè)別患者對(duì)特定抗癌免疫治療的反應(yīng)，還可基于基因組突變?yōu)榘┌Y患者提供最優(yōu)抗癌藥物及治療方案。

背景技術(shù)

癌癥是導(dǎo)致人類死亡的主要原因之一，傳統(tǒng)的癌癥治療方法主要包括手術(shù)、放療和化療，但隨著醫(yī)學(xué)科學(xué)的進(jìn)步，免疫治療、靶向治療、介入治療、射頻治療等新治療方式不斷涌現(xiàn)，為癌癥患者提供了新的治療選擇。

靶向癌癥療法是藥物或其他物質(zhì)，通過干擾與癌癥的生長、進(jìn)展和擴(kuò)散有關(guān)的特定分子(分子靶點(diǎn))來阻止癌癥的生長和擴(kuò)散。靶向療法是目前許多抗癌藥物開發(fā)的重點(diǎn)，它是精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的基石。靶向療法需要確定良好的目標(biāo)，即在癌細(xì)胞生長和生存中發(fā)揮關(guān)鍵作用的目標(biāo)。一種確定潛在靶點(diǎn)的方法是確定癌細(xì)胞是否產(chǎn)生推動(dòng)癌癥進(jìn)展的突變(改變)蛋白質(zhì)。例如，細(xì)胞生長信號(hào)蛋白BRAF在許多黑色素瘤中以突變的形式存在(如BRAFV600E)。韋穆拉費(fèi)尼布針對(duì)BRAF蛋白的這種突變形式，并獲準(zhǔn)用于治療患者含有這種改變的BRAF蛋白的黑色素瘤。

癌細(xì)胞中還存在染色體的異常。有時(shí)這些染色體異常導(dǎo)致一個(gè)融合基因，其產(chǎn)物稱為融合蛋白。這種融合蛋白是靶向癌癥治療的潛在靶點(diǎn)。例如，imatinib mesylate以BCR-ABL融合蛋白為目標(biāo)，該蛋白由兩個(gè)基因片段組成，這些基因在一些白血病細(xì)胞中結(jié)合在一起，促進(jìn)白血病細(xì)胞。

對(duì)于某些類型的癌癥，大多數(shù)癌癥患者將有一個(gè)合適的靶向治療目標(biāo)。CML就是一個(gè)例子：大多數(shù)患者都有BCR-ABL融合基因。然而，對(duì)于許多其他癌癥類型，必須測試患者的腫瘤組織以確定是否存在適當(dāng)?shù)陌悬c(diǎn)。靶向療法的使用可能僅限于腫瘤具有特定基因突變的患者，沒有突變的患者則不適合使用靶向治療。因此，通過基因檢測以確定腫瘤患者是否含有對(duì)應(yīng)靶向治療的基因突變是靶向治療的關(guān)鍵。

近年來，癌癥的免疫治療作為一種全新的治療模式，由于其能夠?qū)υS多類型的癌癥進(jìn)行有效管控，因此已成為癌癥治療領(lǐng)域的一大研究熱點(diǎn)。癌癥免疫治療是通過增強(qiáng)人體本身的免疫系統(tǒng)，清除體內(nèi)的腫瘤細(xì)胞，具體包括過繼細(xì)胞療法、免疫檢查點(diǎn)阻斷劑、非特異性免疫激活劑與癌癥疫苗四大類療法。然而，由于癌癥免疫治療針對(duì)非常具體的細(xì)胞機(jī)制，因此有必要預(yù)先對(duì)癌癥患者個(gè)體全面的分子概況(如基因組改變、腫瘤突變負(fù)荷等)進(jìn)行準(zhǔn)確充分的了解，其中，腫瘤突變負(fù)荷(TMB)是在免疫治療選擇里最廣為人知的指標(biāo)之一。

發(fā)明內(nèi)容

為了快速、高效、準(zhǔn)確地對(duì)腫瘤突變類型及突變負(fù)荷進(jìn)行預(yù)測，以便在癌癥靶向藥物及腫瘤免疫治療過程中根據(jù)患者的基因組特征選擇最優(yōu)的個(gè)體化治療藥物及方案。本發(fā)明提供了一種能夠檢測腫瘤突變負(fù)荷和基因組特定基因突變的panel，該panel是針對(duì)357個(gè)基因的外顯子區(qū)域和511個(gè)基因融合區(qū)域設(shè)計(jì)的，可一次性檢測多個(gè)位點(diǎn)的DNA突變。該panel可用于測量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB等多種類型的生物標(biāo)志物。

本發(fā)明的第一方面在于提供一種檢測腫瘤靶向藥物相關(guān)基因突變的基因panel(探針組合)，包括若干用于捕獲靶向DNA的靶向DNA探針和用于捕獲基因融合的融合DNA探針；