[發明專利]豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記與應用

有效

• 申請號: 201910734148.0
• 申請日: 2019-08-09
• 公開（公告）號: CN110373480B
• 公開（公告）日: 2022-11-01
• 發明（設計）人: 周佳偉;梅書棋;彭先文;吳俊靜;喬木;宋惠彬;李鳳娥;武華玉;劉貴生;孫華;宋忠旭;李良華;趙海忠;董斌科
• 申請（專利權）人: 湖北省農業科學院畜牧獸醫研究所
• 主分類號: C12Q1/6888
• 分類號: C12Q1/6888;C12Q1/6858;C12N15/11
• 代理公司: 武漢智嘉聯合知識產權代理事務所(普通合伙) 42231
• 代理人: 趙澤夏

本發明提供了一種豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記及其應用，所述的分子標記位于豬SPATA6基因第八內含子的部分DNA序列中，所述的分子標記的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，在該序列的第152bp處存在一個CT堿基突變，以及在第176bp處存在一個GT堿基突變；本發明還提供了豬SPATA6基因精液品質性狀相關SNP的檢測試劑盒，包括：如SEQ ID NO.2～3所示的引物對；如SEQ ID NO.4～5所示的SNaPshot單堿基延伸引物。該分子標記為豬精液品質性狀的分子標記輔助育種提供了兩個新的分子育種標記。

技術領域

本發明涉及豬分子標記篩選技術領域，尤其涉及豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記與應用。

背景技術

公豬的繁殖力在豬生產中發揮重要的作用，一般通過鑒定精液的品質來衡量公豬的繁殖性能。精液品質的指標包括精液量、精子密度、精子形態及精子活力等。遺傳作用和環境作用是影響精液品質的兩個重要因素，環境因素可以進行人為的控制和改善，但只有提高遺傳效率才能從根本上提高精液品質，提高公豬的繁殖力。由于公豬繁殖性狀的遺傳力低，導致常規選擇進展緩慢。隨著分子生物學技術的興起和迅速發展，發展了常規育種與標記輔助選擇(MAS)相結合的方法，可以有效地加快公豬精液品質性狀的選擇進展。

SNP標記指由基因組單核苷酸變異引起的DNA序列多態性，包括堿基轉換、顛換、單堿基插入或缺失等，被公認為是最新的第三代DNA分子標記。根據SNP在基因中的位置可分為基因編碼區SNP(coding-region SNP cSNP)、基因周邊SNP(perigenic SNP，pSNP)以及基因間SNP(intergenic SNP，iSNP)三類。其中基因編碼區的SNP可能導致基因所編碼的氨基酸序列發生改變，進而改變蛋白的高級形態，影響基因所編碼的蛋白類激素的功能。

對豬精液品質性狀的SNPs的表征對于通過豬精液品質性狀標記輔助選擇具有十分重要的作用。但經檢索，目前對于SPATA6基因SNPs作為分子標記，特別是作為豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記應用于篩選或預測具備優良豬精液品質性狀的豬品種還未見報道。

發明內容

本發明的目的在于克服現有技術之缺陷，提供了豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記與應用，本發明發掘了豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記，為豬精液品質性狀標記輔助選擇提供參考依據。

本發明的目的之一在于提供一種豬SPATA6基因第八內含子內與豬精液品質性狀相關的分子標記，所述的分子標記位于豬SPATA6基因第八內含子的部分DNA序列中，所述的分子標記的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO.1所示，該序列長度為311bp，所述分子標記包括：rs321193752位點的SNP：即在第152bp處存在一個CT堿基突變；以及rs338297955位點的SNP：即在第176bp處存在一個GT堿基突變。

本發明的目的之二在于提供所述的分子標記在豬精液品質性狀標記輔助選擇中的應用。

本發明的目的之三在于提供一種豬SPATA6基因精液品質性狀相關SNP的檢測試劑盒，包括：

用于擴增所述SEQ ID NO.1所示序列的引物對：上游引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.2所示，下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示；

以及2個SNaPshot單堿基延伸引物：用于檢測rs321193752位點的延伸引物如SEQID NO.4所示，和用于檢測rs338297955位點的延伸引物如SEQ ID NO.5所示。

本發明的目的之四在于提供一種使用所述檢測試劑盒檢測豬SPATA6基因精液品質性狀相關SNP的方法，包括以下步驟：