[發明專利]一種基于OrthoMCL聚類結果的快速分析方法

有效

• 申請號: 201911044264.6
• 申請日: 2019-10-30
• 公開（公告）號: CN110808085B
• 公開（公告）日: 2023-03-21
• 發明（設計）人: 韓毛振;張雁;曹杰;汪棟;羅學才
• 申請（專利權）人: 安徽醫科大學
• 主分類號: G16B25/00
• 分類號: G16B25/00;G16B50/00
• 代理公司: 合肥中谷知識產權代理事務所(普通合伙) 34146
• 代理人: 洪玲

1.一種基于OrthoMCL聚類結果的快速分析方法，其特征在于，包括以下步驟：

步驟S1、獲取待分析的各個物種的核酸序列和蛋白質序列，利用OrthoMCL聚類分析軟件對待分析的所有物種的蛋白質序列進行同源性聚類，并輸出OrthoMCL聚類結果；

步驟S2、設定泛基因組分析中所使用的物種個數為N，統計出OrthoMCL聚類結果中每個對應對應聚類文件的cluster中所包含的物種數N1和每個對應聚類文件的cluster中每個物種包含的蛋白質的個數m₁，m₂，m₃，……，m_N，獲得OrthoMCL聚類參數；

步驟S3、根據OrthoMCL聚類參數對蛋白質進行分類；

步驟S4、根據步驟S3的分類結果和步驟S1的物種核酸序列，輸出分析結果。

2.根據權利要求1所述的一種基于OrthoMCL聚類結果的快速分析方法，其特征在于，所述根據OrthoMCL聚類參數對蛋白質進行分類，包括：

根據泛基因組學OrthoMCL聚類結果中核心蛋白質在物種中的分布特征：若該cluster中包含的物種數N1＝N，這個cluster為泛基因組分析的核心蛋白質，輸出該cluster文件；

根據泛基因組學OrthoMCL聚類結果中單拷貝核心蛋白質在物種中的分布特征：若該cluster中包含的物種數N1＝N且m₁＝m₂＝m₃＝……＝m_N＝1，這個cluster為泛基因組分析的單拷貝核心蛋白質，輸出該cluster文件；

根據泛基因組學OrthoMCL聚類結果中非必需蛋白質質在物種中的分布特征：若該cluster中包含的物種數N1N且m₁，m₂，m₃，……，m_N中至少有兩個不為0，這個cluster為發基因組分析中的非必需蛋白質，輸出該cluster文件；

根據泛基因組學OrthoMCL聚類結果中特異蛋白在物種中的分布特征：若該cluster中包含的物種數N1N且m₁，m₂，m₃，……，m_N中有且只有一個為0，這個cluster為泛基因組分析的特異蛋白，輸出該cluster文件。

3.根據權利要求1所述的一種基于OrthoMCL聚類結果的快速分析方法，其特征在于，所述輸出分析結果，包括：

輸出各類蛋白質在每個cluster中的分布，即輸出m₁，m₂，m₃，……，m_N的值，實現各類蛋白質的數目統計；

輸出各類蛋白質在每個cluster中的核酸序列，從而提供后續的泛基因組分析的輸出文本。