[發(fā)明專利]香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201911216302.1
• 申請日: 2019-12-02
• 公開（公告）號: CN110760610B
• 公開（公告）日: 2020-10-30
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 楊茂霞;胥猛;鐘永達(dá);酈芝汀
• 申請（專利權(quán)）人: 南京林業(yè)大學(xué);江西省科學(xué)院生物資源研究所
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 南京申云知識產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 32274
• 代理人: 邱興天

本發(fā)明公開了樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物及其應(yīng)用，屬于林業(yè)分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域。本發(fā)明篩選了11對香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物，將其應(yīng)用在古樟遺傳多樣性分析和古樟譜系分析中，基于葉綠體單倍型分析顯示，不同單倍型分布差異明顯，大部分單倍型只存在于特定的群體中，只有少數(shù)單倍型為共享單倍型，表明單倍型間存在一定的地理分化。18個古樟群體的遺傳分化系數(shù)Fst為0.212，基因流Nm為0.929，表明古樟群體間存在中等的基因流。本發(fā)明的SNP分子標(biāo)記重復(fù)性好，能夠全面揭示香樟遺傳多樣性真實(shí)水平，為野生香樟資源保護(hù)利用提供理論依據(jù)。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于林業(yè)分子生物學(xué)技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

香樟(Cinnamomum camphora(L.)Presl.)是樟科樟屬高大喬木，具有重要的生態(tài)、文化和經(jīng)濟(jì)價(jià)值，是我國重要的材用和特種經(jīng)濟(jì)樹種。近年來有關(guān)香樟分類學(xué)、生理學(xué)、化學(xué)成分與利用、良種選育和營林技術(shù)等方面的研究己有較多報(bào)道，但對其種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究卻很不充分。香樟在我國具有較早的栽培歷史，地區(qū)間引種栽培情頻繁，其延續(xù)至今，針對群體遺傳分析的樣品起源有較大出入。此外，在研究手段上，早期使用的RAPD、ISSR等共顯性DNA標(biāo)記，重復(fù)性差、多態(tài)性低，難以全面揭示香樟遺傳多樣性真實(shí)水平。

SNP被稱為第三代分子標(biāo)記，是基因組中單個核苷酸的突變而引起的DNA序列的多態(tài)性，它以單個堿基的顛換、轉(zhuǎn)換、插入和缺失的方式存在。相較于其他分子標(biāo)記，SNP具有以下幾個有點(diǎn)：1)密度高，分布廣，SNP分布廣泛，遍布整個基因組；2)遺傳穩(wěn)定性，相較于SSR等重復(fù)序列多態(tài)標(biāo)記相比，SNP具有更高的遺傳穩(wěn)定性；3)二態(tài)性，盡管SNP只有兩種等位基因型，在個體中信息量相較于目前常用的SSR標(biāo)記要少，但其高密度性和穩(wěn)定性彌補(bǔ)了這一差距；4)代表性，某些位于基因內(nèi)部的SNP有可能直接影響蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)或表達(dá)水平，因此它們可能代表疾病遺傳機(jī)理中的某些作用因素；5)易于實(shí)現(xiàn)分析的自動化，無需檢測片段長度多態(tài)，容易實(shí)現(xiàn)自動化。由于以上特點(diǎn)，SNP經(jīng)常被用作于遺傳多樣性研究、遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建、種質(zhì)資源鑒定和關(guān)聯(lián)分析等研究。

發(fā)明內(nèi)容

針對現(xiàn)有技術(shù)的不足，本發(fā)明的目的是提供香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物，用以解決現(xiàn)有技術(shù)存在的使用的RAPD、ISSR等共顯性DNA標(biāo)記，重復(fù)性差、多態(tài)性低的問題；本發(fā)明的另一目的是提供香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物在古樟遺傳多樣性分析和古樟譜系分析中的應(yīng)用，用以解決現(xiàn)有技術(shù)難以全面揭示香樟遺傳多樣性真實(shí)水平的問題。

為了實(shí)現(xiàn)上述發(fā)明目的，本發(fā)明采用的技術(shù)方案為：

香樟葉綠體SNP分子標(biāo)記的多態(tài)性引物，包括11對多態(tài)性引物，其引物核苷酸序列如下：

CpSNP1上游引物如SEQ ID NO.1所示；

CpSNP1下游引物如SEQ ID NO.2所示；

CpSNP2上游引物如SEQ ID NO.3所示；

CpSNP2下游引物如SEQ ID NO.4所示；

CpSNP9上游引物如SEQ ID NO.5所示；

CpSNP9下游引物如SEQ ID NO.6所示；

CpSNP13上游引物如SEQ ID NO.7所示；

CpSNP13下游引物如SEQ ID NO.8所示；

CpSNP14上游引物如SEQ ID NO.9所示；

CpSNP14下游引物如SEQ ID NO.10所示；

CpSNP15上游引物如SEQ ID NO.11所示；