[發(fā)明專利]一種藥用植物共生微生物鑒定方法及其應用

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201911075058.1
• 申請日: 2019-11-06
• 公開（公告）號: CN110734989A
• 公開（公告）日: 2020-01-31
• 發(fā)明（設計）人: 寧康;白虹;高溪;陳超云;鐘朝芳;程銘悅;譚重陽
• 申請（專利權(quán)）人: 華中科技大學鄂州工業(yè)技術(shù)研究院;華中科技大學
• 主分類號: C12Q1/689
• 分類號: C12Q1/689;C12Q1/6869;C12Q1/6895;G16B30/00;G16B45/00
• 代理公司: 33231 杭州宇信知識產(chǎn)權(quán)代理事務所(普通合伙)
• 代理人: 張宇娟

1.一種藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，包括如下步驟：

S1，采集樣本，并進行預處理操作；

S2，采用高通量測序的方法，獲取樣本中微生物16S rRNA基因的V3、V4區(qū)序列雙鏈測序數(shù)據(jù)；

S3，借助FastQC軟件篩選出合格的測序數(shù)據(jù)，將合格的測序數(shù)據(jù)的正向鏈和反向鏈合成得到總鏈文件，通過Mothur軟件對總鏈文件進行質(zhì)控處理得到質(zhì)控文件；

S4，借助Qiime軟件對質(zhì)控文件進行分析得到微生物物種豐度表，借助R軟件和LEfSe軟件繪制樣本中微生物的可視化結(jié)果分析圖表，通過對比分析結(jié)果來鑒別樣本微生物。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S1中，所述預處理操作的具體步驟為：采集待檢測樣本，對所有樣本進行液氮處理并儲存于干冰盒。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S3中，所述對總鏈文件進行質(zhì)控處理前，需要用腳本去除高通量測序中加入的接頭序列，所述接頭序列為：

-a AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC

-A AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT。

4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S4中，借助Qiime軟件對質(zhì)控文件進行分析時采用“pick_de_novo_otus.py”或“pick_closed_reference_otus.py”的分析流程。

5.根據(jù)權(quán)利要求1所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S4中，所述借助Qiime軟件對質(zhì)控文件進行分析得到物種豐度表的步驟，包括通過進行OTU的聚類分析得到微生物樣本的OTU表、進行微生物物種多樣性分析得到α-多樣性數(shù)據(jù)表和β-多樣性數(shù)據(jù)表、以及進行相對豐度的分析得到相對豐度表。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S4中，所述可視化結(jié)果分析圖表包括PCoA差異性分析圖、相對豐度組成分析圖和分類Biomarker分析圖。

7.根據(jù)權(quán)利要求6所述的藥用植物共生微生物鑒定方法，其特征在于，步驟S4中，所述對比分析結(jié)果的操作包括對比微生物的豐度組成和Biomarker。

8.權(quán)利要求1～7任一項所述的藥用植物共生微生物鑒定方法在鑒定甘草根際微生物與根系土壤微生物中的應用。

9.權(quán)利要求1～7任一項所述的藥用植物共生微生物鑒定方法在鑒定甘草種植方式中的應用。

10.權(quán)利要求1～7任一項所述的藥用植物共生微生物鑒定方法在解析中藥復方治療疾病的作用機制中的應用。