[發明專利]一種檢測HTR2A基因rs6313位點的TaqMan探針實時熒光PCR方法及其引物探針組合

在審

• 申請號: 201911037273.2
• 申請日: 2019-10-29
• 公開（公告）號: CN110643689A
• 公開（公告）日: 2020-01-03
• 發明（設計）人: 王會娟;康星;韓敏
• 申請（專利權）人: 陜西佰美基因股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6858
• 分類號: C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 61211 西安智邦專利商標代理有限公司
• 代理人: 胡樂

本發明屬于基因診斷領域，公開了一種檢測HTR2A基因rs6313位點(HTR2A，102C>T)的TaqMan探針實時熒光PCR方法及其引物探針組合。其中：上游引物FpC?T:5’?GCTCTACAGTAATGACTTTAACTTC?3’，上游引物FpT?T:5’?GCTCTACAGTAATGACTTTAACTTT?3’，下游引物Rp：5’?GATGAAGTAAGGAGAGACACGAC?3’，探針Probe：5’?FAM?TAACACTTCTGATGCATTTAACTGGAC?BHQ2?3’。PCR反應完成后，可通過擴增曲線的有無分析結果。本發明具有操作簡便、分辨率高、無污染、高通量等優點。

技術領域

本發明屬于藥物基因組學和基因檢測領域，具體涉及一種針對HTR2A基因rs6313位點等位基因的特異性引物及探針設計，以及檢測方法。

背景技術

世界衛生組織(WHO)公布的最新統計數據顯示，全球抑郁癥總患病人數約為3.22億，全球抑郁癥患者人口占比估計為4.4％。中國抑郁癥患病率為4.2％，保守估計中國抑郁癥患病人群目前已超過5800萬。目前抑郁癥已成為世界第四大疾患，抗抑郁藥物如氟西汀(fluoxetine)、帕羅西汀(paroxetine)、氟伏沙明(fluvoxamine)等，是抑郁癥治療的主要療法。盡管藥物的種類很多，但大約30-50％的患者對治療無應答。一項隨機對照研究發現，對嚴重抑郁癥患者，接受臨床最常用抗抑郁藥物標準劑量治療，6～8周后，只有35-45％的患者能回到發病前沒有任何顯著抑郁癥狀的功能水平。

在影響作用效應差異的眾多因素，遺傳基因多態性公認的關鍵因素之一。抗抑郁癥藥物基因組學研究發現了一些與抑郁癥藥物應答有關的基因，其中HTR2A(5-hydroxytryptamine receptor 2A，5-羥色胺2A受體)是研究的熱點之一。HTR2A基因編碼的五羥色胺2A受體是五羥色胺受體家族的一個成員，表達于大腦所有的新皮質區，廣泛分布在中樞神經系統及周圍。5-HTR2A可能介導5-羥色胺信號系統，在中樞神經系統中發揮著調節情緒、情緒和壓力的重要作用。

HTR2A基因有著顯著的基因多態性，其中最常見的是位于c.102T>C(rs6313)變異。臨床研究表明，HTR2A T102C基因多態性與目前臨床最常用的抗抑郁藥五羥色胺再攝取抑制劑(SSRIs)的療效密切相關。Kato M等(2006年)人對100位抑郁癥患者的研究發現，使用氟西汀治療4周后，攜帶C等位基因的患者抑郁癥狀改善優于攜帶T等位基因的患者(P＝0.022)，并且CC基因型患者對氟西汀的反應更好。Kishi T等(2010年)人對265位重度抑郁癥患者研究也證實了T102C基因多態性與SSRIs治療反應的相關性。此外，一項包含11個研究共1775個研究對象的薈萃分析也表明，HTR2A T102C基因多態性與抗抑郁藥高應答率顯著相關，攜帶C等位基因的患者對SSRIs的應答效果更好。因此，開發一種簡便、快速、靈敏的HTR2A T102C位點的基因分型技術對于確定患者的遺傳特征，以便預測患者對于抗抑郁藥物的應答，制定個體化的治療方案，具有重要的臨床價值。

目前實時熒光定量PCR方法廣泛應用于基因多態性分型檢測，該方法是在普通PCR反應體系中加入熒光基團或熒光染料，利用熒光信號積累監實時監測整個PCR反應的進程，最后通過標準曲線或測量指數擴增期的熒光值來進行定量或者定性的方法。將TaqMan探針與實時熒光PCR結合是目前最常用的基因分型方法，具有靈敏度高、特異性強、穩定性好、能實現多重反應、反應后不需要開蓋避免了二次污染等諸多優點。目前，針對HTR2Ars6313位點分型的基因檢測技術以及商業化的試劑盒產品比較少見，因此基于TaqMan探針的實時熒光PCR法，開發一種快速簡便可靠的HTR2Ars6313位點的基因分型技術非常具有非常重要的臨床意義和價值。

發明內容

本發明的目的是在現有的PCR技術基礎上，提供一種更加簡便、快速、高通量、特異性高的實時熒光PCR方法來檢測人HTR2A基因rs6313位點等位基因，以改善現有技術上所存在的缺陷；相應得出特異性引物及探針組合。