[發(fā)明專利]桃果實(shí)低酸或酸性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201910836010.1
• 申請日: 2019-09-04
• 公開（公告）號: CN110512024B
• 公開（公告）日: 2022-03-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 徐搖光;謝華;于洋;官健濤;任飛
• 申請（專利權(quán)）人: 北京市農(nóng)林科學(xué)院
• 主分類號: C12Q1/6895
• 分類號: C12Q1/6895;C12N15/11
• 代理公司: 北京商專永信知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理事務(wù)所(普通合伙) 11400
• 代理人: 歐陽石文

本發(fā)明提供一種通過SNP分子標(biāo)記檢測桃果實(shí)酸性狀的方法，所述標(biāo)記位點(diǎn)來自桃長鏈脂肪醇脫氫酶(PpFAO4A,Prupe.5G013900)基因，其編碼核苷酸序列(Coding Sequence,CDS)的第1827位的堿基為A或者G。本發(fā)明的方法可用于桃果實(shí)低酸風(fēng)味的早期預(yù)測和品種資源的鑒定，還可用于栽培桃遺傳背景分析及篩選，以及桃優(yōu)異單株的選育，具有廣闊的應(yīng)用前景。

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及植物分子生物學(xué)，生物信息學(xué)和植物分子育種領(lǐng)域，具體涉及與桃果實(shí)低酸或酸風(fēng)味相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

桃(Prunuspercica)，薔薇科李屬，廣泛生長于溫帶和亞熱帶地區(qū)，是世界五大果木類作物之一，具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。我國是世界最大的桃生產(chǎn)國，但仍然存在著果實(shí)品質(zhì)差、經(jīng)濟(jì)效益不高等問題。品質(zhì)是商品果類的核心，風(fēng)味是果實(shí)重要的內(nèi)在品質(zhì)，而有機(jī)酸是影響果實(shí)風(fēng)味的主要因素。一般來說，低酸風(fēng)味的桃口感更佳，與消費(fèi)者接受度呈正相關(guān)，因此培育低酸風(fēng)味的新品種是現(xiàn)代桃育種的主要目標(biāo)之一，而開發(fā)與低酸風(fēng)味相關(guān)的分子標(biāo)記就顯得尤為重要且迫切。研究表明，桃果實(shí)低酸性狀主要由位于5號染色體前端的D位點(diǎn)控制(Dirlewanger,E.,et al.,Genetic linkage map of peach[Prunus persica(L.)Batsch]using morphological and molecular markers.Theoretical and AppliedGenetics,1998.97(5-6):p.888-895.)。

近20年來，科學(xué)家們利用各類分子標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖譜，并開發(fā)了一些與低酸性狀連鎖的分子標(biāo)記，如：SSR(Simple Sequence Repeats)分子標(biāo)記CPPCT040(Eduardo,I.,etal.,Development of diagnostic markers for selection of the subacid trait inpeach.Tree GeneticsGenomes,2014.6(10):p.1695-1709.)，檢測效率約為97.5％。隨著第三代分子標(biāo)記SNP(Simple Nucleotide Polymorphisms)技術(shù)的迅猛發(fā)展，近年來也發(fā)表了很多與低酸性狀相關(guān)的SNP分子標(biāo)記，分別位于5號染色體上的541,075bp(Wang,Q.,etal.,DNA marker-assisted evaluation of fruit acidity in diverse peach(Prunuspersica)germplasm.Euphytica,2016.210(3):p.413-426.)、764,830bp(Cao,K.,et al.,Genome-wide association study of 12 agronomic traits in peach.NatureCommunications,2016.7:p.13246.)、821,372bp(蔣俊碩士學(xué)位論文，桃高密度SNP圖譜構(gòu)建與果實(shí)質(zhì)地和酸度全基因組關(guān)聯(lián)分析，2016)、996,915bp和10,341,037bp(Cao,K.,etal.,Genome-wide association study of 12agronomic traits in peach.NatureCommunications,2016.7:p.13246.)等。與SSR標(biāo)記相比，這些SNP標(biāo)記具有數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)簡單、準(zhǔn)確、檢測方法靈活多樣，易實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化等優(yōu)勢。隨著生物技術(shù)手段的迅猛發(fā)展，針對不同樣本量、不同標(biāo)記位點(diǎn)數(shù)都已開發(fā)出相應(yīng)的檢測方案，其中，KASP(Kompetitive AlleleSpecific PCR，競爭性等位基因特異性PCR)是一種可以對基因組DNA的SNP和InDel的雙等位基因進(jìn)行精準(zhǔn)分型的技術(shù)，尤為適合少量位點(diǎn)、大群體樣本的分子檢測。

低酸風(fēng)味是個(gè)復(fù)雜的性狀，受多種因素影響，因此需要開發(fā)更多的分子標(biāo)記對果實(shí)風(fēng)味進(jìn)行綜合評判可提升對該性狀預(yù)測的準(zhǔn)確性。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的在于提升對桃果實(shí)低酸性的性狀預(yù)測和判斷的準(zhǔn)確性，因而提供一個(gè)與桃果實(shí)低酸風(fēng)味相關(guān)的SNP分子標(biāo)記及其在分子育種中的應(yīng)用。