[發明專利]一種應用于PacBio長片段文庫構建的BAC載體及其應用在審
| 申請號： | 201911303067.1 | 申請日： | 2019-12-17 |
| 公開（公告）號： | CN110938646A | 公開（公告）日： | 2020-03-31 |
| 發明（設計）人： | 方濤 | 申請（專利權）人： | 武漢菲沙基因信息有限公司 |
| 主分類號： | C12N15/70 | 分類號： | C12N15/70;C12Q1/6869;C12Q1/6806;C40B50/06;C40B40/06 |
| 代理公司： | 上海精晟知識產權代理有限公司 31253 | 代理人： | 周瓊 |
| 地址： | 430000 湖北省武漢市東湖高新技術開發區高新*** | 國省代碼： | 湖北;42 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 應用于 pacbio 片段 文庫 構建 bac 載體 及其 應用 | ||
1.一種應用于PacBio長片段文庫構建的BAC載體，其特征在于，所述BAC載體骨架為20kb以下；載體骨架兩端各設置一個酶切位點，所述酶切位點序列為8堿基以上；每個酶切位點外測各設置一個特異性Barcode標簽，相同BAC載體骨架兩端的Barcode標簽序列相同。
2.根據權利要求1所述的一種應用于PacBio長片段文庫構建的BAC載體，其特征在于，所述每個Barcode標簽序列具有16～20個堿基的特異核苷酸序列。
3.如權利要求1-2任一項所述的應用于PacBio長片段文庫構建的BAC載體在復雜基因組測序中的用途。
4.如權利要求1-2任一項所述的應用于PacBio長片段文庫構建的BAC載體在基因組裝中的用途。
5.一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫構建方法，其特征在于，包括以下步驟：
(1)打斷目標基因組DNA片段至40-60kb，并將打斷后的片段轉入權利要求1-2任一項所述的BAC載體中獲得環形BAC質粒DNA；
(2)使用目標內切酶酶切打斷環形BAC質粒DNA，回收獲得40～60kb的目標插入片段；
(3)目標插入片段連接啞鈴型測序接頭獲得測序文庫；
(4)文庫質檢。
6.根據權利要求5所述的一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫構建方法，其特征在于，所述步驟(1)中的BAC載體是一個或多個，每個BAC載體以特異的Barcode標簽序列與其它BAC載體進行區分。
7.根據權利要求6所述的一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫構建方法，其特征在于，不同BAC載體骨架的Barcode標簽序列之間至少存在10個堿基的差異。
8.根據權利要求5所述的一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫構建方法，其特征在于，步驟(1)中打斷后的片段轉入BAC載體的方法為：將打斷后的大片段DNA與載體以摩爾比為1:5進行連接，連接產物轉化大腸桿菌感受態，培養轉化產物，提取環形BAC質粒DNA。
9.根據權利要求5所述的一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫構建方法，其特征在于，所述啞鈴型測序接頭單鏈部分序列與BAC載體酶切位點序列互補配對。
10.一種基于酶切片段的PacBio長片段文庫，其特征在于，由權利要求5-9中任一項所述的方法構建。
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