[發(fā)明專利]一套適用于番茄DNA指紋庫構(gòu)建的KASP引物組合及其應(yīng)用

有效

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• 申請日: 2019-09-26
• 公開（公告）號: CN110607386B
• 公開（公告）日: 2022-05-03
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 劉寶平;王均帥;焦珍珍;邢海星;張東峰;馬睿;趙小翠;尹增奇;吳坤生
• 申請（專利權(quán)）人: 北京通州國際種業(yè)科技有限公司
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京紀(jì)凱知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11245
• 代理人: 秦夢楠

本發(fā)明公開了一套適用于番茄DNA指紋庫構(gòu)建的KASP引物組合及其應(yīng)用。本發(fā)明開發(fā)的番茄KASP核心引物及品種檢測試劑盒，可以用來鑒定待測番茄品種鑒定，使得辨別品種真?zhèn)蔚牟僮髯兊脺?zhǔn)確便捷，其中KASP引物組合遍及番茄整個基因組且具有唯一的擴增穩(wěn)點，代表性較強；該試劑盒的檢測結(jié)果穩(wěn)定可靠、操作簡單快速，可以實現(xiàn)檢測的規(guī)模化和標(biāo)準(zhǔn)化。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一套適用于番茄DNA指紋庫構(gòu)建的KASP引物組合及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

番茄(Lycopersicon esculentum L.)是世界上重要的蔬菜作物之一，具有極高的營養(yǎng)價值。由于番茄及其制品的獨特食用、保健及輔助治療的功效，在世界農(nóng)業(yè)生產(chǎn)和貿(mào)易中占有重要的地位。根據(jù)世界加工番茄理事會(WPTC)發(fā)布的統(tǒng)計數(shù)據(jù)：2013年全球加工番茄產(chǎn)量為3301.2萬噸。由于番茄是自花授粉的植物，在雜交制種的過程中，若人工去雄不及時，導(dǎo)致母本自交產(chǎn)生假雜種，同時也常常會存在生物學(xué)混雜與機械混雜，導(dǎo)致種子遺傳純度下降，種子上市后給生產(chǎn)者帶來巨大的經(jīng)濟損失，產(chǎn)生不良的社會影響。因此，優(yōu)良F1代雜種種子種苗的遺傳純度快速、準(zhǔn)確鑒定成為番茄生產(chǎn)中最為迫切需要解決的問題之一。

傳統(tǒng)鑒定番茄種子遺傳純度的方法主要有形態(tài)學(xué)田間小區(qū)鑒定與同工酶分析等1,2。田間小區(qū)鑒定方法主要是對番茄的子葉、葉片、第一束花的形成時間和果實的顏色、果實室數(shù)、果實表面構(gòu)造和抗病特性等主要園藝形狀進行鑒別，從而判斷品種種子的純度3。這種方法較費時、費工，占用大量的土地，需要經(jīng)過3-5個月的生長成熟期；有時可用于雜種鑒定的形態(tài)特征數(shù)目有限，且多數(shù)形態(tài)性狀易受環(huán)境因素的影響，所以僅靠形態(tài)特征來鑒別品種純度的準(zhǔn)確率會受到影響。用于番茄品種純度鑒定的同工酶主要有POD，EST，ACP，ADH，MDH等4，但由于栽培番茄遺傳變異小、多態(tài)性較低、可利用的酶種類少，且表達與組織發(fā)育及發(fā)育時期有關(guān)，難以用于一些F1雜種純度檢測與品種鑒定。

以DNA為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記如RFLP、RAPD、SSR、AFLP與ISSR等，具有檢測位點數(shù)量多、多態(tài)性高、遺傳穩(wěn)定、不受環(huán)境條件影響等優(yōu)點，已開始應(yīng)用于蔬菜作物品種鑒定與純度檢測中。SNP是染色體基因組水平上單個核苷酸變異引起的DNA序列多態(tài)性，包括單堿基的轉(zhuǎn)換、顛換、插入及缺失等形式，廣泛用于群體遺傳學(xué)分析、構(gòu)建遺傳連鎖圖和指紋圖譜以及分子標(biāo)記輔助育種等。為保證新培育出的番茄優(yōu)良品種產(chǎn)生最大的經(jīng)濟效益，需要一種權(quán)威、準(zhǔn)確、穩(wěn)定檢測方法進行番茄商品種子遺傳純度的快速鑒定。

迄今為止，有關(guān)番茄KASP標(biāo)記核酸指紋庫構(gòu)建的報道還不多見，尚無用于核酸指紋庫構(gòu)建的專用試劑盒。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一套適用于番茄DNA指紋庫構(gòu)建的KASP引物組合及其應(yīng)用。

本發(fā)明首先保護用于檢測48個SNP位點基因型的物質(zhì)在番茄品種鑒定中的應(yīng)用；

所述48個SNP位點如下表所示：

上述位置參照番茄基因組2.4版本，ftp://ftp.solgenomics.net/genomes/Solanum_lycopersicum/Heinz1706/wgs/assembly/build_2.40/。

在本發(fā)明的實施例中，所述用于檢測48個SNP位點基因型的物質(zhì)為引物組合；所述引物組合由48個特異引物組組成；

引物組1由序列表的序列1-3所示的單鏈DNA分子組成；

引物組2由序列表的序列4-6所示的單鏈DNA分子組成；

引物組3由序列表的序列7-9所示的單鏈DNA分子組成；

引物組4由序列表的序列10-12所示的單鏈DNA分子組成；