[發(fā)明專利]一種代謝-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)集成方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201911033021.2
• 申請日: 2019-10-28
• 公開（公告）號: CN110797079B
• 公開（公告）日: 2023-05-09
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 郝彤;孫金生;郜晨晨
• 申請（專利權(quán)）人: 天津師范大學(xué)
• 主分類號: G16B15/00
• 分類號: G16B15/00;G16B45/00
• 代理公司: 天津市北洋有限責(zé)任專利代理事務(wù)所 12201
• 代理人: 程小艷

1.一種代謝-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)集成方法，其特征在于，該方法包括代謝網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換，R-P-R網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，網(wǎng)絡(luò)對接三個步驟：代謝網(wǎng)絡(luò)是代謝物-代謝物之間的關(guān)系聯(lián)結(jié)而成，而蛋白互作網(wǎng)絡(luò)是蛋白-蛋白之間的關(guān)系聯(lián)結(jié)而成，從節(jié)點信息上來看，利用蛋白作為橋梁，找到代謝網(wǎng)絡(luò)和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)的共性，將其集成為一個網(wǎng)絡(luò)；具體步驟為：

(1)代謝網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換：通常代謝網(wǎng)絡(luò)是以代謝物圖的形式呈現(xiàn)，即以代謝物為節(jié)點，以反應(yīng)為邊；

(2)R-P-R網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建：在代謝網(wǎng)絡(luò)中，每一個反應(yīng)都是由酶催化的，每一個代謝反應(yīng)都對應(yīng)著一個或多個蛋白-反應(yīng)關(guān)系/P代謝網(wǎng)絡(luò)P-R關(guān)系；根據(jù)代謝網(wǎng)絡(luò)中蛋白/催化酶，與反應(yīng)間的催化關(guān)系，將蛋白-反應(yīng)關(guān)系/P-R關(guān)系添加到R-R網(wǎng)絡(luò)中，形成R-P-R代謝網(wǎng)絡(luò)；

(3)網(wǎng)絡(luò)對接：在蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中，包含大量蛋白-蛋白關(guān)系/P-P關(guān)系，蛋白互作網(wǎng)絡(luò)；比較代謝網(wǎng)絡(luò)和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)，確定其中的共同蛋白，以該蛋白作為橋梁，將與其相關(guān)的代謝網(wǎng)絡(luò)中的反應(yīng)-蛋白關(guān)系和蛋白互作網(wǎng)絡(luò)中的蛋白-蛋白關(guān)系聯(lián)結(jié)在一起，形成集成網(wǎng)絡(luò)，即代謝-蛋白互作集成網(wǎng)絡(luò)。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的一種代謝-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)集成方法，其特征在于，所述步驟(1)具體如下：首先需要將代謝網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)化為反應(yīng)圖，即以反應(yīng)為節(jié)點，以反應(yīng)間的共同代謝物為邊，簡稱為R-R形式網(wǎng)絡(luò)；對于兩個不同的反應(yīng)/R1和R2，R1-R2關(guān)系建立的原則為：R1的產(chǎn)物能夠作為R2的底物，具體方法為：

(a)對于整個網(wǎng)絡(luò)中的每一個代謝物，搜索其參與的反應(yīng)，并確定其在各個反應(yīng)中的位置，即作為底物或產(chǎn)物；

(b)將含有該代謝物并作為產(chǎn)物的反應(yīng)分別與含有該代謝物并作為底物的反應(yīng)聯(lián)結(jié)起來，建立若干個反應(yīng)關(guān)系對；

(c)將所有反應(yīng)關(guān)系對整合起來，形成以反應(yīng)為節(jié)點，以代謝物為邊的代謝網(wǎng)絡(luò)，即代謝網(wǎng)絡(luò)R-R關(guān)系。