[發明專利]通過分子計數提高等位基因調用的置信度

在審

• 申請號: 201910945228.0
• 申請日: 2011-09-20
• 公開（公告）號: CN110878345A
• 公開（公告）日: 2020-03-13
• 發明（設計）人: J·卡斯本;S·布倫那;R·奧斯本;C·利希藤斯坦;A·克拉斯
• 申請（專利權）人: 安捷倫科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6869
• 分類號: C12Q1/6869
• 代理公司: 北京坤瑞律師事務所 11494
• 代理人: 羅天樂

1.一種用于確定個體多核苷酸分子的最小數量的方法，所述個體多核苷酸分子來源于已在特定序列分析配置或過程中測序的相同原始樣品的相同基因組區域，該方法包括：

將簡并堿基區域(DBR)附接到起始多核苷酸分子；

擴增銜接子附接的起始多核苷酸分子；

將擴增的多核苷酸分子測序，其中獲得所述DBR及多核苷酸的一部分的序列；

確定附接到感興趣多核苷酸的不同DBR的數量；

利用存在于測序運行中的不同DBR序列的數量來確定來源于已在該特定序列分析配置或過程中測序的相同原始樣品的相同基因組區域的個體多核苷酸分子的最小數量；和

在基因分型測定法中確定無法單獨通過讀段數量獲得的等位基因調用統計值。

2.如權利要求1所述的方法，其中DBR作為銜接子的一部分添加到起始多核苷酸。

3.如權利要求2所述的方法，其中銜接子還包含測序引物位點。

4.如權利要求1所述的方法，其中DBR存在于核酸合成引物中，使得當將引物用于聚合反應時將DBR添加到靶核苷酸。

5.如權利要求4所述的方法，其中所述核酸合成引物是PCR引物。

6.如前述任一項權利要求所述的方法，其中DBR的長度為3至10個堿基。

7.如前述任一項權利要求所述的方法，其中所述多核苷酸來自基因組DNA。

8.如前述任一項權利要求所述的方法，包括富集DBR附接的多核苷酸。

9.如前述任一項權利要求所述的方法，其中該方法包括將來源于多個原始來源的多核苷酸分子混合，其中來源于每個原始樣品的多核苷酸分子包括多重標識(MID)標記，其中將每個原始樣品與單一MID相關聯，使得可以確定每個標記核酸片段所來源的原始樣品。