[發明專利]腫瘤特異性細胞亞群和特征基因及其應用

有效

• 申請號: 201911148439.8
• 申請日: 2019-11-21
• 公開（公告）號: CN110806480B
• 公開（公告）日: 2020-09-29
• 發明（設計）人: 赫捷;陳應泰
• 申請（專利權）人: 中國醫學科學院腫瘤醫院
• 主分類號: G01N33/574
• 分類號: G01N33/574;C12Q1/6886;A61K45/00;A61P35/00
• 代理公司: 北京預立生科知識產權代理有限公司 11736
• 代理人: 高倩倩;李紅偉

本發明公開了腫瘤特異性細胞亞群和特征基因及其應用；本發明利用單細胞轉錄組測序結合生物信息學分析的方法，分離和表征了能反映腫瘤的細胞亞群，即高表達RALGAPA2的腫瘤血管內皮細胞，并進一步確定了RALGAPA2與胃癌之間的相關性。

技術領域

本發明屬于生物醫藥領域，涉及腫瘤特異性細胞亞群和特征基因及其應用。

背景技術

惡性腫瘤是世界范圍內威脅、人類生命健康的重大疾病。腫瘤難以治愈，致死率高，其核心原因就是腫瘤的復發和轉移。腫瘤轉移是個復雜的、多步驟的過程，腫瘤干細胞、循環腫瘤細胞、微小轉移灶都可能在腫瘤轉移和復發中起到重要的作用。惡性腫瘤在發生發展過程中都伴隨著基因組的改變，因此對腫瘤進行基因水平分析能更進一步了解其分子特征和發生發展的機制。然而這些在腫瘤轉移過程中發揮重要作用的腫瘤細胞或者轉移灶一般都由微量細胞組成，甚至以單個細胞形式存在，越來越多的研究也證明腫瘤細胞之間存在廣泛的異質性，而傳統的生物學、醫學研究手段往往基于大量細胞進行分析，對其基因組特征以及在腫瘤轉移復發過程中的分子機制尚不明確。

隨著生物學研究的發展，測序技術在過去幾十年經歷了從低通量到高通量的快速發展，下一代測序(Next Generation Sequencing,NGS)技術實現了快速并高效地獲得數千萬億計的堿基序列數據，極大地改變基礎生物學和醫學研究領域。雖然傳統的多細胞轉錄組測序技術為研究人員提供了對癌癥的生物學特性的初步了解，但是其獲得的基因表達譜數據是腫瘤組織樣本中多種細胞基因表達量的平均值，從而忽略了腫瘤組織的異質性和掩蓋了一些細胞亞型的遺傳信息。以細胞群體為對象的研究具有一定限制性，不能解釋科學研究中出現的問題。單細胞技術的發展一方面解決了對微量樣品進行研究的挑戰，另一方面可以更好地了解細胞之間的異質性，為解析單個細胞的特征、行為機制等提供有力的技術支持。近年來，單細胞的相關分析技術已逐步成為研究的熱點。

應用單細胞測序技術，實現對癌癥患者腫瘤干細胞、腫瘤微轉移、外周血循環腫瘤細胞的精確識別和其基因組等信息的定量獲取。通過生物信息學分析，深入揭示癌癥發生、復發轉移及耐藥的關鍵生物學機制。

本申請采用單細胞測序技術，在大量的單細胞轉錄組數據的基礎上，利用數據降維的方法來探索胃癌中各個細胞的所述細胞類型，發現與癌癥相關的細胞群和基因，然后結合TCGA中多細胞轉錄組數據分析有關基因預測胃癌的效果。

發明內容

本發明發明人利用單細胞轉錄組測序技術和生物信息學分析技術，通過分析癌癥組織和癌旁組織中的單細胞基因表達譜，分離和表征能反映機體腫瘤的細胞亞群，并進一步研究確定了該細胞亞群所表達的新的特征基因，以及這些特征基因與腫瘤之間的相關性，在此基礎上完成了本發明。

因此，本發明在廣義上是針對可以用來鑒定或表征并且任選地用來分離、劃分、分開或富集與腫瘤細胞亞群的標記、方法、化合物、組合物和制造品。

本發明公開的這些標記，能夠識別或鑒定來自腫瘤的特異性細胞亞群，構成這類腫瘤細胞的通用性表征，能用于治療靶標的闡明。而且，可以進一步在臨床和非臨床中使用，用于腫瘤患者的診斷、監測、管理以及靶向治療，以及提供相關的試劑盒或其他產品。

本發明的第一方面提供了一種用于診斷腫瘤特異性血管內皮細胞的生物標志物，所述生物標志物為RALGAPA2。

進一步，所述生物標志物在腫瘤特異性血管內皮細胞中高表達。

進一步，所述腫瘤為胃癌，尤其是胃腺癌。

本發明的第二方面提供了本發明第一方面所述生物標志物在分選腫瘤特異性血管內皮細胞中的應用。

本發明的第三方面提供了檢測RALGAPA2的試劑在制備診斷胃癌的產品中的應用。

進一步，所述試劑包括核酸、配體、酶、底物、抗體。