[發明專利]基于二代測序的石蠟切片樣本體細胞突變檢測方法和裝置

有效

• 申請號: 201911297543.3
• 申請日: 2019-12-17
• 公開（公告）號: CN110729025B
• 公開（公告）日: 2020-05-08
• 發明（設計）人: 黃毅;易鑫;陳海新;吳玲清;李俊;楊玲
• 申請（專利權）人: 北京吉因加科技有限公司;北京吉因加醫學檢驗實驗室有限公司
• 主分類號: G16B20/20
• 分類號: G16B20/20;G16B20/50;G16B30/10;G16B50/00
• 代理公司: 北京三聚陽光知識產權代理有限公司 11250
• 代理人: 謝楠

1.基于二代測序的石蠟切片樣本體細胞突變檢測方法，其特征在于，包括如下步驟：

獲取正常組織石蠟切片樣本的測序結果，將所述測序結果與人類參考基因組比對，所得比對數據構建正常組織石蠟切片樣本的正常樣本變異位點集；

分別獲取同一組織來源的新鮮腫瘤冷凍組織樣本、腫瘤組織石蠟切片樣本和正常組織樣本的測序結果，基于測序結果，在不同過濾參數下檢測新鮮腫瘤冷凍組織樣本的體細胞突變和腫瘤組織石蠟切片樣本的體細胞突變；

對比所述新鮮腫瘤冷凍組織樣本體細胞突變和腫瘤組織石蠟切片樣本體細胞突變的一致性，獲取最高一致性時的過濾參數作為過濾閾值；

分別獲取待測腫瘤組織石蠟切片樣本及其配對正常組織樣本的測序結果，基于測序結果檢測待測腫瘤組織石蠟切片樣本的體細胞突變，得到原始變異結果；

過濾所述原始變異結果中與正常樣本變異位點集重合的位點，得到第一體細胞突變結果；

過濾所述第一體細胞突變結果中未達到所述過濾閾值的體細胞突變位點，得到第二體細胞突變結果；

過濾所述第二體細胞突變結果中生殖細胞突變和高頻突變位點，即得待測腫瘤組織石蠟切片樣本的體細胞突變結果；

所述過濾參數包括體細胞變異位點的測序深度總和、變異等位基因頻率、鏈偏好性、Read朝向偏好性、測序質量值、胚系突變干擾值、污染物干擾值、堿基質量值中位數、平均比對質量值、片段長度中位數、reads末端距離中位數、假陽性優勢對數、覆蓋reads總數、位點雜合純合性優勢對數、短片段重復次數、鏈偏好質量值、聚合酶滑動質量值中的一種或兩種以上；針對所述過濾參數設定閾值。

2.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，所述鏈偏好性的計算公式為：鏈偏好性＝正向讀長深度/所有讀長深度；

所述Read朝向偏好性的計算公式為：

其中，SOB表示Read朝向偏好性；

#of F1R2_alt表示和參考基因組方向互補且攜帶突變位點的reads總數；

#of F2R1_alt表示和參考基因組方向相同且攜帶突變位點的reads總數。

3.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，根據屬性約減法，選擇最優三種所述過濾參數組合。

4.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，采用統計學方法獲取所述過濾閾值；

所述統計學方法包括Kappa一致性檢驗、卡方檢驗、配對t檢驗和相關系數中的任一種方法。

5.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，所述配對正常組織樣本與待測腫瘤組織石蠟切片樣本來源于同一個體；

所述配對正常組織樣本包括外周血、癌旁組織和新鮮組織中的一種或兩種以上。

6.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，使用生殖細胞突變和高頻突變的先驗數據庫過濾所述生殖細胞突變和高頻突變位點；

所述體細胞突變位點在任一生殖細胞突變和高頻突變的先驗數據庫中，則進行過濾。

7.根據權利要求6所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，根據屬性約減法，選擇生殖細胞突變和高頻突變的先驗數據庫中的任意三種數據庫。

8.根據權利要求7所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，所述數據庫為dbSNP、1000Genomes Project和ExAC。

9.根據權利要求1所述的體細胞突變檢測方法，其特征在于，所述正常組織石蠟切片樣本的測序結果在與參考基因組比對前，包括質控步驟：

所述測序結果去除測序接頭序列、低質量序列和N堿基組成的序列，得到過濾數據；

對所述過濾數據去接頭后的堿基數、堿基質量大于20的百分比、堿基質量大于30的百分比、GC含量、GC-AT分離比、N含量、平均讀長長度、讀長分布標準差、平均堿基質量和可用數據比例進行篩選，選擇符合設定閾值的測序數據進行對比。